3.1.3.1. Kiểm tra RNA bằng điện di trên gel agarose
Sử dụng quy trình tách chiết RNA từ tế bào KPL4 đã mô tả ở phần phương pháp 2.4.2.4. Kết quả tách chiết RNA tổng số từ tế bào KPL4 được kiểm tra bằng điện di trên gel agarose 0,8% thể hiện trên hình 3.2
Hình 3.3. Hình ảnh điện di trên gel agarose 0,8% sản phẩm RNA
Đường chạy 1-2: sản phẩm RNA tách chiết từ mẫu tế bào KPL4 Nhận xét: 1 2 28 S 18 S 5,8 S 1 2 M
Kết quả trên điện di đồ cho thấy 3 băng rõ nét với kắch thước 3 tiểu phần rRNA là 28s; 18s; 5,8s. Như vậy chúng tôi đã tách chiết được RNA tổng số, không có dấu hiệu bị tạp nhiễm.
3.1.3.2. Xác định nồng độ và độ tinh sạch của mẫu RNA tách chiết từ tế bào KPL4 bằng phổ hấp thụ.
Một dung dịch nucleic acid đạt tiêu chuẩn về độ tinh sạch (không tạp nhiễm protein) khi tỷ lệ của độ hấp thụ ở bước sóng 260/280 nằm trong khoảng từ 1,8 đến 2,0. Khi xác định phổ hấp thụ của các mẫu RNA tổng sốđã tách chiết trên máy đo NaNodrop-1000 đối với mẫu RNA đã tách chiết từ tế
bào KPL4 có các thông sốđược thể hiện trên bảng 3.1.
Bảng 3.1. Nồng độ và độ tinh sạch của RNA đã tách chiết từ tế bào KPL4.
Mẫu tế bào Nồng độ (ng/ộl) OD260/OD280
KPL4 (1) 474,73 1,9 KPL4 (2) 226,17 1,94
Nhận xét:
Kết quả xác định OD cho thấy nồng độ RNA ở các mẫu tế bào là khá cao (từ 226,17 ng/ ộl đến 474,73 ng/ ộl) và có độ tinh sạch cao (tỉ lệ của độ
hấp thụ ở bước sóng 260/ 280 nằm trong khoảng từ 1,8 đến 2,06). Như vậy RNA của các mẫu tế bào đáp ứng được yêu cầu của phản ứng tạo cDNA.
3.1.4. Tổng hợp cDNA.
Sau khi tách chiết RNA tổng số, tiến hành tổng hợp cDNA nhờ enzym phiên mã ngược theo quy trình ở phần phương pháp 2.4.2.6, sản phẩm cDNA
được sử dụng làm khuôn cho phản ứng PCR với cặp mồi đặc hiệu GADPH F/R theo quy trình ở phần phương pháp 2.4.2.7. Kết quả RT-PCR được kiểm tra trên gel agarose 0,8% thể hiện trên hình 3.3.
Hình 3.4. Hình ảnh điện di sản phẩm RT-PCR của mẫu tế bào KPL4