hàng năm cho các Cục thuế tỉnh dẫn đến cuối năm một số Cục thuế tỉnh không thể thực hiện hoàn thuế cho doanh nghiệp mặc dù hồ sơ pháp lý đầy đủ.
Điều này dẫn đến nhiều bất cập và khó khăn cho doanh nghiệp, khi cuối năm họ cần tiền hoàn thuế để giải quyết tiền lương, tiền thưởng.. cho cán bộ công nhân viên của họ nhưng lại không được cơ quan thuế xử lý kịp thời.
2.3.2.2. Về thực hiện quy trình quản lý hoàn thuế GTGT
Thứ nhất, mặc dù công tác kiểm tra, đối chiếu nhằm xác minh tính chính xác, hợp lý, hợp pháp của các thông tin được doanh nghiệp trong việc kê khai hồ sơ hoàn thuế GTGT luôn được chú trọng, nhưng vẫn còn xảy ra nhiều sai sót như:
+ Công chức thuế không kịp thời phát hiện những sai lệch trong kê khai hoàn thuế của các doanh nghiệp trong quá trình giải quyết các bộ hồ sơ hoàn thuế GTGT cho các đối tượng thuộc diện hoàn thuế trước – kiểm tra sau. Dẫn đến, sau khi nhận được tiền hoàn thuế và được thanh tranh kiểm tra sau hoàn thì doanh nghiệp lại bị cơ quan thuế truy hoàn. Đây là mất mát, rủi ro cho doanh nghiệp.
+ Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế còn vì lý do cá nhân nên ưu tiên cho những doanh nghiệp có mối quan hệ riêng tư để giải quyết trước hồ sơ hoàn thuế, dẫn đến có những hồ sơ mặc dù gửi trước nhưng lại được hoàn thuế sau. Dẫn đến tình trạng không công bằng trong khâu giải quyết hoàn thuế trước, kiểm tra sau.
+ Đối với những hồ sơ hoàn thuế GTGT thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau phải qua hai khâu thẩm định hồ sơ hoàn thuế thì thường tốn thời gian dẫn đến hồ sơ hoàn thuế đó thường bị chậm trễ. Nguyên nhân là sau khi bộ phận thanh tra kiểm đã kiểm tra đầy đủ tính pháp lý, hợp lệ của hồ sơ sẽ chuyển phòng Nghiệp vụ dự toán pháp chế thuộc Cục Thuế thẩm định. Sau khi phòng Nghiệp vụ dự toán pháp chế đã thẩm định bước 1 thì hồ sơ sẽ được
tự động chuyển sang bộ phận thẩm định của Tổng cục Thuế. Nhưng bộ phận thẩm định thuộc Tổng cục Thuế do đặc thù khối lượng công việc lớn, hoặc lý do nào đó, thường trả kết quả rất chậm. Quy trình thì 3 ngày làm việc nhưng thực tế có nhiều hồ sơ lên đến 7 hoặc 10 ngày. Do đó, hồ sơ hoàn thuế thường bị quá hạn, dẫn đến mất lòng tin của doanh nghiệp vào cơ quan thuế và họ sẽ có ác cảm là cơ quan thuế gây khó khăn…
+ Đối với trường hợp đủ điều kiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau nhưng do sợ trách nhiệm nên phòng Kê khai và Kế toán thuế cũng chuyển những trường hợp này sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau. Như vậy, là giải quyết không đúng quy trình.
Thứ hai, các doanh nghiệp cấu kết với nhau cùng làm hóa đơn mua hàng, xuất hàng khống để lấy tiền hoàn thuế GTGT. Lợi dụng các chính sách thông quan ở cửa khẩu để xuất khẩu khống hàng hóa nhằm kê khai thuế suất thuế GTGT 0% và làm hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
Thứ ba, công tác xác minh hóa đơn giữa các Cục thuế chưa được phối hợp nhịp nhàng, kịp thời đã dẫn đến khó khăn trong việc xác định chính xác số tiền hoàn thuế GTGT. Phải nói rằng công tác xác minh hóa đơn này hiện nay chiếm rất lớn về quỹ thời gian thực hiện hoàn thuế GTGT do giá trị trên hóa đơn không lớn, các doanh nghiệp đóng rải rác nên phía cơ quan thuế được đề nghị xác minh khó sắp xếp để cử công chức thuế đi xác minh.
Thứ tư, các ứng dụng trong quy trình hoàn thuế GTGT còn nhiều mặt hạn chế.
+ Đối tượng chưa đủ điều kiện tham gia hoàn thuế điện tử còn nhiều, do đó cần nâng cấp ứng dụng để hỗ trợ hoàn thuế điện tử cho các doanh nghiệp khai thuế qua nhà cung cấp dịch vụ khai thuế (TVAN) và chấp nhận cho các đối tượng không nộp thuế qua mạng.
