Nguồn vốn đầu tư và kinh phí thu gom, vận chuyển và xử lý chất thải hầu hết từ ngân sách Nhà nước và vốn ODA nhưng chưa đáp ứng được nhu cầu thực tế, do các nguyên nhân cơ bản như sau:
Do tình hình kinh tế khó khăn trong những năm qua nên nguồn ngân sách không đáp ứng đủ nhu cầu vốn để đầu tư xây dựng các công trình xử lý chất thải. Một số tỉnh/thành phố có nguồn thu ngân sách cao thì bố trí kinh phí lớn hơn cho công tác quản lý chất thải, đặc biệt là Thành phố Hồ Chí Minh (trên 2.000 tỷ đồng/năm). Một số địa phương còn nhận hỗ trợ từ ngân sách Trung ương như Cao Bằng, Quảng Trị, Bắc Kạn thì chỉ bố trí kinh phí thấp (khoảng 5 tỷ đồng/năm).
Huy động các nguồn vốn ngoài ngân sách còn khó khăn, các nhà đầu tư chưa thực sự quan tâm đến lĩnh vực này do lợi nhuận thấp, rủi ro cao.
Nguồn thu chính là phí vệ sinh và ngân sách Nhà nước bù đắp nên việc kêu gọi xã hội hóa đầu tư trong lĩnh vực quản lý chất thải còn nhiều hạn chế, đặc biệt là khu vực nông thôn, nơi mà nguồn kinh phí cho công tác này còn thiếu.
Tính hấp dẫn của các dự án xử lý chất thải đô thị chưa cao do thường đòi hỏi vốn lớn, thời gian thực hiện dài, thu hồi vốn khó khăn trong khi Nhà nước chưa có cơ chế thực hiện cụ thể, rõ ràng về ưu đãi, khuyến khích… tính toán thu hồi vốn phức tạp. Do đó các nhà đầu tư ít quan tâm đến các dự án xử lý chất thải đô thị.