- Mặc dù diện tích chuyển đổi mục đích sử dụng đất nông nghiệp sang đất phi nông nghiệp đã thực hiện chuyển đổi xong khoảng 440 ha nhưng tỷ lệ đạt được so với kế hoạch đặt ra của huyện Nhà Bè đã được Thành phố phê duyệt đạt rất thấp, cụ thể trong giai đoạn 2010 – 2015 đạt 11%, trong giai đoạn 2016 – 2018 chỉ đạt bình quân 7,5%.
- Có số lượng khá lớn dự án chưa thực hiện được do việc thẩm định chứng thư, thẩm định giá của các Sở, ngành còn chậm, đa số các dự án đang trong quá trình ban hành Thông báo thu hồi đất, Quyết định thu hồi đất, chờ phê duyệt giá đất cụ thể để bồi thường cho người dân.
Phần lớn các dự án chuyển đổi mục đích sử dụng đất trên địa bàn huyện Nhà Bè thực hiện đều bị chậm tiến độ, trong giai đoạn 2016-2018, giai đoạn thực hiện kế hoạch sử dụng đất hàng năm, cụ thể đến hết 2018 có 120/123 dự án chưa hoàn thành xong các thủ tục về đất đai chiếm 98,37% số lượng dự án. Trong đó gồm 36 công trình kế hoạch sử dụng đất năm 2015; 37 công trình kế hoạch sử dụng đất năm
2016; 25 công trình kế hoạch sử dụng đất năm 2017 và 22 công trình đăng ký trong năm 2018. Điều này cho thấy tính khả thi trong kế hoạch sử dụng đất chưa cao, số công trình, dự án phải chuyển tiếp còn nhiều, ảnh hưởng đến kế hoạch chuyển đổi mục đích sử dụng đất nông nghiệp của huyện.
- Hầu hết các dự án thuộc vốn Ngân sách Nhà nước gặp nhiều khó khăn về vốn do tổng mức đầu tư lớn, tuy nhiên kế hoạch giao vốn trong năm hạn chế vì nguồn vốn phân bổ theo kế hoạch từng năm như: dự án “Cầu Phước Lộc” (Tổng số vốn đầu tư là 335,497 tỷ đồng tuy nhiên kế hoạch vốn đợt 1-2016 chỉ được bố trí 40 tỷ đồng), dự án “Di dời lưới điện qua khu Nhà Bè Metrocity” (Tổng số vốn đầu tư là 1.216,166 tỷ đồng, tuy nhiên kế hoạch vốn đợt 1-2016 chỉ được bố trí 110 tỷ đồng), dự án “Kè chống sạt lở Rạch Ông Lớn 2 bờ hữu cầu Phước Lộc về phía hạ lưu 200m” (tổng mức vốn đầu tư là 48,107 tỷ đồng, kế hoạch vốn đợt 1-2016 chỉ được bố trí 01 tỷ đồng); dự án “Kè chống sạt lở bờ hữu kênh Cây Khô (đoạn từ đầu thượng lưu đến hạ lưu 350m)” (tổng mức vốn đầu tư là 113,564 tỷ đồng, kế hoạch vốn đợt 1-2016 chỉ được bố trí 02 tỷ đồng);… ảnh hưởng lớn đến việc thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ và tái định cư đã làm chậm tiến độ thực hiện các công trình, dự án, tiến độ chuyển đổi mục đích sử dụng đất.
- Ngoài ra còn phải phụ thuộc trực tiếp vào khả năng tài chính của chủ đầu tư (đối với các dự án có vốn ngoài Ngân sách Nhà nước) như: Dự án khu nhà ở Lập Phúc, Khu dân cư Phú Điền, Khu dân cư Long Mỹ, Khu nhà ở Lập Phúc, Khu dân cư kết hợp công viên Gia Việt, Khu dân cư Bắc Phước Kiển - Sadeco 3, Làng Biệt thự Copac, Công viên sinh thái Nam Sài Gòn; Khu dân cư Long Thới - Nhơn Đức (Intresco), Khu dân cư (Công ty Cổ phần phát triển Nam Sài Gòn), ... chưa thực hiện được do chủ đầu tư gặp khó khăn về vốn (kinh tế biến động, ngân hàng ngừng cho vay, cổ đông rút vốn,...). Đồng thời các thủ tục hành chính về đất đai vẫn còn nhiều công đoạn, thời gian thực hiện kéo dài, gây khó khăn cho chủ đầu tư như: Công tác thu hồi đất, cho thuê đất, chuyển mục đích sử dụng đất để thực hiện dự án đầu tư, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất,… dẫn đến chưa hoàn thành kịp thủ tục và nghĩa vụ tài chính về đất đai.
