Đểloại trừviệc đánh thuếhai lần giữa các quốc gia đối với thu nhập, việc khấu trừ số thuếnước ngoài đối với một số
thu nhập nhất định của pháp nhân Nhật Bản từ số thuế tại Nhật Bản trong phạm vi khấu trừđược công nhận. Trong chếđộ
khấu trừ thuếnước ngoài này, có các loại như (1) đối với tài sản mà pháp nhân Nhật Bản đã nhận ởnước ngoài, số thuếnước
ngoài đã tự mình trực tiếp nộp sẽlà đối tượng khấu trừ (khấu trừ thuế trực tiếp), (2) chếđộcăn cứquy định của Điều ước quốc tếvề thuế, số thuếđược đặc biệt miễn giảm tại nước ký kết Điều ước là đối tượng khấu trừ (khấu trừ thuế), (3) coi số
thuếnước ngoài ứng với thu nhập của những công ty con ởnước ngoài nhất định đã được tính gộp vào thu nhập của pháp
nhân Nhật Bản nhờviệc áp dụng chếđộ thuếđược gọi là chính sách thiên đường thuế.
Ngoài ra, đối với lợi tức từcông ty con ởnước ngoài nhất định của pháp nhân Nhật Bản thỏa mãn một sốđiều kiện về
nắm giữ cổ phần, sẽ áp dụng chếđộ không tính gộp vào lợi nhuận của công ty con nước ngoài. Tức là, khấu trừ thuếđánh hai lần mang tính quốc tếđược thực hiện thông qua việc loại trừ một số tiền nhất định ra khỏi đối tượng chịu thuế.
3.9.2 Chếđộ thuếliên quan đến chuyển giá
Đểngăn ngừa việc chuyển giá thông qua xác định giá trị của giao dịch với các công ty liên quan như công ty mẹởnước
ngoài khác với giá trịthông thường (giá giữa các doanh nghiệp độc lập), dẫn đến thu nhập chịu thuếít đi do mức giá đó khác với giá áp dụng đối với các doanh nghiệp độc lập, tiền thuế sẽđược xác định trên cơ sở coi giao dịch liên quan là giao dịch
được thực hiện theo giá giữa các doanh nghiệp độc lập. Hơn nữa, đểcơ quan thuế của các nước có thể nắm bắt được bức
tranh toàn cảnh vềhoạt động của các công ty toàn cầu, các pháp nhân thuộc một số tập đoàn doanh nghiệp đa quốc gia sẽ
phải nộp một bản báo cáo cuối cùng theo mẫu quy định trước kể từnăm tài chính bắt đầu từngày 01 tháng 04 năm 2016 của
công ty mẹ.
3.9.3 Chếđộ chính sách thiên đường thuế
Đểphòng chống việc pháp nhân Nhật Bản trốn thuế nhờ giữlại thu nhập thông qua một sốcông ty con nước ngoài nhất định
ở những nơi gọi làthiên đường thuếhay một sốcông ty con tại nước ngoài khác, giá trịtương ứng với phần vốn góp của pháp
nhân trong số thu nhập được giữlại của công ty con ởnước ngoài đó sẽđược gộp vào thu nhập chịu thuế của pháp nhân Nhật Bản và bịđánh thuế.
3.9.4 Chếđộ thuếđối với vốn siêu nhỏ
Trong trường hợp vốn vay mà pháp nhân nhận từ một số cổđông chi phối nước ngoài nhất định đạt mức trên 3 lần (hoặc một tỉlệ thích hợp thay vào đó) vốn của pháp nhân, phần lãi vay tương ứng với với giá trịvượt sẽkhông được khấu trừ khi
tính toán thu nhập chịu thuế.
3.9.5 Chếđộ thuếđối với lãi thanh toán quá lớn
Trong trường hợp pháp nhân thanh toán lãi cho công ty liên quan như công ty mẹởngoài Nhật Bản, giá trịvượt trên
20% giá trịsau khi điều chỉnh nhất định đối với giá trị thu nhập trong phần lãi thanh toán đó sẽkhông được khấu trừ khi tính
toán thu nhập chịu thuế. Tuy nhiên, giá trịlãi thanh toán cho công ty liên quan từ 20 triệu Yên trở xuống, hoặc tổng các
khoản lãi thanh toán thuần của tất cảcác pháp nhân trong nước có quan hệvềvốn sở hữu quá 50% có giá trị từ20% trở
xuống trong tổng số tiền thu nhập điều chỉnh của pháp nhân trong nước đó thì không áp dụng chếđộnày.
Hơn nữa, trong trường hợp áp dụng cả chếđộnày và chếđộ thuếđối với vốn siêu nhỏđã nêu tại phần 3.9.4 ởtrên, sẽ áp dụng phần giá trị không thể khấu trừlớn hơn.