+ Các thông báo tự động về quá trình giải quyết hồ sơ cho NNT là chưa rõ ràng về nội dung dẫn đến NNT không thực sự hiểu về diễn biến hồ sơ.
+ Chưa điện tử hóa toàn bộ các bước xử lý hồ sơ đối với cơ quan thuế dẫn đến vừa phải xử lý theo phương thức điện tử vừa phải xử lý thủ công như trước đây: ví dụ như các Thông báo, Quyết định…vẫn phải in ra giấy, ký tên đóng dấu, sau đó scan lại thành file, ký điện tử để gửi đi tốn nhiều thời gian.
+ Việc phân tích hồ sơ, xác định điều kiện được hoàn, số thuế được hoàn
trong một số trường hợp còn thực hiện sơ sài, không đi vào bản chất của số thuế GTGT đề nghị hoàn với hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.
+ Tình trạng việc giải quyết hoàn thuế chưa đúng quy trình như: Tờ khai thuế chưa được hạch toán vào Hệ thống TMS, Tờ khai khai không đúng số thuế đề nghị hoàn, khai điều chỉnh bổ sung không đúng quy định, không khai đề nghị hoàn thuế... nhưng vẫn ban hành quyết định hoàn thuế.
+ Chậm đưa ứng dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế. Mặc dù, năm 2019, ngành thuế đã đưa vào ứng dụng phân tích tờ khai rủi ro về GTGT. Song nó lại mang tính nhàm chán, vô bổ, các chỉ tiêu phân tích không sát thực tế, công chức giải quyết làm việc theo quy trình này chỉ mang tính đối phó, chưa mang lại kết quả thực thi cao, không thu được số thuế GTGT, không truy hoàn, cũng như giảm thuế GTGT được khấu trừ qua phân tích rủi ro.
+ Ngoài ra, ứng dụng TMS còn một số hạn chế về quá trình xử lý hồ sơ chưa
đủ các thông tin cần cho công tác quản lý cũng như để tổng hợp báo cáo.
Ở khâu quản lý hồ sơ không có thông tin số thuế đề nghị hoàn, không có trường lưu trữ thông tin phải kiểm tra sau hoàn trong 1 năm, chưa có thông tin về phân công công chức thụ lý hồ sơ dẫn đến khi cần thông tin thì khá khó khăn trong việc liên hệ trong xử lý công việc.
Hệ thống chỉ lưu thông tin người dùng sử dụng ứng dụng cuối cùng
nên tách các bước giải quyết hồ sơ thành các chức năng riêng biệt như: phân loại hồ sơ, đề xuất hoàn, phê duyệt, thẩm định, hạch toán quyết định, hạch toán liên lệnh hoàn cùng các thông tin liên quan như công chức thực hiện, ngày giờ thực hiện.
Thứ năm, việc thực hiện giám sát hoàn thuế GTGT còn thiếu công cụ hỗ trợ của ứng dụng, thông tin dữ liệu trên hệ thống còn sơ sài, nên mất nhiều nguồn lực, thời gian và hiệu quả còn hạn chế. Thời gian giám sát còn chậm so với yêu cầu, chưa kịp thời phát hiện hết các vấn đề về hồ sơ, điều kiện hoàn thuế. Bộ phận giám sát chỉ dựa vào kết quả của bộ phận đề nghị thẩm định và xem đúng quy trình, đầy đủ hồ sơ hay chưa. Điều này dẫn đến tiềm ẩn nhiều rủi ro vì bộ phận đề nghị thẩm định sai thì bộ phận thẩm định cũng sai luôn và rủi ro đẩy về phía doanh nghiệp khi có thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế sẽ bị thu hồi hoàn thuế, bị xử phạt 20% trên số thuế hoàn sai, rồi cả tiền chậm nộp đối với số thuế đã hoàn (tiền chậm nộp này còn cao hơn lãi suất của ngân hàng). Như vậy, nếu các doanh nghiệp tuân thủ chính sách pháp luật tốt, họ chỉ sai khi áp dụng chính sách thì đây là một rủi ro lớn cho họ.
Thứ sáu, các biên bản kiểm tra, kết luận thanh tra và các Quyết định liên quan đến quá trình thanh tra, kiểm tra trước và sau hoàn thuế không được cập nhật đầy đủ, kịp thời vào hệ thống TTR để làm cơ sở cho phân tích rủi ro, giám sát hoàn thuế.
Thứ bảy, quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định số 905/QĐ-TCT ngày 01/7/2011 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế đến nay có nhiều điểm đã không còn phù hợp với các văn bản pháp quy liên quan đến thuế GTGT và hoàn thuế GTGT nhưng chưa được thay thế cũng khiến cho công tác hoàn thuế gặp nhiều khó khăn về mặt thủ tục pháp lý, tăng tính rủi ro cho công chức giải quyết hồ sơ.
2.3.2.3. Trình độ và năng lực công chức của các bộ phận hoànthuế giá trị gia tăng thuế giá trị gia tăng