Tuy đạt được các kết quả cao trong hoạt động kinh doanh, đứng vững và khắng định được vị thế trong môi trường cạnh tranh, nhưng trong thực hiện các giải pháp tăng cường năng lực cạnh tranh, VNPT cũng không tránh khỏi các hạn chế bất cập đó là:
i) Năng lực triên khai đâu tư, đôi mới công nghệ còn chậm, e dè chờ đợi các cơ chế chính sách cho phép của Nhà nước nên việc triển khai các kế hoạch nâng cấp, mở rộng năng lực mạng lưới chưa đáp ứng được như tiến độ dự kiến.
ii) Cấu trúc mạng, cơ cấu điều hành và cách thức tổ chức mạng lưới còn chưa theo kịp với qui mô phát triển và trình độ công nghệ hiện đại.
iii) Cơ chế quản lý và điều hành vẫn chậm sửa đối đặc biệt là cơ chế tài chính giữa VNPT và với ĐVTV hoặc giữa các ĐVTV với nhau còn hạn chế. VNPT chưa đi sâu vào đồi mới hạch toán nội bộ, hạch toán từng dịch vụ, từng công đoạn để tạo thế chủ động, kích thích tính năng động, nâng cao trách nhiệm, làm rõ hiệu quả đầu tư, kinh doanh từng đơn vị, từng dịch vụ. Đồng thời công tác kiểm tra, giám sát còn chưa thường xuyên và chưa đạt được hiệu quả, còn đề xảy ra những vụ việc vi phạm quy định quản lý vốn, tài sản nhà nước tại doanh nghiệp.
iv) Hoạt động cạnh tranh tiếp tục diễn ra ngày càng gay gắt, giá cước giảm nhanh, thị phần ngày càng bị chia sẻ, trong khi việc xoay chuyển để thích ứng với tình hình mới diễn ra chậm đã ảnh hưởng lớn đến hoạt động SXKD của Tập đoàn. Chi phí của Tập đoàn ngày càng tăng cao do áp lực cạnh tranh và nhu càu phát triển mạng lưới làm tăng giá thành trong khi doanh thu không tăng tương xứng, vỉ vậy tốc độ tăng trưởng lợi nhuận ngày càng giảm.
v) Lực lượng lao động nhiều về số lượng, nhưng còn hạn chế về chuyên môn, đặc biệt là các chuyên gia cao cấp về cả lĩnh vực kinh tế và kỹ thuật. Công tác đào tạo chưa đem lại kết quả như mong đợi. Cơ chế tạo động lực cho người lao động, thu hút chất xám chưa đem lại hiệu quả. Tâm lý làm việc thiếu tích cực vẫn tồn tại khá phố biến trong CBCNV; tính chủ động và dám chịu trách nhiệm trong công việc còn hạn chế.
vi) Hoạt động kinh doanh tại một số ĐVTV thiếu tính chủ động, sức ỳ lớn, chưa linh hoạt với những thay đối của môi trường kinh doanh và tinh hình cạnh tranh. Sự phối hợp, hợp tác kinh doanh giữa các ĐVTV chưa chặt chẽ. Công tác quảng cáo, tiếp thị, khuyến mại, chăm sóc khách hàng chưa thật tốt; thị phần một số dịch vụ cơ bản giảm.
vii) Việc châp hành kỷ luật tài chính của một sô ĐVTV chưa nghiêm, tỷ lệ nợ đọng cao, tiến độ giải quyết tồn đọng về thanh quyết toán tại một số đơn vị còn chậm, gây ứ đọng vốn, ảnh hưởng tới điều hành dòng tiền của VNPT.