Một trong những nguyên nhân cơ bản làm chậm tiến độ giải ngân các dự án sử dụng vốn ODA dẫn đến sự kém hiệu quả trong các dự án là vấn đề hài hoà thủ tục giữa Việt Nam và các nhà tài trợ.
Dự án đầu tư bằng nguồn vốn ODA phải trải qua hai khâu thẩm định. Các quá trình thẩm định và phê duyệt dự án diễn ra từ phía các cơ quan Chính phủ và các nhà tài trợ. Để đảm bảo cho việc phê duyệt dự án được suôn sẻ, cần có sự cải tiến thủ tục và phối hợp của cả hai phía.
Thực tế hiện nay cho thấy tiến trình thẩm định và phê duyệt dự án đang còn trục trặc, các văn bản báo cáo nghiên cứu khả thi chuẩn bị thường không đáp ứng yêu cầu do năng lực chuẩn bị báo cáo nghiên cứu khả thi của chủ đầu tư còn hạn chế, dẫn tới
sự chậm trễ trong việc trình và phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi. Bên cạnh đó, còn thiếu nhất quán giữa nội dung của báo cáo khả thi được phê duyệt và các kết quả thẩm định của nhà tài trợ.
Do vậy, để các dự án ODA thật sự phát huy được tác dụng của nó, cả hai bên cần nghiên cứu, điều chỉnh để thủ tục thẩm định của hai bên tiến tới đồng bộ, thống nhất và phối hợp nhịp nhàng với nhau cả về nội dung và thời điểm thẩm định của một quy trình thẩm định chung nhưng vẫn là hai lần thẩm định độc lập, khách quan. Trong quy trình thẩm định chung này, nên để thẩm định của nhà tài trợ sau khi có phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi của Chính phủ. Đồng thời, để tránh lãng phí thời gian, nên giảm bớt những thủ tục không thật sự cần thiết trong quá trình phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi. Ngoài ra, chủ đầu tư cần được bố trí vốn chuẩn bị đầu tư để lập trước nghiên cứu tiền khả thi và xúc tiến nghiên cưú khả thi cho các dự án nằm trong danh mục các dự án ưu tiên được sử dụng vốn ODA đã được Chính phủ phê duyệt và nhà tài trợ có cam kết xem xét tài trợ.
Cơ chế chính sách phù hợp là điều kiện nâng cao hiệu quả sử dụng vốn. Hiện nay hệ thống quản lý của nước ta còn nhiều bất cập, nhiều văn bản chưa đồng bộ. Vì vậy nâng cao thu hút hợp lý và sử dụng có hiệu quả nguồn vốn ODA, ngoài việc cần phải có một chiến lược thu hút và sử dụng rõ ràng theo mục tiêu phát triển.
Thứ nhất, cần nghiên cứu xây dựng các văn bản có tính pháp lý cao hơn về vay nợ và viện trợ nước ngoài của quốc gia.
Thứ hai, cần nghiên cứu xây dựng một hệ thống văn bẳn pháp lý về quản lý đối với nguồn vốn ODA để đáp ứng nhu cầu thực tiễn Việt Nam.