Căn cứ kết quả quan trắc chất lượng môi trường nước mặt suối Nậm Pàn tại Báo cáo quan trắc môi trường t nh Sơn La năm 2015, 2016, 2017, Báo cáo hiện trạng môi trường t nh Sơn La giai đoạn 2011 - 2015 và Báo cáo Quan trắc môi trường huyện Mai Sơn năm 2016, 2017, cho thấy chất lượng môi trường nước mặt suối Nậm Pàn bị ô nhiễm bởi các thông số cụ thể như sau:
- Năm 2015:
+ Thông số Tổng chất rắn lơ lửng (TSS) tại 03 vị trí Chân cầu sắt Mai Sơn, xã Mường Bon, xã Mường Bằng đều vượt GHCP trong đợt 1 (tháng 8/2015);
+ Thông số BOD tại vị trí Chân cầu sắt Mai Sơn vượt GHCP trong đợt 1 (tháng 8/2015);
+ Thông số Nirit tại vị trí Chân cầu sắt Mai Sơn vượt GHCP trong đợt 2 (tháng 11/2015);
+ Thông số E.Coli tại tại 03 vị trí Chân cầu sắt Mai Sơn, xã Mường Bon, xã Mường Bằng đều vượt GHCP trong 02 đợt quan trắc.
- Năm 2016:
+ Thông số Tổng chất rắn lơ lửng (TSS) tại 03 vị trí Chân cầu sắt Mai Sơn, xã Mường Bon, xã Mường Bằng đều vượt GHCP trong đợt 2 (tháng 9/2016);
+ Thông số Nirit tại vị trí Chân cầu sắt Mai Sơn, Xã Mường Bon vượt GHCP trong đợt 2 (tháng 9/2016);
+ Thông số E.Coli tại tại 03 vị trí Chân cầu sắt Mai Sơn, xã Mường Bon, xã Mường Bằng đều vượt GHCP trong đợt 2 (tháng 9/2016);
- Năm 2017:
+ Thông số Tổng chất rắn lơ lửng (TSS) tại 03 vị trí Chân cầu sắt Mai Sơn, xã Mường Bon, xã Mường Bằng đều vượt GHCP trong đợt 3 (tháng 9/2017);
+ Thông số Nirit tại vị trí Chân cầu sắt Mai Sơn vượt GHCP trong đợt 1 và đợt 2 (tháng 3, 6/2017), vị trí xã Mường Bon vượt GHCP trong đợt 2 (tháng 6/2017);
+ Thông số E.Coli tại tại 03 vị trí Chân cầu sắt Mai Sơn, xã Mường Bon, xã Mường Bằng đều vượt GHCP trong 03 đợt (tháng 3,6,9/2017);
+ Thông số DO, BOD5, Nitrit tại vị trí suối Nậm Pàn sau Khu công nghiệp Mai Sơn đều vượt GHCP trong tháng 11/2017.
Như vậy có thể thấy chất lượng nước suối Nậm Pàn đã có dấu hiệu ô nhiễm bởi các chất hữu cơ (COD; BOD5), ô nhiễm TSS vào mùa mưa, ô nhiễm các chất dinh dưỡng (Amoni, Nitrit), vi sinh (E.Coli) làm hàm lượng ôxy hòa tan (DO) trong nước giảm, không đảm bảo cho mục đích cấp nước sinh hoạt, bảo tồn động thực vật thủy sinh hoặc mục đích khác. Qua đó cho thấy thành phần gây ô nhiễm chính là các chất hữu cơ trong nước thải công nghiệp, nước thải sinh hoạt, nước thải chăn nuôi, nước thải y tế.