Tuy xu hướng chuyển dịch cơ cấu kinh tế của tỉnh phù hợp với đặc thù của kinh tế tỉnh theo hướng dịch vụ-công nghiệp, xây dựng – nông nghiệp nhưng tỷ trọng của ngành dịch vụ vẫn chưa tương xứng với tiềm năng và cần đẩy mạnh hơn nữa tốc độ chuyển dịch cơ cấu kinh tế. Mặt khác, sự chuyển dịch cơ cấu kinh tế trong từng ngành vẫn chưa có những bước đột phá, tốc độ tăng trưởng cũng như tỷ trọng đóng góp của những phân ngành dịch vụ hiện đại, chất lượng cao vẫn chưa đáng kể và nền kinh tế tỉnh vẫn thiếu vắng những động lực phát triển mới. Mô hình kinh tế của tỉnh vẫn chưa rõ nét. Có thể nói, nếu trong thời gian đến, tỉnh không lựa chọn được mô hình kinh tế phù hợp và tạo được những động lực kinh tế mới thì hiệu suất của nền kinh tế, kết quả cuối cùng của NLCT sẽ giảm sút.
vực kinh tế tư nhân là quan trọng nhất. Tuy nhiên, phần lớn các DN trên địa bàn tỉnh là DN nhỏ và vừa, năng lực cạnh tranh chưa tốt. Các DN gặp nhiều khó khăn về vốn, về nguồn thông tin và cách thức chuyển giao khi thay đổi công nghệ và chưa chú trọng đúng mức trong việc đầu tư vào nghiên cứu và phát triển sản phẩm mới.
Năng lực điều hành của chính quyền tỉnh Hưng Yên qua cảm nhận của khối DN tư nhân có xu hướng giảm sút và còn nhiều bất cập. Chi phí thời gian, tính minh bạch và tiếp cận thông tin là vấn đề nổi cộm trong năng lực điều hành của chính quyền tỉnh . Quỹ đất nhỏ và việc quản lý quỹ đất còn chưa phù hợp làm giảm khả năng tiếp cận đất đai của DN. Những tồn tại nổi bật trong năng lực điều hành của tỉnh gây cản trở rất lớn đến hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp bao gồm: phải có mối quan hệ để có được các tài liệu kế hoạch tỉnh; vẫn còn tình trạng cán bộ chính quyền lợi dụng quy định riêng của địa phương để trục lợi; DN phải trả hoa hồng để có được hợp đồng từ các cơ quan nhà nước; doanh nghiệp chi trả chi phí không chính thức khi đăng ký kinh doanh…
Cơ sở hạ tầng của tỉnh Hưng Yên vẫn còn một số bất cập như chất lượng của nhiều khu công nghiệp chưa cao, hệ thống xử lý chất thải kém, và các thông tin liên quan đến việc cắt điện không tốt. Khả năng tiếp cận đất đai là một trong những điểm yếu trong môi trường kinh doanh của Hưng Yên. Điều này ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động của các DN.