CHƯƠNG 2 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1. Vật liệu, trang thiết bị, dụng cụ nghiên cứu
2.1.2. Thiết bị dụng cụ và hóa chất
2.1.2.1. Thiết bị và dụng cụ
Bảng 2.1. Các thiết bị được sử dụng trong thí nghiệm
STT Tên thiết bị Hãng sản xuất
1 Cân kĩ thuật Satorius - Đức; Shimadzu - Philipin 2 Box cấy vô trùng Nuaire - Mĩ
3 Lị vi sóng Sharp - Malaysia
4 Nồi khử trùng ướt Hyrayama – Nhật
5 Máy lắc ấm Thermo Scientific
6 Máy li tâm Hettich - Đức
7 Máy Vontex CLPC- Mỹ
8 Máy đo quang phổ Thermo Electron - Đức
9 Máy PCR AB Applied Biosystems - Singapore 10 Máy điện di Life Technologies - Mỹ
11 Tủ lạnh Sanyo
12 Tủ ấm Memmert -Đức
13 Bể ổn nhiệt Jeio- Tech
14 Máy chuẩn pH Đức
Ngồi các thiết bị trên cịn có các dụng cụ vô khuẩn cần thiết cho lấy mẫu và nuôi cấy bao gồm: đĩa Petri, pipet, ống nghiệm, que cấy, que trang, bình tam giác, đèn cồn…
2.1.2.2. Hóa chất và dung dịch đệm
Hoá chất:
Các loại hố chất chun dụng cho việc ni cấy vi khuẩn và tách DNA tổng số được lưu trữ ở phịng thí nghiệm Sinh học thuộc khoa Cơng nghệ sinh học - Đại học Khoa học Thái Nguyên: các loại cao thịt, cao nấm men, dung dịch đệm, các loại muối… có nguồn gốc từ các nước Anh, Pháp, Đức, Trung Quốc và Việt Nam.
Các hoá chất dùng cho phản ứng PCR: dung đệm chứa NH4+, MgCl2, dNTPs, Taq DNA polymerase, các enzyme giới hạn, T4-ligase do hãng Fermentas cung cấp. Vector pTZ57R/T (Fermentas) được dùng để nhân dòng gen.
Cặp mồi Azu-F: 5’- CGG ATC CCT ACG TAA ACTCGC TG -3’ và Azu- R: 5’- GCC TCG AGC TTC AGG GTC AGG GT -3’ được thiết kế dựa trên trình tự gen mã hóa protein azurin của chủng P. aeruginosa có mã số trên GeneBank M30389.
Dung dịch và đệm sử dụng:
Bảng 2.2. Các dung dịch và đệm sử dụng
STT Dung dịch Thành phần và nồng độ
1
Cell lysis solution 10m M Tris – Base ; 100mM EDTA ; 2% SDS ; pH 8,0
2 Dung dịch tủa protein 3,5M CH3COOK 3 Dung dịch Chloroform/isoamyl -
ancolhol 24:1
24ml Chlorofrom 1ml isoamyl ancolhol 4 Dung dịch proteinase K 20µg/ml proteinase K
5 Dung dịch Rnase 10µg/ml
STT Dung dịch Thành phần và nồng độ
7
Đệm TE 10m M Tris - HCl; 1m M EDTA;
pH 8,0 8
Đệm TAE 50X 242g Tris – Base; 57,1 ml CH3COOH; 100ml 0,5M EDTA 9 Dung dịch nhuộm gel 0,1µg/ml ethidium bromide