6. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài
1.2.2. Các hàm đánh giá
Trong docking phân tử, hàm đánh giá (Scoring Functions, SF) được sử dụng để dự đoán, đánh giá sự phù hợp giữa hai phân tử sau docking. SF cho phép phân biệt giữa các trạng thái liên kết, giữa hợp chất hoạt động và các hợp chất ngẫu nhiên được tạo ra trong quá trình tính toán. Ngay cả khi sự liên kết được dự đoán chính xác, cuối cùng các tính toán sẽ không thành công nếu chúng ta không phân biệt được trạng thái liên kết đúng với những trạng thái liên kết ngẫu nhiên, từ đó không thể xác định được các phối tử phù hợp. Các phương pháp tính toán năng lượng tự do đã được phát triển để định lượng các tương tác giữa phối tử và protein cũng như dự đoán ái lực ràng buộc. Tuy nhiên, một hàm
đánh giá có độ chính xác cao tốn kém nhiều thời gian và kĩ thuật phức tạp để tính toán, do đó không khả thi để đánh giá số lượng lớn phức protein - phối tử, mặt khác không phải lúc nào cũng đem lại sự chính xác đối với nhiều hệ. Vì lý do này, việc thiếu một SF phù hợp, cả về tốc độ tính toán và độ chính xác, là hạn chế chính trong nhiều phương pháp docking [28]. Một số giả định và đơn giản hóa đã được sử dụng để giảm độ phức tạp của các SF mà vẫn đảm bảo kết quả tính toán ở một ngưỡng sai số cho phép.
Hàm đánh giá có thể được chia thành ba loại chính: - Dựa vào trường lực (Force Field – Based SF) - Dựa vào kinh nghiệm (Empirical SF)
- Dựa vào sự hiểu biết kiến thức (Knowledge-Based SF)
Ngoài ra, hiện nay các nhà khoa học đang phát triển các hàm đánh giá mới tối ưu hơn được gọi là hàm đánh giá đồng thuận (Consensus scoring function).