Thuế thu nhập do người đóng thuế tựtính toán mức thu nhập của năm và số thuế phải nộp trên thu nhập đó, sau đó chủ động kê khai và nộp thuế, đây là nguyên tắc gọi là “chếđộkê khai nộp thuế”. Tuy nhiên, cùng với đó thì đối với một số thu nhập nhất định được áp dụng chếđộ khấu trừ tại nguồn, theo đó người chi trả thu nhập sẽ khấu trừvà nộp thuế thu nhập tại thời điểm chi trả. Thuếđược khấu trừ tại nguồn này được gọi là thuế thu nhập tại nguồn. Việc khấu trừ tại nguồn là bắt buộc
cho các trường hợp thực hiện chi trả một số thu nhập nhất định thuộc đối tượng chịu thuế, bất kểđó là cá nhân hay pháp nhân. Thu nhập là đối tượng áp dụng chếđộ khấu trừ tại nguồn được quy định theo loại thu nhập và phân loại người nhận thu nhập đó.
3.4.1 Thủ tục khấu trừ tại nguồn và nộp thuế
Người thực hiện khấu trừ tại nguồn và chi trả thu nhập phải nộp số thuếđã khấu trừ tại nguồn chậm nhất là ngày 10 của tháng kế tiếp tháng thực hiện việc thanh toán. Tuy vậy, trong trường hợp người nộp thuếcó địa chỉhoặc địa điểm kinh doanh
tại Nhật Bản, khi việc thanh toán được thực hiện cho người không cư trú tại Nhật Bản hoặc pháp nhân nước ngoài, thuế thu nhập tại nguồn phải được nộp chậm nhất là ngày cuối của tháng kế tiếp tháng thực hiện việc chi trả thu nhập. Về thuế thu nhập tại nguồn đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công chi trảcho người cư trú, giới hạn trong những cơ sởkinh doanh có quy mô nhỏvới sốnhân viên nhận lươngdưới 10 người, theo lựa chọn của cơ sởđó, có quy định ngoại lệvềviệc nộp thuế
thu nhập tại nguồn một năm 2 lần, mỗi lần cho 6 tháng (đến ngày 10 tháng 7 và đến ngày 20 tháng 1).
3.4.2 Khấu trừ tại nguồn đối với người cư trú (cá nhân)
Các chi trả nhất định dưới đây và các khoản chi trảkhác đối với người cư trú thuộc đối tượng khấu trừ tại nguồn: Tiền lãi;
Lợi tức;
Tiền lương, thưởng và các loại thù lao tương tựkhác;
Trợ cấp thôi việc;
Thù lao, phí đối với một sốchuyên gia nhất định.
3.4.3 Khấu trừ tại nguồn đối với pháp nhân trong nước
Các chi trả nhất định dưới đây và các khoản chi trảkhác đối với pháp nhân trong nước thuộc đối tượng khấu trừ tại nguồn.
Tiền lãi;
3.4.4 Khấu trừ tại nguồn đối với người không cư trú, pháp nhân nước ngoài
Đối với người không cư trú hoặc pháp nhân nước ngoài, trong trường hợp thanh toán các thu nhập nhất định được nêu
tại phần (4) và (5) của mục 3.2.1 “Thu nhập phát sinh tại Nhật Bản”, khi thực hiện chi trả tại Nhật Bản, hoặc kể cảtrong trường hợp thực hiện chi trảngoài Nhật Bản mà người chi trảcó địa chỉhoặc địa điểm kinh doanh tại Nhật Bản thì phải khấu trừ tại nguồn. Trong đó, đối với một số thu nhập nhất định được quy định theo phân loại người không cư trú và pháp nhân nước ngoài, trong trường hợp người không cư trú hoặc pháp nhân nước ngoài là người nhận thu nhập có cơ sởthường trú tại Nhật Bản, việc khấu trừ tại nguồn sẽđược miễn với điều kiện là thu nhập đó thuộc vềcơ sởthường trú này, và người nhận thu nhập nộp chongười chi trả thu nhập chứng minh của cơ quan thuế thể hiện rằng thu nhập đã tính gộp vào thu nhập kinh
doanh và là đối tượng chịu thuếkê khai.