Thực tế phát triển của thương mại điện tử đang gặp phải một số trở ngại lớn như hành lang pháp lý về thương mại điện tử vẫn chưa hoàn thiện, vấn đề an ninh mạng, tội phạm liên quan đến thương mại điện tử, dịch vụ logistic chưa phát triển, chưa có những quy định về chuẩn trao đổi dữ liệu điện tử, dịch vụ chứng thực chữ ký số hầu như chưa xuất hiện, hợp tác quốc tế về thương mại điện tử chưa toàn diện.
Mặc dù đã được pháp luật công nhận, nhưng hiệu lực thực tế của các chứng từ điện tử không dễ được chấp nhận. Trường hợp bán vé điện tử của Vietnam Airlines là một ví dụ. Trước đây, vé máy bay (cuống vé) được coi là một loại hóa đơn, nhưng khi chuyển sang bán vé điện tử thì sẽ không có cuống vé, thay vào đó là những chứng từ điện tử được lưu giữ trong hệ thống thông tin của công ty hàng không. Mặc dù pháp luật coi chứng từ điện tử có giá trị "như văn bản" và "như bản gốc", nhưng thực tế tổng cục thuế chưa sẵn sàng chấp nhận các chứng từ điện tử này, chính vì thế mà Vietnam Airlines được yêu cầu khi bán vé điện tử vẫn phải kèm theo phiếu thu bằng giấy. Yêu cầu này làm cho vé điện tử chỉ là một giải pháp nửa vời, vì trái với mục tiêu giảm chi phí quản lý gắn với giấy tờ và gây khó khăn cho việc bán vé hoàn toàn qua mạng. Tuy nhiên, Vietnam Airlines mới chỉ là trường hợp đầu tiên. Những khó khăn của doanh nghiệp này cũng chính là những khó khăn mà các doanh nghiệp muốn triển khai thương mại điện tử trong tương lai sẽ gặp phải nếu không được giải quyết ngay từ bây giờ.
Bên cạnh đó, một số quy định bất hợp lý cho thương mại điện tử đã được doanh nghiệp nhắc tới từ những năm trước vẫn chưa được khắc phục. Những quy định về cấp phép thành lập website hay mua bán tên miền chưa phù hợp với thực tiễn vẫn còn tồn tại. Tuy nhiên, những vấn đề này chưa phải là những trở ngại lớn nhất đối với sự phát triển của thương mại điện tử. Một vấn đề cần quan tâm hơn là làm sao có thể xác định được năng lực giao kết hợp đồng của các chủ thể khi tiến hành giao kết hợp đồng điện tử. Từ đó có thể khẳng định hành lang pháp lý cho việc giao kết hợp đồng điện tử ở nước ta vẫn còn khá nhiều vấn đề cần quan tâm.