- Công tác bồi thường, GPMB gặp nhiều khó khăn, thời gian thực hiện kéo dài, ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện dự án như: Trường Đại học Sư phạm Thể dục thể
thao thành phố Hồ Chí Minh, Kè chống sạt lở bờ hữu kênh Cây Khô (đoạn từ đầu thượng lưu đến hạ lưu 350m), Kè chống sạt lở bờ hữu rạch Tắc Bến Rô - kênh Cây Khô,…
- Đời sống vật chất và tinh thần của phần lớn người dân nông thôn có đất bị thu hồi trên địa bàn huyện tại các dự án chuyển đổi đất mục đích sử dụng đất nông nghiệp sau khi bị thu hồi khá hơn trước đây. Mặc dù là dấu hiệu tích cực nhưng điều băn khoăn là sự cải thiện đời sống này mới là vẻ bề ngoài bởi lẽ người dân có sẵn tiền bồi thường, do chưa biết cách đầu tư sản xuất kinh doanh trong khu vực phi nông nghiệp nên chủ yếu dùng xây, sửa nhà và sắm các phương tiện sinh hoạt. Khi tiêu hết số tiền đền bù rồi, họ sẽ không còn nguồn thu nhập nào đáng kể mang tính ổn định, vì không có việc làm chắc chắn. Do đó, sự phát triển bền vững về đời sống vật chất và tinh thần của hộ bị thu hồi đất sau khi chuyển đổi mục đích sử dụng đất nông nghiệp chưa thực sự đảm bảo.
- Vấn đề môi trường tuy đã được quan tâm nhưng chất lượng chưa đạt yêu cầu đề ra. Khối lượng chất thải công nghiệp tại một số khu vực như khu công nghiệp Hiệp Phước ngày càng tăng trong đó tỷ lệ được xử lý còn hạn chế, những vùng sản xuất nông nghiệp sử dụng nhiều thuốc bảo vệ thực vật đang làm xuống cấp môi trường đất, nước, không khí tại địa bàn huyện. Thực trạng đó làm cho môi trường sinh thái ở một số khu vực xung quanh những điểm công nghiệp bị ô nhiễm, khói bụi. Cộng đồng dân cư, nhất là các cộng đồng dân cư lân cận với các khu công nghiệp, đang phải đối mặt với những nguy cơ về môi trường. Họ phải sống chung với khói bụi, dùng nước từ nguồn ô nhiễm chất thải công nghiệp... Từ đó, gây bất bình, dẫn đến những phản ứng của người dân đối với những hoạt động gây ô nhiễm môi trường.
Nguyên nhân của những tồn tại, hạn chế:
Việc tổ chức thực hiện công tác chuyển đổi mục đích đất nông nghiệp gắn với các phương án quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất được phê duyệt còn thiếu đồng bộ, thiếu cơ chế kiểm tra, giám sát chặt chẽ. Một số chỉ tiêu quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất chưa được dự báo sát với tốc độ phát triển kinh tế -xã hội của địa phương trong kỳ quy hoạch, kế hoạch; việc bố trí quỹ đất cho một số lĩnh vực chưa phù hợp khả năng thực hiện.
có tầm nhìn dài hạn, chưa căn cứ vào tình hình phát triển kinh tế - xã hội nhất là phân tích và dự báo thị trường và năng lực cạnh tranh, quy hoạch phát triển kết cấu hạ tầng, và còn mang tính tình thế. Việc đăng ký nhu cầu sử dụng đất của các tổ chức còn chủ quan, không có dự án tiền khả thi nên không có khả năng thực hiện. Các dự án chưa thực hiện được chủ yếu do nguồn vốn còn hạn chế đối với cả các dự án nguồn vốn từ ngân sách nhà nước và các công trình, dự án do các tổ chức kinh tế, doanh nghiệp làm chủ đầu tư.
