Mẫu đất thu thập ở vùng rễ của cây cà phê bao gồm hệ vi sinh vật nấm, khuẩn và động vật nguyên sinh, DNA tách chiết được từ đất sẽ bao gồm DNA tổng số của vi khẩn nấm và những động vật nguyên sinh này. Số lượng và chất lượng DNA tổng số tách từ các mẫu đấy là nguồn vật liệu ban đầu quan trọng và cần thiết cho các nghiên cứu metagenomic. Chất lượngDNAđược đánh giá trên gel agrose.
Trong những thí nghiệm đầu tiên, 0,25g đất từ mỗi mẫu đã được sử dụng để tách DNA tổng với bộ Kit Powersoil của hãng Ilumina.Tuy nhiên, kết quả cho thấy với lượng mẫu ban đầu này nồng độ DNA thu được là rất thấp chỉ từ 9 - 11ng/ µl, mặc dùđộsạch rất cao 1,77 – 1,83. Do đó, chúng tôi đã tăng khối lượng mẫu đất cho quá trình tách chiết DNA tổng số lên 0,75g. DNA tổng số sau tách chiết được điện di kiểm tra trên gel agarose 1% (Hình 3.3)
Hình 3.3. Kết quả điện di kiểm tra sản phẩm tách DNA tổng số của 4 mẫuđất nghiên cứu
Kết quả điện di kiểm tra sản phẩm tách DNA tổng số trên hình 3.3 cho thấy, DNA tổng số thu được có chất lượng tốt, các băng vạch đều sáng rõ, gọn điều này chứng tỏ DNA thu được có nồng độ cao và độ tinh sạch tốt. Điều này cũng được phản ánh trong kết quả đo nồng độ và độ sạch của DNA tổng số thu được bằng máy nano drop (Bảng 3.2).
Bảng 3.2. Nồng độ và độ tinh sạch 4 mẫu DNA tách từ đất STT Nồng độ Độ tinh sạch (A260/A280) TCT 51,5 ng/µl 1,84 TCB 54,8 ng/µl 1,81 NSC 52,5 ng/µl 1,90 NSTB 60,1 ng/µl 1,86
Nồng độ DNA tách từ mẫu đất 4 có nồng độ cao nhất 60,1 ng/µl, sau đó là mẫu 2 có nồng độ 54,8 ng/µl, thấp nhất là mẫu 1 có nồng độ51,5ng/µl. Độ tinh sạch của cả 4 mẫu DNA đều đạt tiêu chuẩn1,81 -1,9. Điều này chứng tỏ quá trình tách chiết cho kết quả tốt, DNA thu được đạt yêu cầu để sử dụng cho những nghiên cứu tiếp theo.