Chỏy rừng luụn là mối đe dọa thường trực đối với Vườn quốc gia U Minh Thượng, đặc biệt là vào mựa khụ khi hạn hỏn kộo dài, thiếu kiểm soỏt những nguyờn nhõn làm phỏt sinh nguồn lửa, nguy cơ chỏy rừng luụn được dự bỏo ở cấp IV và cấp V( Cấp cực kỳ nguy hiểm và chỏy sẽ lan tràn rất nhanh).
Vào mựa khụ, do bốc thoỏt hơi mạnh đó làm mực nước ngầm hạ thấp, kộo theo sự suy giảm độ ẩm của lớp lỏ rụng và than bựn phớa trờn. Gặp thời tiết núng hạn kộo dài trong cỏc thỏng đầu năm, khiến hàng trăm tấn vật liệu chỏy trờn mỗi hecta rừng Tràm bị khụ rạc và dễ dàng bắt lửa trở thành chỏy lớn.
Theo thống kờ của cục kiểm lõm, năm 1976 tỉnh Cà Mau bị chỏy 21.000 ha rừng tràm, trong 4 năm từ 1976 – 1980 hai tỉnh Cà Mau và Kiờn giang bị chỏy 43600 ha rừng tràm, năm 1998 riờng Kiờn giang bị chỏy 4.262 ha, năm 2002 hai vụ chỏy rừng U Minh 5.415 ha[17].
Vỡ vậy, mỗi khi mựa khụ đến nguy cơ chỏy rừng cao đe doạ trực tiếp tới khả năng tồn tại của rừng tràm đó trở thành mối quan tõm khụng chỉ của cỏc ngành cỏc cấp, của cỏc nhà khoa học mà của cả người dõn địa phương.
Ngoài việc do hạn hỏn kộo dài dẫn đến nguy cơ chỏy rừng cao thỡ biến đổi của cỏc quỏ trỡnh thuỷ văn, cỏc quỏ trỡnh tớch luỹ và vận chuyển nước ở rừng tràm; hệ thống kờnh rạch dày đặc và độ chờnh cao lớn giữa mặt than bựn ở rừng tràm và mặt ruộng ở cỏc cỏnh đồng xung quanh đó làm tăng tốc độ thoỏt nước khỏi rừng tràm. Mặt khỏc, rừng tràm cú lớp thực bỡ dày trờn mặt đất, lại phỏt triển trờn lớp than bựn, bản thõn cõy tràm cú tinh dầu nờn cũn tươi vẫn cú thể chỏy nờn khi gặp thời tiết thuận lợi như khụ hạn, nhiệt độ cao, cú
nguồn lửa là xảy ra chỏy lớn rất khú dập tắt. VQG U Minh Thượng rất gần biển nờn giú thay đổi thường xuyờn trong ngày, đặc biệt là vào mựa khụ do ảnh hưởng của giú làm cho hướng di chuyển của lửa rất phức tạp, làm cho cụng tỏc chữa chỏy càng gặp khú khăn hơn.