Mỗi loài động vật đều không thể tồn tại nếu tách ra khỏi sinh cảnh, thậm chí với một số loài động vật nhạy cảm thì dù chỉ tác động nhỏ đến sinh cảnh sống cũng có ảnh hƣởng lớn đến đời sống của chúng. Tại KBTTN đề xuất Khe Nƣớc Trong, hầu nhƣ tất cả các khu vực đều có dấu tích tác động của con ngƣời.
- Khai thác gỗ trái phép
Các cây gỗ bị khai thác thƣờng lá các cây gỗ lớn, có tán rộng. Khi bị khai thác sẽ tạo ra các khoảng trống lớn của tán rừng, đồng thời gây nhiễu động một vùng rộng lớn do sự xuất hiện của con ngƣời và tiếng của máy.
Hoạt động khai thác gỗ trái phép hiện nay chủ yếu thực hiện tại các khu vực lân cận, tiếp giáp với KBTTN đề xuất Khe Nƣớc Trong, thuộc diện tích rừng tự nhiên của các lâm trƣờng. Tuy không trực tiếp khai thác gỗ trong khu vực Khe Nƣớc Trong nhƣng do nhu cầu gỗ ngày càng gia tăng của các cộng đồng địa phƣơng nên luôn luôn có áp lực tiềm tàng đối với khu vực.
- Khai thác lâm sản ngoài gỗ
Khai thác các sản phẩm phi gỗ là hoạt động gắn liền với đời sống văn hóa của các đồng bào dân tộc sống gần rừng. Các sản phẩm khai thác chủ yếu tại KBTTN đề xuất Khe Nƣớc Trong bao gồm mật ong, mây, lá dong, lá nón… Hiện nay, các hoạt động khai thác lâm sản vẫn diễn ra nhƣng ở mức độ hạn chế. Mặc dù không ảnh hƣởng trực tiếp đến sự tồn tại của các loài động vật hoang dã và Vƣợn đen má trắng siki, nhƣng những hoạt động này ít nhiều cũng tác động tiêu cực đến đời sống của chúng.
- Khai thác vàng
Các hoạt động khai thác vàng ở khu vƣ̣c suối Vàng (tiểu khu 536) đã làm cho môi trƣờng sống của các loài động vật hoang dã nói chung và của Vƣợn đen má trắng siki đã bị suy thoái và thu hẹp . Nhƣ̃ng khu vực khai thác vàng có chiều rộng tƣ̀ 100- 200 m và chiều dài 1,5 km toàn bộ rừng trong phạm vi này bị tàn phá nghiêm trọng.Đặc biệt, khu vực khai thác vàng nằm sâu trong các diện tích rừng
càng làm gia tăng các tác động tiêu cực. Đồng thời kéo theo tình trạng bẫy bắt động vật hoang dã tại các khu vực rừng xung quanh khu vực khai thác.