Phần 2 Tổng quan tài liệu
2.4.Chỉ thị phân tử rapd
Chỉ thị RAPD (Random Amplified polymorphic DNA) được gọi là kỹ thuật phát hiện sự đa hình của các đoạn DNA được nhân bản ngẫu nhiên. Kỹ thuật này thực chất là quá trình nhân bản các đoạn DNA bằng kỹ thuật PCR, sử dụng mồi ngẫu nhiên có chiều dài ngắn (khoảng 10 nucleotide) và có nhiệt độ kéo dài mồi
thấp (34 – 370C), bắt cặp và nhân bản ngẫu nhiên những đoạn DNA có trình tự
bổ sung với trình tự của các mồi. Số lượng các đoạn DNA được nhân bản phụ thuộc vào độ dài hay vị trí của các đoạn mồi, kích thước và mức độ phức tạp của cấu trúc genome. Kết quả sau khi điện di sản phẩm RAPD sẽ phát hiện tính đa hình dựa trên các phân đoạn DNA được nhân bản.
Kỹ thuật RAPD được thực hiện theo ba bước: tách chiết DNA tổng số, nhân DNA bằng phương pháp PCR với mồi ngẫu nhiên; điện di sản phẩm PCR; xác định tính đa dạng di truyền bằng các phần mềm chuyên dụng.
Kỹ thuật RAPD không yêu cầu phải biết trước trình tự gen của sinh vật cần nghiên cứu và có thể ứng dụng trên các lồi khác nhau với các mồi chung. Số lượng DNA cần thiết ít và khơng cần q tinh sạch. Thời gian thực hiện ngắn, thao tác đơn giản, dễ dàng phân tích với số lượng mẫu lớn. Tuy nhiên, kỹ thuật này có hạn chế là sản phẩm PCR không ổn định do mồi ngắn, khả năng nhận diện chỉ thị phân tử thấp và có độ tin cậy khơng cao (Nguyễn Thị Lang, 2002).
Có thể ứng dụng kỹ thuật RAPD để phân tích, đánh giá đa dạng di truyền giữa các cá thể trong cùng một loài và giữa các lồi khác nhau phục vụ cho cơng tác lai tạo giống hoặc phân loại sinh vật, nhận diện chỉ thị phân tử để xác định kiểu gen kiểm sốt hoặc có liên quan đến một tính trạng nào đó ở sinh vật, xây dựng bản đồ gen.