Đồng thời với việc xử lý mẫu thành những tiêu bản đạt yêu cầu, tiến hành phân loại từng họ, trong họ phân loại từng các chi. Để tiến hành xác định tên loài, thực hiện theo trình tự gồm các bước như sau:
Phân họ: Khâu quan trọng đầu tiên và hết sức quan trọng là phân loại tất cả các vật mẫu theo từng họ và các vật mẫu trong từng họ được phân loại theo từng chi. Để làm được việc đó phải dùng phương pháp chuyên gia, có như vậy mới giảm nhẹ được gánh nặng trong khâu xác định tên khoa học.
So mẫu: Tiến hành so sánh mẫu cần xác định với bộ mẫu có sẵn trong phòng mẫu cây khô (tạm gọi là mẫu chuẩn) lưu giữ tại phòng Bảo tàng Thực vật, trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội (HNU) và Viện Điều tra Quy hoạch Rừng để có tên sơ bộ. Những mẫu chưa có tên lại tiếp tục xác định bằng các khoá lưỡng phân. Khi định tên khoa học chúng tôi tiến hành phân tích các mẫu dựa vào các đặc điểm của cành, lá, hoa, quả.
Xác định tên loài: Trong quá trình tiến hành xác định tên khoa học phải
tuân theo các nguyên tắc trong chương 1.
Các tài liệu chính dùng trong quá trình xác định tên khoa học gồm:
+ Cây cỏ Việt Nam (Phạm Hoàng Hộ, 1991 - 1993, 1999 - 2000)
+ Cây gỗ rừng Việt Nam (1971 - 1988)
+ Vân Nam thực vật chí (Trung Văn)
+ Thực vật chí Đông Dương (Flore générale de l’ Indo-chine, H. Lecomte, 1907 - 1952)
+ Thực vật chí Cam-pu-chia, Lào, Việt Nam (Flore du Cambodge, du Laos et du Vietnam, Aubréville A. et al., 1960 - 1997)
+ The Plant Book (D.J.Mabberley, 1997)
+ Flora of China và Flora of China - Illustration (1994 - 2000)
+ Thực vật chí Việt Nam (the Flora of Vietnam): Họ Na - Annonaceae (Nguyễn Tiến Bân, 2000), Họ Bạc hà - Lamiaceae (Vũ Xuân Phương, 2000)…
+ Khoá xác định và phân loại họ Thầu dầu Việt Nam (Nguyễn Nghĩa Thìn, 1999)
+ Identification guide to Vietnamse Orchids (Orchidaceae Juss.) (Averyanov L. V., 1991)
+ Lan Việt Nam (The Orchids of Vietnam) (Nguyễn Thiện Tịch, 2001)
+ Cẩm nang nghiên cứu đa dạng sinh vật (Nguyễn Nghĩa Thìn, 1997)
Kiểm tra tên khoa học: Khi đã có đầy đủ tên loài, tiến hành kiểm tra lại các tên khoa học để đảm bảo tính hệ thống, tránh sự nhầm lẫn và sai sót. Điều chỉnh khối lượng họ và chi theo hệ thống của Brummitt trong "Vascular Plant Families and Genera" (1992), điều chỉnh tên loài theo các tài liệu "Cây cỏ Việt Nam" của Phạm Hoàng Hộ (1999 - 2000), "Tạp chí sinh học - chuyên đề thực vật" (1994 - 1995), "Thực vật chí Việt Nam" (các họ Lamiaceae, Annonaceae, Myrsinaceae, Cyperaceae…) và "Danh lục các loài thực vật Việt Nam" (2002 - 2003) và chỉnh tên tác giả theo tài liệu "Authors of Plant Names" của Brummitt R.K. và C. E. Powell (1992).
Bổ sung thông tin: Việc xác định các thông tin về đa dạng sinh học của
các loài về dạng sống, về yếu tố địa lý, về công dụng và tình trạng đe doạ, bảo tồn, ngoài các tài liệu trên, còn sử dụng các tài liệu khác như:
+ 1900 cây có ích (Trần Đình Lý, 1993)
+ Sách đỏ Việt Nam (1994)
+ Từ điển cây thuốc Việt Nam (Võ Văn Chi, 1997)
+ Những cây thuốc và vị thuốc Việt Nam (Đỗ Tất Lợi, 1977, 1999)
+ Cây cỏ có ích ở Việt Nam (Võ Văn Chi - Trần Hợp, tập I-1999, tập II- 2002)
+ Tài nguyên thực vật Đông Namá(PROSEA)
+ Từ điển thực vật thông dụng (Võ Văn Chi, 2003)…