Ở mức độ thấp hơn về mặt phân loại, nghiên cứu đã xác định được 438 chi trên toàn bộ dữ liệu phân tích, và chọn ra một số chi quan trọng, được cho là có lợi hay hại trên cây cà phê (Hình 3.10 và 3.11), để tập trung phân tích. Các nhóm có tỉ lệ phần trăm thấp hơn 0,1% được phân vào các nhóm khác. Các trình tự còn lại được xếp nhóm chưa được phân loại.
A B
Hình 3.10. Biểu đồ thể hiện cấu trúc quần thể vi sinh vật có lợi ở mức độ chi
A. Biểu đồ thể hiện cấu trúc quần thể vi sinh vật mức độ chi có lợi trong nhóm cà phê tái canh. B. Biểu đồ thể hiện cấu trúc quần thể vi sinh vật mức độ chi có lợi trong nhóm cà phê kinh doanh
Từ hình 3.10 cho thấy có 11 chi các vi sinh vật có lợi trong đất quanh vùng rễ cây cà phê. Tuy nhiên số lượng loài trong các chi phụ thược vào kiểu cảnh tác và giai đoạn phát triển của cây. Kết quả trong hình 3.9A cho thấy, chi Sphingobium ở mẫu cà phê tái canh có số lượng cao gấp 8 lần so với mẫu cà phê tái canh nhiễm bệnh. Đây làchi bao gồm các loài được biết là có khả năng phân huỷ một loạt các hóa chất gây
độc cho môi trường như các hợp chất thơm và clo, phenol như nonylphenol và pentachlorophenol, thuốc diệt cỏ như (RS)-2-(4-chloro-2-methylphenoxy) propionic acid và hexachlorocyclohexane, và hydrocacbon thơm đa vòng. Chi Chitinophaga
chiếm một số có khả năng phân hủy chitin (vỏ tuyến trùng) và cellulose đây là một chi vi sinh vật đất có ảnh hưởng đến sinh trưởng của cây cà phê chúng có khả năng phân hủy vỏ chitin của tuyến trùng trong đất. Chi Streptomyces được tìm thấy chủ yếu trong đất và thảm thực vật mục nát. Streptomyces sinh bào tử, tạo mùi đặc trưng, là kết quả từ sản sinh geosmin trong quá trình chuyển hóa các chất. Streptomyces được nghiên cứu rộng rãi và được biết đến nhiều nhất là chi của họ xạ khuẩn (Actinomyces).
Streptomyces thường sống ở đất có vai trò là vi sinh vật phân hủy quan trọng. Chủng vi sinh này sản xuất hơn một nửa số thuốc kháng sinh trên thế giới và đó là sản phẩm có giá trị lớn trong lĩnh vực y tế, chính vì có khả năng sinh kháng sinh nên mẫu cà phê tái canh khỏe mạnh phân tích được lượng Streptomyces gấp 9 lần so với mẫu cà phê tái canh nhiễm bệnh.
Từ hình 3.10 B cho thấy các chi Sphingobium, Chitinophaga, Streptomyces
chiếm ưu thế hơn trong mẫu cà phê kinh doanh năng suất cao. Ngoài các chi đó ra ta thấy Bacillus loài gần như phổ biến trong tự nhiên, ví dụ như trong đất, mà còn xảy ra trong môi trường khắc nghiệt như pH cao ( B. alcalophilus), nhiệt độ cao ( B. thermophilus ), hoặc muối cao ( B. halodurans ). B. thuringiensis tạo ra một độc tố có thể giết côn trùng và do đó đã được sử dụng làm thuốc trừ sâu (Joan L. Slonczewski & John W. Foster (2011), các loại vi sinh vật trên tồn tại trong đất, chúng có tác dụng lên trên vật chủ giúp cây chủ tăng được sức đề kháng với các loại bệnh, nấm, côn trùng hại. Chính vì vậy qua số liệu thu đư
Được nhận thấy trong nhóm cà phê kinh doanh năng suất cao có bacillus cao gấp 3 lần so với nhóm cà phê kinh doanh có năng suất thấp.
A B
Hình 3.11. Biểu đồ thể hiện cấu trúc quần thể vi sinh vật có hại mức độ chi
A. Biểu đồ thể hiện cấu trúc quần thể vi sinh vật có hại mức độ chi trong nhóm cà phê tái canh. B. Biểu đồ thể hiện cấu trúc quần thể vi sinh vật có hại mức độ chi trong nhóm cà phê kinh doanh.
Số lượng và phân bố của các chi có hại đối với sinh trưởng và phát triển của cây cà phê được thế hiện trong hình 3.11 A và 3.11 B, trong đó chi Burkholderia có số lượng lớn. Đặc biệt với nhóm tái canh bệnh, số lượng vi sinh vật cao gấp 13 lần so với nhóm cà phê tái canh tốt.
3.5.4. Kết quả phân tích thành phần một số loài vi khuẩn đặc trưng của hệ vi sinh vật đất vùng rễ cây cà phê.
Phân tích trên toàn bộ dữ liệu, chúng tôi xác định được sự có mặt của 155 loài và chọn ra một số loài đặc trưng để phân tích (Hình 3.12 và 3.13)
A B
Hình 3.12. Biểu đồ thể hiện cấu trúc quần thể vi sinh vật có ích mức độ loài
A. Biểu đồ thể hiện cấu trúc quần thể vi sinh vật có ích mức độ loài trong nhóm cà phê tái canh. B. Biểu đồ thể hiện cấu trúc quần thể vi sinh vật có ích mức độ loài trong nhóm cà phê kinh doanh.
Trong số các loài được phát hiện, S. wittichii chiếm số lượng ưu thế đặc biệt với mẫu tái canh tốt có số lượng cao gấp 5 lần so với mẫu tái canh bệnh. Điều này cho thấy S.wittichii có thểảnh hưởng trực tiếp đến sự sinh trưởng và phát triển của cà phê. Các loài S. wittichii là loài có khả năng phân hủy dioxin. Ngoài ra còn có các loài tạo ra các chất khác nhau như G.fujikuroi sản xuất chất kích thích sinh trưởng thực vật, H.
ochraceum chuyển hóa kháng nấm và sinh kháng sinh; R. leguminosarum có khả năng cố định đạm tự do.
A B
Hình 3.13. Biểu đồ thể hiện cấu trúc quần thể vi sinh vật có hại mức độ loài
A. Biểu đồ thể hiện cấu trúc quần thể vi sinh vật có hại mức độ loài trong nhóm cà phê tái canh. B. Biểu đồ thể hiện cấu trúc quần thể vi sinh vật có hại mức độ loài trong nhóm cà phê kinh doanh
Trong số các loài phân tích, có 5 loài có thể gây bệnh trên cà phê và các loài thực vật khác.Kết quả thể hiện ở Hình 3.13 cho thấy, có các loài gây hại cho thực vật điển hình như R. solanacearum gây bệnh héo lá, Fastidiosa gây bệnh lá cháy,
Pseudomonas garcae gây bệnh đốm lá cà phê. Đối với nhóm cà phê tai canh bị bệnh và năng suất thấp ta thấy sự có mặt của các loài Fastidiosa, Pseudomonas garcae và R. solanacearum cao hơn các nhóm tái canh tốt cà năng suất cao. Điều này phần nào cho thấy các chủng này phần nào tác động tới sự phát triển cũng như năng suất của cây cà phê.
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