Phần 4 Kết quả và thảo luận
4.3. Kết quả nghiên cứu một số đặc tính sinh học phân tử của chủng virus
4.3.5. Kết quả xây dựng cây sinh học phân tử
Qua việc so sánh mức độ tương đồng về nucleotide và axit amin giữa các chủng virus PRRS phân lập và các chủng tham chiếu, chúng tôi tiến hành xây dựng cây sinh học phân tử để xác định nguồn gốc phát sinh của các chủng virus KTY - PRRS - 04. Kết quả phân tích nguồn gốc phát sinh của các chủng PRRS nghiên cứu được trình bày ở hình 4.13.
Từ kết quả so sánh thành phần nucleotide và axit amine giữa các chủng virus K T Y - PRRS - 04. Dựa trên chương trình ClustalW chúng tôi tiến hành xác định nguồn gốc phát sinh của các chủng PRRSV nghiên cứu để phân tích nguồn gốc phát sinh của các chủng PRRS nghiên cứu.
Kết quả phân tích nguồn gốc phát sinh cho thấy:
Chủng virus K T Y - PRRS - 04 nằm cùng nhánh phát sinh với các chủng virus 374KTY, 352KTY, HTP0, nằm ở nhánh phát sinh khác với chủng 171KTY nhưng cũng thuộc 1 nhánh của chủng virus PRRS Trung Quốc (GU980186).
Chủng v i r u s nghiên cứu không nằm trong nhánh phát sinh của các chủng virus Bắc Mỹ VR-2332 và nhánh Châu Âu -Lelystad. Điều này phù hợp với các kết quả nghiên cứu trước đó về sự sai khác nucleotide và axit amin giữa các chủng virus này với nhau.
Các chủng virus PRRS của Singapore, Thái Lan cũng được đưa vào cây phả hệ. Tuy nhiên, chúng không nằm cùng nguồn gốc phát sinh với chủng virus KTY - PRRS - 04.
Như vậy, lập sơ đồ phả hệ và phân tích nguồn gốc phát sinh của nghiên cứu so sánh với một số chủng trong khu vực và trên thế giới dựa trên trình tự của chuỗi gen ORF5 cho thấy. Chủng vir us K TY - PRRS - 04 có cùng nguồn gốc phát sinh với các chủng PRRSV của Trung Quốc, không cùng nguồn gốc phát sinh với chủng VR-2332. EF488048China 171 20 Vaccine TRICHOTOMY GU980185 52 GU980186 33 HTP1TY 87 347KTY 24 86 352-KTY 26 KTY – PRRS - 04 GU980179China 8 GU980182China 27 100 AF184212Sing 100 70 96 50 39 DQ489311Eur 100 Lelystad AF176463USA AF046869USA 100 100 AF176461USA 78 AF176348 73 VR-2332 46 AF066183 94 DQ056373Thailand