Hiện tượng kháng thuốc gia tăng trên toàn cầu của H.pylori là nguyên nhân hàng đầu dẫn đến thất bại trong điều trị. Mặc dầu nuôi cấy vi khuẩn làm kháng sinh đồ là xét nghiệm rất có giá trị trong việc xác định sự kháng thuốc tiên phát và thứ phát giúp cho lựa chọn kháng sinh nhưng xét nghiệm trên thường không được làm trước khi điều trị diệt trừ H.pylori tuy nhiên nếu sau hai lần điều trị thất bại thì cần nuôi cấy làm kháng sinh đồ để lựa chọn kháng sinh phù hợp [62]. Kết quả của các nghiên cứu về sự đề kháng với các kháng sinh thông dụng hay được lựa chọn trong điều trị diệt trừ H.pylori như
amoxicillin, metronidazole, clarithromycin là rất khác nhau giữa các cộng
Kháng amoxicillin
H.pylori kháng amoxicillin theo hai cơ chế: giảm khả năng thấm qua màng tế
bào vi khuẩn và giảm gắn amoxicillin vào thụ thể PBP (penicillin-binding proteins) do đó làm mất tác dụng của amoxicillin. Hiện nay H.pylori vẫn còn nhạy cảm với amoxicillin, dưới 1% H.pylori kháng amoxicillin [54]. Ở Việt Nam tỉ lệ kháng amoxicillin ở trẻ em là 0,5% [8].
Kháng metronidazole
Cơ chế kháng thuốc do đột biến gen rdxA và frxA làm giảm tổng hợp các men reductase do vậy làm giảm tạo ra các gốc nitro anion. Kháng metronidazole ở
các nước đang phát triển gặp nhiều hơn, tại châu Âu và Mỹ vào khoảng 13- 57% [67], tuy nhiên ở các nước đang phát triển thì tỉ lệ này có thể đến 80% [101]. Đề kháng của H.pylori với metronidazole ở trẻ em châu Âu vào khoảng 25% [54]. Ở Việt Nam tỉ lệ kháng metronidazole ở trẻ em là 65,3% trong đó kháng gặp với tỷ lệ cao hơn ở trẻ em sống ở vùng nông thôn so với thành phố và tỷ lệ kháng tăng dần theo tuổi [8].
Kháng clarithromycin
H.pylori kháng clarithromycin do đột biến của gen 23S rRNA. Đề kháng với clarithromycin ít gặp hơn so với metronidazole theo một điều tra trên diện rộng ở châu Âu và Mỹ tỉ lệ H.pylori đề kháng clarithromycin rất thay đổi từ 6 - 45% [54], [99]. Kháng clarithromycin gia tăng là hậu quả của việc sử dụng các kháng sinh macrolide trong điều trị các bệnh nhiễm trùng đặc biệt là những nhiễm trùng đường hô hấp như tai mũi họng [54], [67]. Theo Nguyễn Thị Việt Hà - 2008 đề kháng của H.pylori với clarithromycin ở trẻ em Việt Nam là 50,9% trong đó tỷ lệ kháng gặp với tỷ lệ cao hơn ở trẻ em sống ở
vùng thành phố so với nông thôn và tỷ lệ kháng giảm dần theo tuổi [8]. Trên thực tế hiệu quả điều trị của phác đồ ba thuốc (amoxicillin, clarithromycin, PPI) không còn được cao như trước kia điều này có liên quan đến sự đề kháng với clarithromycin của H.pylori ngày càng gia tăng [47].
Kháng hai thuốc clarithromycin và metronidazole
Kháng kép với cả hai thuốc thông dụng nhất trong điều trị diệt trừ H.pylori là vấn đề đáng lo ngại hiện nay. Ở châu Âu tỉ lệ kháng kép hiện vào khoảng 6,9% [54]. Theo kết quả của một nghiên cứu tại Mexico 17,6% những chủng nuôi cấy kháng cả hai thuốc [101]. Nghiên cứu tại Iran thấy tỉ lệ kháng kép là 42% [82]. Theo kết quả nghiên cứu gần đây tỉ lệ H.pylori kháng hai thuốc tăng lên sau khi điều trị bằng clarithromycin và metronidazole thất bại. Và khi bị nhiễm nhiều chủng H.pylori thì khả năng kháng kép sẽ cao hơn. Nghiên cứu trên trẻ em tại Việt Nam tỉ lệH.pylori kháng kép là 28,8% [8].