Hội nhập quốc tế mang lại những cơ hội đi kèm theo nhiều thách thức cho nền kinh tế trong nước trong đó nông nghiệp là ngành chịu nhiều ảnh hưởng.
Đến thời điểm này, Việt Nam đã tham gia 12 Hiệp định Thương mại tự do và đang tiếp tục đàm phán các hiệp định khác. Trong đó hiệp định TPP (Hiệp định đối tác Kinh tế xuyên Thái Bình Dương) sẽ có hiệu lực trong năm 2016, các Hiệp định thương mại Cộng đồng Kinh tế ASEAN, Hiệp định thương mại Việt Nam-Hàn Quốc, Việt Nam-EU cũng sắp được ký kết. Nông sản Việt sẽ chịu sự cạnh tranh gay gắt khi những quy định về cắt giảm thuế suất của các hiệp định thương mại tự do chính thức được áp dụng. Thêm vào đó, thực tế sản xuất với quy mô nhỏ lẻ; tình trạng chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp còn mang tính tự phát, sản xuất chủ yếu theo tín hiệu thị trường ngắn hạn cộng thêm trình độ sản xuất công nghiệp chế biến còn
thấp so với các nước cùng với các yếu tố tác động khách quan như khí hậu, dịch bệnh… làm cho nông nghiệp sẽ dễ bị “tổn thương” khi gặp những tác động bất lợi từ thị trường dù là nhỏ nhất.
Trong khi đó, thị trường quốc tế yêu cầu ngày càng cao về chất lượng, tiêu chuẩn về vệ sinh an toàn thực phẩm, mẫu mã phải đa dạng, giá thành hợp lý, đồng thời cũng phải đảm bảo khâu cung ứng kịp thời cho nhà nhập khẩu… Hay nói theo xu hướng hiện nay là thị trường đòi hỏi những sản phẩm “xanh” của một nền nông nghiệp “ xanh”.
Để vượt qua được những thách thức của hội nhập cũng như đáp ứng yêu cầu của thị trường thế giới, nông nghiệp Việt Nam cần phát triển trên cơ sở thực hiện một nền nông nghiệp đa chức năng và phải đầu tư nhiều hơn cho nghiên cứu, chuyển giao khoa học công nghệ, khuyến khích doanh nghiệp trong nước đầu tư vào nông nghiệp cũng như nâng cao năng lực cho nông dân để họ có thể tự tổ chức sản xuất để nâng cao năng suất, chất lượng. Một trong những hành động cụ thể là phải tái cơ cấu, tổ chức sản xuất trên cơ sở tích tụ ruộng đất liền vùng rộng lớn, cùng trà giống, cùng quy trình kỹ thuật gieo trồng, chăm sóc, thu hoạch và tiến tới bảo đảm cả chế biến, lưu thông hàng hóa một cách có thương hiệu, với giá thành hạ, lợi nhuận cao.
Tây Nam Bộ là vựa lúa, vựa trái cây và thủy hải sản lớn nhất cả nước nên những thách thức của hội nhập đối với ngành nông nghiệp thì Tây Nam Bộ sẽ chịu tác động nhiều nhất. Do đó Tây Nam Bộ phải đi đầu trong việc tích tụ ruộng đất để đáp ứng những yêu cầu của hội nhập và thị trường thế giới.