Ngoài nguyên tắc cơ bản của các loại hình bảo hiểm là “số đông bù số ít” thì BHYT còn có năm nguyên tắc cơ bản sau đây:
(1)Nguyên tắc chia sẻ rủi ro: tất cả thành viên trong cộng đồng đều có thể gặp phải những rủi ro về sức khỏe. Họ sẽ đóng góp theo năng lực của mình vào quỹ BHYT và sau đó được thanh toán, chi trả chi phí khám chữa bệnh khi bệnh tật, ốm đau. Nguyên tắc chia sẻ rủi ro là quá trình phân phối lại giữa những người có sức khỏe tốt với người ốm đau, giữa những người có thu nhập cao với những người có thu nhập thấp, giữa
người trẻ với người già, vv... Mọi người dân được hưởng đầy đủ các quyền lợi KCB BHYT mà không phụ thuộc vào mức đóng góp BHYT. Quyền lợi mà người tham gia được nhận phụ thuộc vào chi phí khám chữa bệnh. Mức chi trả, thanh toán và mức đóng góp không bằng nhau giữa những người tham gia BHYT. Theo chính sách BHYT của nước ta, mỗi thành viên trong cộng đồng đều đóng góp vào quỹ BHYT theo khả năng kinh tế của họ, nhưng được nhận lại đầy đủ những dịch vụ y tế cơ bản khi cần thiết, không xem xét đến mức đóng góp. Chia sẻ rủi ro là nguyên tắc quan trọng nhất nói lên bản chất của BHYT. Chi cho BHYT chính là cách thức chi ít nhất nhưng lại là cách thức chủ động nhất, đem lại hiệu quả cao nhất để đối phó với những rủi ro về mặt sức khỏe.
(2) Nguyên tắc tự chịu trách nhiệm đối với sức khỏe bản thân: mọi người dân phải có ý thức trách nhiệm đối với sức khỏe của bản thân mình. Mỗi người đều phải ý thức giữ gìn và bảo vệ sức khỏe như: tập luyện thể thục thể thao thường xuyên, làm việc khoa học, hợp lý, tích cực phòng bệnh, vv... Khi bệnh tật, ốm đau, cần tích cực tuân thủ những yêu cầu KCB của bác sĩ. Nguyên tắc này cũng yêu cầu loại bỏ những loại hình bệnh tật như tự gây thương tích, nghiện ma túy, vv... ra khỏi phạm vi quyền lợi KCB BHYT. Nếu nguyên tắc tự chịu trách nhiệm đối với sức khỏe bản thân không được tuân thủ, số lượng người bệnh tật, ốm đau sẽ tăng cao dẫn đến nguy cơ bội chi quỹ BHYT. Nguyên tắc này và nguyên tắc chia sẻ rủi ro cùng tồn tại song song và bổ trợ cho nhau, và chỉ khi nào đảm bảo thực hiện được cả hai nguyên tắc này thì BHYT mới phát triển ổn định và bền vững.
(3) Quyền và nghĩa vụ tham gia BHYT phải được pháp luật quy định. Cân đối quỹ BHYT là yếu tố then chốt quyết định việc thực hiện chính sách BHYT lâu dài và bền vững. Cân đối giữa tổng số đóng góp và tổng thanh toán, chi trả cho những rủi ro sức khỏe của cộng đồng. Quy định bắt buộc tham gia BHYT là điều kiện cần thiết để đảm bảo nguyên tắc chia sẻ rủi ro. Nếu pháp luật không quy định BHYT bắt buộc, tất yếu sẽ xảy ra hiện tượng “lựa chọn ngược”, nhất là ở những quốc gia chưa phát triển, dân trí thấp, người dân không hiểu được lợi ích của việc tham gia BHYT. “Lựa chọn ngược” là hiện tượng người dân chỉ tham gia BHYT khi tình trạng sức khỏe không được tốt hoặc khi già yếu. Điều này trái ngược lại với nguyên tắc chia sẻ rủi ro giữa người khỏe mạnh với người ốm đau, người già với người trẻ, vv... Không những thế, hiện tượng này còn gây ra gánh nặng chi trả cho quỹ BHYT dẫn đến bội chi quỹ BHYT.
(4)Nhà nước bảo trợ và hỗ trợ cho một số nhóm đối tượng nhất định. Trước hết BHYT hoạt động theo nguyên tắc đóng-hưởng, người dân phải tham gia đóng góp vào quỹ BHYT thì mới được thanh toán, chi trả chi phí KCB. Tuy nhiên, ở bất cứ quốc gia nào cũng luôn tồn tại những đối tượng nghèo và yếu thế trong xã hội. Bản thân họ không
có điều kiện kinh tế để tham gia đóng góp vào quỹ BHYT. Do đó, Nhà nước cần phải hỗ trợ mức đóng góp cho một số nhóm đối tượng nghèo và yếu thế, cho đến khi họ có việc làm và thu nhập đảm bảo ổn định đời sống, đủ điều kiện trực tiếp tham gia BHYT. Đồng thời, trong mọi tình huống, Nhà nước phải là người đứng ra bảo trợ cho quỹ BHYT đảm bảo được tính cân đối bền vững.
(5)Mỗi người tại mỗi thời điểm chỉ tham gia BHYT theo một diện đối tượng nhất định. Về mặt lý thuyết, BHYT toàn dân có độ bao phủ 100% dân cư của quốc gia. Mỗi người dân chỉ tham gia BHYT theo một diện đối tượng nhất định, tránh hiện tượng trùng lắp gây lãng phí cũng như khó khăn cho công tác quản lý. Ví dụ, một sinh viên nghèo đã tham gia BHYT sinh viên được Nhà nước hỗ trợ thì sẽ không được tham gia BHYT theo đối tượng hộ nghèo nữa. Việc trùng lắp đối tượng tham gia BHYT còn gây ra sự nhầm lẫn trong thống kê số người tham gia BHYT.
Ngoài các nguyên tắc cơ bản kể trên, BHYT còn có thể áp dụng nguyên tắc cùng chi trả, nguyên tắc công khai, minh bạch trong quản lý quỹ, v.v…