Thời gian các tổ chức kinh tế lập dự án đầu tư và lập hồ sơ đất đai thực hiện chậm, thủ tục hành chính còn phức tạp đã làm ảnh hưởng đến kết quả thực hiện các chỉ tiêu kế hoạch sử dụng đất hàng năm. Một số hạng mục công trình đã có trong chỉ tiêu kế hoạch sử dụng đất hàng năm nhưng chủ đầu tư chưa lập xong dự án và hồ sơ đất đai, vì vậy phải chuyển sang năm sau.
Hiệu quả sử dụng các loại đất còn thấp, chưa tương xứng với tiềm năng của huyện. Cơ cấu sử dụng các loại đất chưa hợp lí, bố trí sản xuất còn chồng chéo, manh mún. Diện tích đất nông nghiệp của huyện còn khá nhiều trong khi đất phi nông nghiệp phục vụ cho quá trình CNH, ĐTH tăng không đáng kể. Việc khai thác sử dụng đòi hỏi không chỉ đầu tư đáng kể về vốn mà còn chú trọng tới những biện pháp kỹ thuật nhằm đảm bảo hiệu quả sử dụng đất cả về kinh tế và môi trường sinh thái.
Chính sách bồi thường GPMB trong quan hệ chuyển mục đích sử dụng đất còn nhiều bức xúc. Trong một số năm đầu thực hiện các dự án chuyển đổi đất nông nghiệp các cơ quan chức năng gặp khó khăn trong việc xác định giá bồi thường theo hướng dẫn của Thông tư 36/2014/TT-BTNMT ngày 30/6/2014 của Bộ Tài nguyên và Môi trường nên nhiều dự án chưa được thực hiện theo kế hoạch. Công tác GPMB ở hầu hết các dự án đều thực hiện chậm so với tiến độ đề ra gây ra những hậu quả: ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện các dự án, khiếu nại tố cáo, chênh lệch lợi ích…. Tất cả các phương án BTHT-GPMB các dự án chuyển đổi mục đích sử dụng đất nông nghiệp đều có hỗ trợ chuyển đổi nghề và tìm kiếm việc làm. Nhưng trên thực tế, tiền hỗ trợ chuyển đổi nghề lại chi trả trực tiếp cho các hộ dân dẫn đến tình trạng nhân dân sử dụng không đúng mục đích. Mặc dù, trong chính sách hiện hành theo Luật Đất đai 2013 về bồi thường, hỗ trợ giải phóng mặt bằng có nhiều nội dung hỗ trợ để nông dân chuyển đổi nghề
nghiệp, tuy nhiên Thành phố và UBND huyện Nhà Bè chưa thực sự quan tâm đến việc đào tạo chuyển đổi nghề cho người dân bị thu hồi đất; mặt khác nhiều nông dân ngại đi học để chuyển đổi nghề nghiệp.
Về môi trường, bên cạnh việc môi trường đang xuống cấp nhưng công tác thu gom, xử lý rác thải trên địa bàn huyện chưa đạt được yêu cầu đề ra. Lượng rác thải được thu gom hàng năm mới chiếm khoảng 70%-80% tổng lượng rác thải phát sinh. Các thiết bị chuyên dùng hiện tại dùng để thu gom, vận chuyển rác còn thiếu. Rác thải công nghiệp tăng nhanh nhưng năng lực xử lý còn hạn chế, công nghệ xử lý chưa triệt để, chưa có hiệu quả. Rác thải sinh hoạt của nhân dân, trường học, bệnh viện ngày càng nhiều. Việc thu gom rác thải chưa có biện pháp phân loại rác, việc chôn lấp, xử lý còn chưa có biện pháp phù hợp.