Thảm thực vật của Khu BTTN Sốp Cộp bao gồm cỏc kiểu rừng:
1) Rừng kớn lỏ rộng thường xanh mưa ẩm nhiệt đới (I.1)
Diện tớch 476,0ha, chiếm 2.54% tổng diện tớch BQL rừng đặc dụng Sốp Cộp, phõn bố thành cỏc đỏm nhỏ dưới độ cao 700m ở ven suối Nậm Cụng. Rừng cú cấu trỳc gồm nhiều tầng tỏn khỏ rừ rệt. Cỏc họ thực vật chiếm ưu thế là họ Dầu (Dipterocarpaceae), họ Xoan (Meliaceae), họ Trinh nữ (Mimosaceae), họ Vang (Caesalpiniaceae), họ Ba mảnh vỏ (Euphorbiacea),
họ Dõu tằm (Moraceae)... Rừng chia thành 4 tầng khỏc nhau: Tầng ưu thế sinh thỏi, tầng dưới tỏn rừng, tầng cõy bụi và tầng thảm tươi.
2) Rừng kớn thường xanh nhiệt đới trờn đất đỏ vụi xương xẩu (I.2)
Diện tớch 564,0 ha chiếm 3.01% tổng diện tớch tự nhiờn, chỉ phõn bố rải rỏc ở hai bờn suối Nậm Cụng. Đõy là kiểu phụ thổ nhưỡng của kiểu rừng kớn thường xanh mưa ẩm nhiệt đới nờn thành phần thực vật tạo rừng khụng chỉ là cỏc loài thực vật nhiệt đới mà cũn thể hiện tớnh chỉ thị cao cho loại hỡnh rừng này. Đú là Nghiến (Burretiodendron tonkinense), Trai (Garcinia fagraeoides), Mậy tốo (Streblus macrophyllus), Lỏt hoa (Chukrasia tabularis), Sõng (Pometia pinnata)...Tại những nơi ớt tỏc động. Rừng chia thành 4 tầng khỏc nhau: Tầng ưu thế sinh thỏi, tầng dưới tỏn rừng, tầng cõy bụi và tầng thảm tươi.
3) Rừng kớn lỏ rộng thường xanh mưa ẩm ỏ nhiệt đới nỳi thấp (II.1)
Kiểu rừng này cú diện tớch 3.677,0ha, chiếm 19.65% tổng diện tớch khu BTTN. Chỳng phõn bố chủ yếu ở khu vực nỳi Pu Cọp Mương, Phiờng Biềng và nỳi Pu Căm từ độ cao >700(800)m.
Kiểu rừng này ớt bị tỏc động hơn vỡ vậy cũn giữ được tớnh nguyờn sinh của rừng. Độ tàn che của tỏn rừng thường đạt 0,7- 0,8 (0,9). Thực vật tạo rừng cũng khụng kộm phần phức tạp như kiểu rừng kớn thương xanh mưa ẩm nhiệt đới. Thực vật chủ yếu là cỏc loài cõy lỏ rộng thuộc những họ sau: họ Dẻ (Fagaceae), Long nóo (Lauraceae), họ Chố (Theraceae), họ Ngọc lan (Magnoliaceae), họ Thớch (Aceraceae), họ Ngũ gia bỡ (Araliaceae), họ Đỗ quyờn (Ericaceae), họ Hoa hồng (Rosaceae)...
4) Rừng thứ sinh phục hồi sau nương rẫy (I.3 & II.2)
Cú diện tớch 8.031,0ha, chiếm 42.92% diện tớch tự nhiờn, kiểu rừng này phõn bố tập trung chủ yếu ở Pu Cọp Mương và rải rỏc Ngầm Trang, Pu Căm. Bao gồm rừng thứ sinh phục hồi sau nương rẫy nhiệt đới và rừng thứ sinh
phục hồi sau nương rẫy ỏ nhiệt đới nỳi thấp. Thành phần loài và cấu trỳc rừng đơn giản. Rừng chỉ cú một tầng cõy gỗ cú tỏn đều nhưng khỏ thưa nờn dưới tỏn rừng tầng thảm tươi khỏ phỏt triển của cỏc loài cỏ cao thuộc họ Hoà thảo (Poaceae) và họ Cỳc (Asteraceae). Thực vật tạo rừng phổ biến đều là cỏc loài tiờn phong ưa sỏng, chịu khụ hạn, mọc nhanh như: Vối thuốc (Schima wallichii), Chẹo trắng (Engelhardtia spicata), Hốo đỏ (Drypotes perreticillata), Ngỏt trơn (Gironneira cuspida), Cà ổi ấn độ (Castalopsis indica), Cỏng lũ (Betula alnoides), Thành ngạnh (Cratoxylum spp)...
5) Rừng thứ sinh Tre nứa (I.4 & II.3)
Kiểu rừng này ở Sốp Cộp chỉ cú một diện tớch nhỏ (16ha chiếm 0.09%) nằm trong cả hai vành đai rừng kớn thường xanh mưa ẩm nhiệt đới và ỏ nhiệt đới nỳi thấp, phõn bố rải rỏc phớa Nam và Đụng Khu BTTN Sốp Cộp. Đõy cũng là kiểu phụ thứ sinh nhõn tỏc được hỡnh thành sau nương rẫy hoặc rừng cõy gỗ bị khai thỏc kiệt. Thực vật tạo rừng, chủ yếu là loài Mạy sọt (Schizostachyum sp), Vầu (Indosasa spp), Mạy hốc (Dendrocalamus hamiltonii) và một số loài cõy gỗ mọc rải rỏc.
6) Trảng cỏ, cõy bụi, cõy gỗ rải rỏc (I.5 & II.4)
Kiểu thảm này khỏ phổ biến với 5471 ha, chiếm 29.24% tổng diện tớch tự nhiờn của Khu BTTN Sốp Cộp và phõn bố rải rỏc khắp cỏc khu vực ở cả 2 vành đai độ cao, nhưng tập trung hơn cả vẫn là ở đai rừng ỏ nhiệt đơớ nỳi thấp thuộc phần đất phớa Đụng và phớa Tõy của Khu BTTN Sốp Cộp. Phần lớn kiểu thảm này là cỏc trảng cỏ cao từ 0.7 - 2.5m như: Cỏ tranh (Imperata cylindrica), Lau (Erianthus arundinaceus), Lỏch (Saccharum spontaneum), Chớt (Thysanolaema maxima), Cỏ lào (Eupatorium odoratum), Cỳc nỳt ỏo tớm (Spilanthes oleracea), Cứt lợn (Ageratum conyzoides)....
Diện tớch 475ha, chiếm 2.54% diện tớch tự nhiờn phõn bố rải rỏc khắp BQL rừng đặc dụng Sốp Cộp, nhưng tập trung hơn cả là ở phớa Đụng của BQL rừng đặc dụng Sốp Cộp. Thực vật gõy trồng chủ yếu là lỳa nước, lỳa nương, Ngụ, Khoai, Sắn, Bụng, Đậu tương, cà phờ và cỏc loài cõy ăn quả khỏc như Cam, Quýt...