Địa hình Khu BTTN Đakrông là kiểu địa hình đồi núi thấp và trung bình, thuộc phần phía Nam của giải Trường Sơn Bắc. Các dãy núi trong vùng chạy theo hướng Tây Bắc – Đông Nam, dọc theo ranh giới hai tỉnh Quảng Trị và Thừa Thiên Huế. Trong đó các đỉnh cao điển hình như: Động Coc Muen 1.410m, Động Ca cút 1.405m, Động Kovaladut 1.409m, Động A Doa 1.245m, Coc Tôn Blai 1.157m, Động Ba Le 1.027m, Động Apong 1.017m, Cóc Ba Sai 848m, núi Đá Bàn 678m,… sau đó thấp dần xuống đến đèo Pake là yên ngựa dãy núi Dốc Con Mèo. Đây chính là điểm xuất phát của các lưu vực vùng thượng nguồn sông Đakrông. Nhìn chung, địa hình
trong vùng bị chia cắt mạnh, do lịch sử kiến tạo địa chất và tạo sơn hình thành. Đặc điểm trên đã hình thành nên các kiểu địa hình đặc trưng trong vùng:
- Kiểu địa hình núi trung bình: Đây là dạng địa hình có độ cao phổ biến
từ 800 – dưới 1.500m so với mặt nước biển. Bao gồm toàn bộ dãy núi chạy dọc theo ranh giới hai tỉnh Quảng Trị và Thừa Thiên Huế. Từ núi Đá Bàn, động Ba Sai đến Đèo Peke giáp với A Lưới - là vùng có độ chia cắt mạnh nhất. Độ dốc phổ biến từ 30 – 350
đôi khi còn lớn hơn.
- Kiểu địa hình núi thấp: Có độ cao phổ biến từ 300m đến dưới 800m.
Đây là dạng địa hình có diện tích lớn nhất trong KBT. Phân bố tập trung tại các xã Húc Nghì, Tà Rụt, Tà Long, A Bung và một phần phía Nam của các xã Triệu Nguyên, Ba Lòng và Hải Phúc. Độ cao, độ dốc giảm dần và mức độ chia cắt không còn phức tạp như vùng núi trung bình, độ dốc bình quân 250
.
- Kiểu địa hình đồi: Có độ cao dưới 300m, phân bố chủ yếu trên địa
bàn các xã Ba Lòng, Hải Phúc, Triệu Nguyên và một phần nhỏ các xã Tà Long, Húc Nghì. Địa hình thấp, độ dốc phổ biến từ 15 – 200
.
- Kiểu địa hình thung lũng và đồng bằng: Độ cao từ 20m đến dưới
300m. Lòng thung lũng hẹp, phần thượng nguồn khá dốc và hạ lưu sông có nhiều bãi bồi khá bằng phẳng. Kiểu địa hình này phần lớn phân bố ngoài Khu BTTN Đakrông. Do địa hình bằng phẳng, đất đai khá tốt gần nguồn nước nên dân cư tập trung đông đúc. Phần diện tích có trong bảo tồn chủ yếu ở xã Ba Lòng và rải rác vài điểm khác trong vùng.