2. 1 Tình hìn hô nhiễm dầu trên thế giới:
2.6.2Phương pháp phân loại bằng sinh học phân tử:
Hiện nay, các phƣơng pháp phân loại hiện đại thƣờng dựa trên việc đánh giá mức phân tử axit nucleic. Trên cơ sở trình tự DNA, ngƣời ta có thể có nhiều các phƣơng pháp khác nhau để tiến hành phân loại. Từ cuối thế kỷ XX, đặc biệt là những năm 1980 trở lại đây, với sự phát triển mạnh mẽ của sinh học phân tử, ngƣời ta đã sử dựng một phƣơng pháp nghiên cứu mới cho phân loại vi sinh vật đó là "phân loại học phân tử". Phƣơng pháp mới này có thể phát hiện, mô tả và giải thích tính đa dạng sinh học ở mức phân tử giữa các loài và trong phạm vi loài trong thời gian ngắn và có độ chính xác cao.
Trƣớc đây, việc phân loại vi sinh vật đôi khi gặp khó khăn và thiếu chính xác. Với sự phát triển của kỹ thuật sinh học phân tử, việc phân loại
ngày nay dựa chủ yếu vào nghiên cứu trên các phân tử axit nucleic ( DNA, RNA). Các phƣơng pháp này phản ánh chính xác hơn mối quan hệ về mặt tiến hóa giữa các nhóm sinh vật. Tuy nhiên, cũng không thể phủ nhận vai trò của các phƣơng pháp phân loại dựa trên các đặc điểm bên ngoài. Do vậy, cần kết hợp cả hai phƣơng pháp để kết quả phân loại đƣợc chính xác.
Ngày nay, việc nghiên cứu phân tử rRNA đƣợc coi là phƣơng pháp hữu hiệu nhất để xác định mối quan hệ trên cây tiến hóa của các vi sinh vật, vì rRNA có mặt ở tất cả các loại vi sinh vật, có chức năng xác định và là trình tự có tính bảo thủ cao, chúng chỉ khác nhau rất ít giữa các nhóm vi sinh vật. Dựa vào sự khác nhau này, ngƣời ta có thể đánh giá đƣợc mối quan hệ phát sinh chủng loại và phân loại các chủng vi sinh vật. Trong 3 loại gene RNA của vi khuẩn ( 5S, 16S, 23S) thì gene 16S rRNA là phù hợp nhất cho việc nghiên cứu phân loại. Gene mã hóa cho 5S rRNA có kích thƣớc khoảng 120 nucleotide, dễ đọc và so sánh trình tự, nhƣng lại không đủ để phân biệt một cách chi tiết giữa các chủng. Ngƣợc lại, gene mã hóa 23S rRNA lại có kích thƣớc lớn ( 3000) nucleotide do đó gây khó khăn cho việc tách dòng, đọc và so sánh trình tự. Chỉ có gene 16S rRNA với kích thƣớc khoảng 1500 nucleotide vừa đủ để phân loại chi tiết giữa các chủng vi sinh vật và cũng không gây khó khăn trong nghiên cứu. Do đó, nó đƣợc ƣu tiên chọn lựa trong việc phân loại vi khuẩn. Gene mã hóa cho cấu trúc 16S rRNA đã đƣợc các nhà khoa học nghiên cứu kỹ lƣỡng và họ đã thiết lập đƣợc rất nhiều các cặp mồi để nhân đoạn chúng bằng kỹ thuật PCR. Đây là một thuận lợi lớn cho các nghiên cứu phân loại dựa trên gene mã hóa 16S rRNA [26].
CHƢƠNG III:
VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU