Kết quả tổ chức thực hiện đã đạt được những kết quả nhất định, tuy nhiên trên thực tế vẫn còn một số tồn tại hạn chế cần khắc phục như:
● Thứ nhất, tình trạng đăng ký hộ tịch quá hạn vẫn còn trong nhân dân: Số lượng đăng ký khai sinh quá hạn còn cao; tỷ lệ đăng ký khai tử còn thấp, những ai chết có chế độ tử tuất, xin đất mộ thì mới đến phường khai tử, việc này đã ảnh hưởng đến thi hành pháp luật về hộ tịch và quản lý của chính quyền địa phương.
Việc nam, nữ kết hôn phải gửi đơn đến Uỷ ban nhân dân phường trong một thời gian nhất định để cấp có thẩm quyền thẩm định, xem xét những điều kiện cần và đủ của đôi bên quyết định cho kết hôn hoặc không cho kết hôn. Tuy nhiên trong thực tế khi nam, nữ đến trụ sở Uỷ ban nhân dân phường nơi họ cư trú để đăng ký kết hôn họ mới đồng thời nộp đơn xin kết hôn. Từ những việc trên đã thể hiện sự lỏng lẻo trong công tác quản lý và trách nhiệm của các cán bộ có thẩm quyền ở tuyến cơ sở còn chủ quan, một bộ phận thanh niên vẫn chưa ý thức được quy định của pháp luật.
● Thứ hai, việc ghi chép sổ hộ tịch còn chưa đúng quy định: điển hình nhiều trường hợp ghi không đủ nội dung, dữ liệu trong mẫu giấy tờ hộ tịch có sẵn như không ghi nơi sinh trong giấy khai sinh hoặc chỉ ghi xã và còn viết tắt. Trong sổ hộ tịch thì không ghi tên, chức vụ của người ký cấp giấy tờ hộ tịch, chữ ký của cán bộ Tư pháp Hộ tịch, không có chữ ký của người đi đăng ký khai sinh; cột ghi chú thì không ghi đăng ký quá hạn, đăng ký lại, ghi chưa chính xác về quan hệ giữa người đi khai với người được đăng ký sự kiện hộ tịch. Không ghi rõ ngày, tháng, năm sinh của người vợ và người chồng trong giấy đăng ký kết hôn, đặc biệt là có trường hợp
còn không có chữ ký của hai bên vợ và chồng trong sổ đăng ký kết hôn, dẫn đến việc không đảm bảo sự tự nguyện trong đăng ký kết hôn.
Các sự kiện hộ tịch đã đăng ký được lưu trong sổ hộ tịch; việc lưu trữ sổ sách, hồ sơ theo phương pháp thủ công, chưa được ứng dụng công nghệ thông tin trong việc lưu trữ, quản lý nên chưa có sự liên thông giữa các ngành, các cấp thuộc thành phố Hà Nội và việc tra cứu dữ liệu rất khó khăn, mất nhiều thời gian và không tránh khỏi sai sót.
Chất lượng của một số Sổ hộ tịch chưa đảm bảo, sử dụng một thời gian ngắn bị hư hỏng gáy, các trang sổ bộ rời ra khỏi bìa. Một số thông tin trong Biểu mẫu hộ tịch không đủ để ghi thông tin. Ví dụ: Giấy tờ chứng minh về nhân dân.
Thứ tư, cấp giấy tờ hộ tịch còn tùy tiện, việc đăng ký chậm trễ.
Công tác cấp giấy tờ hộ tịch trong thời gian qua còn nhiều trường hợp đăng ký sự kiện hộ tịch chỉ dựa vào lời khai của người đi khai mà không yêu cầu cung cấp đầy đủ giấy tờ theo quy định để chứng minh sự kiện hộ tịch là có thật. Bởi có nhiều cán bộ quản lý hộ tịch trong một số những trường hợp phức tạp, do quen biết, nể nang, sợ dân phản ánh nên không đi thực tế xác minh làm rõ mà vẫn ký và cấp, suy cho cùng đã làm hợp thức hóa cái sai của họ thành cái đúng; khi giải quyết hồ sơ thay đổi, cải chính hộ tịch công chức làm công tác hộ tịch chưa kiểm tra, xem xét kỹ các hồ sơ thay đổi, cải chính hộ tịch đã trình Chủ tịch ký Quyết định cải chính, thay đổi hộ tịch. Công chức làm công tác hộ tịch chỉ căn cứ vào các loại giấy tờ như giấy chứng minh nhân dân, hộ khẩu, lý lịch đảng viên, sổ bảo hiểm và các loại bằng cấp học bạ... là được cải chính ngày, tháng, năm sinh dẫn đến công dân lợi dụng việc cải chính để hợp thức hóa giấy tờ cá nhân vì mục đích khác.
Thứ năm, thủ tục hành chính vẫn còn rườm rà, khó áp dụng, khó thực hiện. Vẫn còn tình trạng chồng chéo về chức năng nhiệm vụ, còn nhiều cấp quản lý và cấp đăng ký hộ tịch. Quá trình đăng ký hộ tịch vẫn còn tình trạng tự đặt thêm các thủ tục giấy tờ hoặc máy móc trong áp dụng pháp luật gây phiền hà cho người dân khi yêu cầu đăng ký hộ tịch.