bước xử lý theo phương thức điện tử, đặc biệt là đối với các đoàn thanh tra, kiểm tra do thỉnh thoảng mới phát sinh việc giao dịch điện tử dẫn đến việc xử lý chưa đúng, chưa kịp thời theo quy trình.
2.3.2.4. Về công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế GTGTThứ nhất, công tác lập kế hoạch để thực hiện thanh tra, kiểm Thứ nhất, công tác lập kế hoạch để thực hiện thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế còn chưa có quy định cụ thể nên chưa triển khai kịp thời việc kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế.
Thứ hai, ứng dụng TMS chưa kết nối với ứng dụng TTR để có thể theo dõi việc thanh kiểm tra trước hoàn, sau hoàn do đó không thể theo dõi được hồ sơ nào phải kiểm tra, đã được kiểm tra, kết quả xử lý…
Thứ ba, việc giải quyết hoàn thuế còn chậm so với quy định, nhất là thời gian thực hiện kiểm tra, thanh tra trước và sau hoàn thuế do công chức bộ phận thanh kiểm tra còn quá ít so với khối lượng công việc cần giải quyết. Quá trình kiểm tra, thanh tra có vướng mắc nhưng không có biện pháp giải quyết dứt điểm, thời gian chờ xác minh thông tin hay làm văn bản hỏi Tổng cục Thuế còn kéo dài, không có thời điểm rõ ràng, gây bức xúc cho doanh nghiệp.
Thứ tư, công tác kiểm tra hoàn thuế tuy có sự chuyển biến tích cực thể hiện qua số thuế thu hồi hoàn qua thanh tra kiểm tra sau hoàn thuế song công tác kiểm tra tại bàn (tại trụ sở cơ quan thuế) chưa có hiệu quả, công chức thực
hiện mang tính đối phó, chưa có trường hợp nào có thu hồi hoàn, xử lý để thu vào NSNN.
Thứ năm, việc kiểm tra sau hoàn thuế chưa đáp ứng được quy định hiện hành do hạn chế về nguồn nhân lực so với khối lượng công việc phát sinh. Việc quy định cứng nhắc về tiến độ kiểm tra sau hoàn thuế dẫn đến việc chạy theo số lượng mà không thực sự chú trọng về chất lượng kiểm tra.
2.3.2.5. Sự phối kết hợp giữa các cơ quan thuế với các cơ quan hữu quanTrong thực tiễn sự phối hợp giữa cơ quan thuế và các cơ quan chức Trong thực tiễn sự phối hợp giữa cơ quan thuế và các cơ quan chức
năng hữu quan còn hạn chế.