Kiểm tra thuế là một trong những chức năng quan trọng của cơ quan thuế và luôn được quy định trong các Luật thuế. Đặc biệt khi thực hiện mô hình quản lý thuế theo chức năng thì chức năng kiểm tra lại càng đóng vai trò quan trọng. Để đảm bảo cho cơ chế tự khai tự nộp thuế hoạt động hiệu quả, chức năng thanh tra kiểm tra càng phải được tăng cường. Trong đó, mục tiêu của công tác kiểm tra không chỉ nhằm phát hiện các hành vi gian lận thuế mà còn đánh giá ý thực tự giác chấp hành pháp luật thuế của người nộp thuế.
Xuất phát từ vị thế cũng như mục tiêu của cơ quan thuế trong cơ chế tự khai tự nộp, về phương diện pháp lý cần quy định rõ trách nhiệm và quyền hạn của cơ quan kiểm tra và đối tượng của công tác kiểm tra, các nguyên tấc kiểm tra, quy trình kiểm tra, xử lý kết quả kiểm tra ...
bản pháp lý liên quan đến công tác thanh tra, kiểm tra thuế hiện hành. Tuy nhiên các quy trình và thủ tục xác định đối tượng, kiểm tra và xử lý kết quản thanh tra trong cơ chế tự khai tự nộp đã có sự khác biệt căn bản. Theo cơ chế này, công tác thanh tra kiểm tra phải tiến hành thường xuyên hơn, Theo đó đối tượng được kiểm tra được xác định từ nhiều nguồn thông tin khác nhau, nhưng cơ bản nhất vẫn là nguồn thông tin phân tắch rủi ro từ phắa cơ quan thuế. Tuy nhiên, để đảm bảo cho sự công bằng và bình đẳng trong hoạt động thanh tra, kiểm tra đối với ĐTNT, hoạt động kiểm tra nên có quy định rõ ràng về số lần kiểm tra tối đa hoặc tối thiểu trong khoảng thời gian nhất định cho từng loại ĐTNT.
Công việc kiểm tra phải tiến hành theo phương thức có hiệu quả nhất. Tùy từng đối tượng cụ thể mà phương thức kiểm tra khác nhau cho phù hợp, kiểm tra theo kế hoạch, kiểm tra theo thời điểm, theo vụ việc, kiểm tra thường xuyên hay kiểm tra đột xuất ... Lực lượng kiểm tra phải đủ mạnh cả về số lượng và chất lượng, có tinh thần trách nhiệm cao, kiên quyết đấu tranh với từng trường hợp sai phạm.
Khi phát hiện những sai phạm, tùy vào mức độ để có biện pháp xử lý đúng đắn, kiên quyết. Cục thuế cần có những quy định cụ thể hơn trong việc xử phạt đối với từng trường hợp vi phạm.
Sử dụng kỹ thuật phân tắch rủi ro và phân loại doanh nghiệp để xây dựng kế hoạch thanh tra theo kế hoạch phù hợp. Cụ thể, đối với doanh nghiệp thường xuyên sai phạm thì cần phải có kế hoạch mỗi năm một lần, đối với những doanh nghiệp sai phạm nhưng không thường xuyên thì khoảng 2-3 năm kiểm tra một lần. Các doanh nghiệp còn lại 5 năm kiểm tra một lần. Với việc lập kế hoạch kiểm tra như vậy vừa đảm bảo hiệu quả của công tác kiểm tra,vừa chống gian lận về thuế, vừa không gây khó khăn cho những doanh nghiệp làm ăn chắnh đáng.
Bên cạnh việc thanh tra, kiểm tra các đối tượng nộp thuế cần phải tiến hành kiểm tra trong nội bộ ngành thuế để ngăn chặn và phát hiện xử lý những trường hợp vi phạm của cán bộ thuế trong việc quản lý hóa đơn, biên lai thuế. Đặc biệt xử lý thật nghiêm khắc đối với cán bộ thuế cấu kết với đối tượng nộp thuế để bòn rút tiền thuế, đem lại lợi ắch cho mình mà không nghĩ đến tác hại gây ấn tượng không tốt trong nhân dân. Có như vậy mới góp phần làm trong sạch đội ngũ cán bộ thuế.