Đoa ̣n mã hóa của gen GmCHI được xác đi ̣nh trình tự nucleotide từ plasmid tái tổ hợp pBT-GmCHI trên thiết bị giải trình tự nucleotide tự đô ̣ng , kết quả đươ ̣c thể hiê ̣n ở hình 3.7.
Kết quả ở hình 3.7 cho thấy đoa ̣n mã hóa của gen GmCHI có 657
nucleotide. Bằng chương trình phân tích BLAST trong NCBI cho kết quả về đô ̣ tương đồng 98,9% so với trình tự gen CHI mang mã số NM _001248290 trên Ngân hàng Gen . Như vâ ̣y kết quả phân tích trên đã khẳng đi ̣nh đoạn gen phân lâ ̣p từ mRNA của hai giống đậu tương ĐT51, DT84 là gen GmCHI. Gen GmCHI
có kích thước 657 nucleotide, mã hóa cho 218 amino acid.
Tuy nhiên, giữa các trình tự nucleotide của gen GmCHI của các giống đậu
tương trên khác nhau ở mô ̣t số vi ̣ trí nucleotide (Bảng 3.2). Bảng 3.2 cho thấy giữa các trình tự nucleotide có 14 vị trí nulceotide sai khác . So với trình tự gen
CHI mang mã số NM_001248290, trình tự gen GmCHI của giống ĐT51 sai khác ở 7 vị trí nucleotide, đó là các vi ̣ trí 23, 24, 33, 37, 60, 74, 115; còn giống DT84 sai khác ở 7 vị trí nucleotide là 12, 91, 140, 244, 598, 635, 639. Trình tự gen
GmCHI của hai giống ĐT51 và DT84 có sự sai khác ở 14 vị trí, đó là: 12, 23, 24, 33, 37, 60, 74, 91, 115, 140, 244, 598, 635, 639. Những sai khác này có liên quan đến hoa ̣t đô ̣ng của enzyme CHI hay không cần phải có sự nghiên cứu và phân tích sâu hơn.
Hình 3.7. Trình tự nucleotide của gen GmCHI phân lâ ̣p từ hai giống đâ ̣u tương ĐT51 và DT84 so với trình tự gen CHI của giống đậu tương mang mã số
Bảng 3.2. Các vị trí sai khác về trình tự nucleotide giữa ba trình tự gen CHI TT Vị trí nucleotide NM_001248290 ĐT51 DT84 1 12 C C G 2 23 A G A 3 24 G T G 4 33 C G C 5 37 G C G 6 60 A G A 7 74 A T A 8 91 G G A 9 115 A T A 10 140 C C G 11 244 G G C 12 598 T T A 13 635 T T G 14 639 C C G
Tiếp tu ̣c so sánh trình tự amino acid suy diễn từ gen GmCHI của hai giống
đậu tương nghiên cứu với nhau và với trình tự amino acid của protein CHI suy diễn từ gen mang mã số NM _001248290, kết quả được thể hiện ở hình 3.8. Kết quả so sánh cho thấy trình tự amino acid s uy diễn từ gen GmCHI của các giống đậu tương có sự tương đồng từ 96,8% đến 97,7%. Tuy nhiên, giữa các trình tự amino acid suy diễn có 12 vị trí sai khác về amino acid . So với trình tự amino acid suy diễn từ gen CHI mang mã số NM _001248290, trình tự amino acid suy diễn ở giống đâ ̣u tương ĐT 51 có 5 vị trí amino acid sai khác , đó là các vi ̣ trí 8, 11, 13, 25, 39; còn ở giống DT84 có 7 vị trí sai khác, cụ thể là các vị trí số 4, 31, 47, 82, 200, 212, 213 (Bảng 3.3).
Hình 3.8. Trình tự amino acid suy diễn từ gen GmCHI phân lập từ hai giống đâ ̣u tương ĐT51, DT84 và từ gen CHI mang mã số NM_001248290 trên Ngân hàng Gen
Bảng 3.3. Các vị trí sai khác trong trình tự amino acid suy diễn từ gen GmCHI giữa các giống đâ ̣u tương
TT Vị trí amino acid NM_001248290 ĐT51 DT84 1 4 I I M 2 8 Q R Q 3 11 F L F 4 13 E Q E 5 25 K M K 6 31 G G S 7 39 I F I 8 47 T T R 9 82 D D H 10 200 L L I 11 212 L L W 12 213 S S R
Đậu tương có 2n = 40, n = 20 và họ gen GmCHI ở đậu tương gồm 3 gen GmCHI, GmCHI1B1 và GmCHI2-A thuộc nhiễm sắc thể số 20. Trong đó gen
GmCHI có vị trí GLYMA_20G241500, xếp trước gen GmCHI1B1, tiếp đến GmCHI2-A (Hình 3.9A). Hai trình tự gen GmCHI mRNA của hai giống đâ ̣u tương ĐT51 và DT84 mà chúng tôi phân lập được thuộc nhiễm sắc thể số 20, có vị trí trong khoảng từ 46120K đến 46130K (Hình 3.9B)
A
B
Hình 3.9. Vị trí của gen GmCHI, GmCHI1B1, GmCHI2-A ở cây đậu tương [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?LinkName=nuccore_gene&from_uid=35172 3088].
3.3. SƢ̣ ĐA DẠNG VỀ TRÌNH TƢ̣ NUCLEOTIDE VÀ TRÌNH TƢ̣ AMINO
ACID SUY DIỄN CỦA GEN GmCHI