doanh có điều kiện chưa thực sự rõ ràng dẫn đến nhiều cách hiểu khác nhau. Ví dụ cụ thể là đoàn Kiểm toán Nhà Nước đã có nhiều quan điểm khác biệt với cơ quan Thuế trong vấn đề hoàn thuế dự án đầu tư, dẫn đến rủi ro cao cho cơ quan Thuế, thiệt thòi cho NNT mặc dù trong đó có những vấn đề trên thực tế hoàn toàn không hợp lý như đòi hỏi về giấy phép đảm bảo an toàn phòng cháy chữa cháy, giấy chứng nhận đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm, xác nhận đảm bảo vệ sinh môi trường, đảm bảo đủ tiêu chuẩn về sao của khách sạn, giấy phép kinh doanh của điện lực …. Rồi vấn đề gia hạn giấy phép xây dựng, giấy
chứng nhận đầu tư, đăng ký bổ sung vốn, hạng mục thi công, thời hạn thi công… đáng lý ra không thuộc chức năng, thẩm quyền của cơ quan Thuế. Ngay cả những công trình của Nhà nước, hàng năm đều được kiểm tra, thanh tra, kiểm toán không phát hiện sai phạm nhưng khi xét hồ sơ hoàn thuế lại kết luận những sai phạm của doanh nghiệp trong các lĩnh vực không thuộc trách nhiệm của cơ quan Thuế và quy trách nhiệm cho cơ quan Thuế như nêu trên.
- Giai đoạn chuyển tiếp trước và sau 1/7/2016 khi Luật số106/2016/QH13, Nghị định số 100/2016/NĐ -CP và Thông tư số 106/2016/QH13, Nghị định số 100/2016/NĐ -CP và Thông tư số 130/2016/TT-BTC có hiệu lực thi hành còn chưa quy định cụ thể nên có nhiều vướng mắc liên quan đến việc việc giải quyết hoàn thuế GTGT đối với các trường hợp:
+ Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu được xác định theo nguồn gốc hàng hoá hay theo chủ thể.
+ Các yếu tố, chi phí để xác định hàng hoá là tài nguyên đã qua chế biến nhưng có tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên; thời điểm xác định góp đủ vốn điều lệ của dự án đầu tư.
+ Việc xác định cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi đang trong giai đoạn đầu tư nhưng chưa đi vào hoạt động……
Với các vướng mắc nêu trên, nhiều Cục thuế, doanh nghiệp đã có văn bản gửi Tổng cục Thuế, Bộ Tài chính. Tuy nhiên nhiều vướng mắc đã được Bộ giao cho Vụ Chính sách Thuế - BTC hướng dẫn hoặc Tổng cục Thuế trả lời nhưng đến nay vẫn chưa được giải quyết hoặc trả lời chung chung không rõ ràng nên khó áp dụng, khó xử lý dứt điểm.
- Chính sách thuế thường xuyên thay đổi cho phù hợp với định hướng phát
triển kinh tế xã hội. Tuy nhiên, chính điều này đã làm người nộp thuế gặp không ít khó khăn khi cập nhật thông tin, tìm hiểu và chấp hành pháp luật về thuế.
+ Việc bỏ các phụ lục bảng kê đầu vào, đầu ra đối với tờ khai thuế GTGT cũng là rủi ro cho doanh nghiệp, và làm khó cho công chức thuế trong việc quản lý kê khai thuế GTGT đầu vào của các doanh nghiệp. Dẫn đến doanh nghiệp kê khai khấu trừ hóa đơn thuế GTGT đầu vào của những đơn vị bỏ địa chỉ kinh doanh, hay bị cưỡng chế hóa đơn do nợ thuế nhưng bản thân doanh nghiệp mua hàng lại không biết dẫn đến bị thu hồi hoàn thuế hoặc giảm
số thuế GTGT được khấu trừ,…
+ Việc thay đổi, nâng cấp các mẫu biểu kê khai thuế GTGT và phần mềm hỗ trợ khai thuế GTGT đã làm các doanh nghiệp bị động trong việc cập nhật, áp dụng, tính toán và kê khai nộp thuế, hoàn thuế.