Bên cạnh những kết quả đạt được, NHCSXH tỉnh Phú Thọ cũng còn có những tồn tại, hạn chế trong quá trình thực hiện nâng cao chất lượng tín dụng ưu đãi .
Thứ nhất, năng lực và trình độ của cán bộ nhân viên Ngân hàng còn nhiều
bất cập so với yêu cầu nhiệm vụ đặt ra. Nhiều địa phương có phong tục, tập quán
và trình độ khác nhau nên để đưa ra các cách tiếp cận và cách làm cho phù hợp là không dễ. Nhiều cán bộ còn thiếu những kỹ năng này nên đã ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng lượng tín dụng của NHCSXH tỉnh Phú Thọ.
Thứ hai, khách hàng chưa sử dụng có hiệu quả nguồn vốn vay. Cụ thể, có trường hợp vay đi vay lại trong nhiều năm mà vẫn chưa thoát nghèo, thoát cận nghèo. Trong khi đó những hộ thuộc diện hộ nghèo mới lại chưa được vay .
Thứ ba, cán bộ định biên của NHCSXH tỉnh Phú Thọ còn mỏng, mỗi Phòng giao dịch bình quân 10 người trực tiếp giao dịch theo ngày ở xã nên việc tiếp cận với hộ vay và làm những công việc cần thiết khác ở trên địa bàn còn hạn chế như: Chưa tuyên truyền đầy đủ các chính sách ưu đãi của Nhà nước tới hộ vay, người dân chưa hiểu việc tiết kiệm tiền qua tổ là cần thiết.
Thứ tư, công tác kiểm tra giám sát của Ngân hàng, Tổ chức hội, Tổ TK&VV về sử dụng vốn vay còn lỏng lẻo. Nên nhiều món vay sai mục đích mà không phát hiện ra, hiện tượng xâm tiêu, chiếm dụng, thu nợ, thu lãi không nộp cho ngân hàng. Điều này đã làm ảnh hưởng xấu tới chất lượng tín dụng của Chi nhánh.
Thứ năm, đối tượng cho vay của NHCSXH chủ yếu là hộ nghèo và các đối tượng chính sách khác, cho vay chủ yếu là tín chấp thông qua các tổ chức chính trị - xã hội, ít có món vay thế chấp bằng tài sản bảo đảm. Nhiều món vay quá hạn và có khả năng mất vốn nhưng lại không có tài sản để xử lý thu
Thứ sáu, trình độ nhận thức của nhiều tổ chức hội nhận ủy thác ở nhiều nơi còn hạn chế nên dẫn đến quản lý các Tổ trưởng tổ TK&VV còn yếu kém. Kết quả là nhiều Tổ trưởng trong tổ có dư nợ đến hạn mà không biết nên không thông báo kịp thời cho hộ vay chủ động trả nợ đúng hạn theo quy định.
Thứ bảy, sự vào cuộc của chính quyền địa phương cùng với NHCSXH nhiều khi chưa nhiệt tình và sâu sát. Điều này ảnh hưởng không nhỏ đến mức độ hoàn thành công việc của cán bộ tín dụng phụ trách địa bàn.