Quy trình tách chiết ADN genom của vi khuẩn [39]:
+ Ly tâm huyền dịch vi khuẩn, loại bỏ dịch nổi.
+ Cặn tế bào được hòa lại trong dung dịch đệm TE 10:1 (Tris HCl + EDTA)
+ Bổ xung SDS 10% và proteaza K, đảo đều, ủ ở 370C sau 1h để phá vỡ tế bào và loại bỏ protein.
+ Bổ sung NaCl 5M, đảo đều, ủ ở 650C trong 10 phút.
+ Ly tâm thu dịch nổi nằm trên lớp xác tế bào.
+ Chiết lại ADN bằng chloroform : izoamylalcohol (24:1) và phenol.
+ Tủa ADN bằng cách bổ sung NAOAc 3M, cồn 100% và giữ ở 200C tối thiểu trong 1h.
+ Ly tâm loại bỏ dịch nổi, rửa cặn ADN bằng cồn 70% làm khô ADN.
+ Hòa lại cặn trong đệm TE chứa ARNaza (100µg/ml), ủ ở 370C trong 1h để loại ARN. + Nồng độ và độ sạch của ADN được xác định bằng phổ hấp phụ trên máy quang phổ tử ngoại và điện di trên gel agaroza 1%.
Quy trình tách chiết ADN genom của xạ khuẩn [39]:
+ Lấy khuẩn lạc cho vào epp 1,5 bổ sung 200µl TE 10nM pH=8.0, votex kỹ (hoặc nuôi dịch sau đó ly tâm thu cặn)
+ Bổ sung 20µl SDS 20% (hoặc SDS 10%), votex nhẹ, ủ 650C trong 40-50p + Ly tâm 10000 vòng/ 10p/ 40C
+ Hút dịch phía trên sang ống epp mới, xác tế bào tiếp tục được xử lý.
+ Epp chứa xác tế bào cho vào lò vi sóng ở cấp độ low level khoảng 130 giây, lặp lại 3 lần.
+Trộn đều xác tế bào với dịch đã hút trước đó
+ Bổ sung 500µl CI (Chloroform:Isoamyl Alcohol), đảo đều, ly tâm 12000 vòng/10p/40C, hút pha trên chuyển sang epp mới.
+ Tủa bằng 400 µl Isopropanol (1:1 v/v), 10% CH3COONa, giữ -200C trong 2-3h + Ly tâm 12000 vòng/10p/40C, đổ dịch. Rửa tủa bằng 400 µl cồn 700C, ly tâm 10000 vòng/7p/40C.
+ Làm khô mẫu bằng máy hút chân không. DNA thu được hòa tan trong 20 µl nước.