Cho đến nay, nhiều vấn đề quan trọng đang đặt ra trong phương thức quản lý của chính quyền xã, như: thể chế quản lý một cách dân chủ và hiệu lực, hiệu quả phù hợp với đặc điểm vùng miền, tộc người và phát huy đúng mức truyền thống tự quản của thôn, bản, làng; nội dung, cấu trúc, chức năng quản lý của chính quyền xã đối với phát triển xã hội; năng lực, kỹ năng thực hành, các phương thức, điều kiện, thủ tục, quy trình quản lý một cách dân chủ và hiệu quả; mối quan hệ giữa cơ chế quản lý với ý thức dân chủ, văn hóa pháp luật, tính minh bạch và trách nhiệm giải trình,... của chính quyền
xã. Một số nội dung về công tác quản lý trong hoạt động của chính quyền xã, tuy đã được thể chế hóa và thực hiện trên thực tế, nhưng do việc nhận thức chưa thống nhất, các thiết kế cụ thể của mô hình chính quyền xã chưa hoàn chỉnh và đồng bộ, nên sau khi thể chế hóa đã không vận hành được.
Trong phạm vi xã có các đơn vị dân cư nhỏ hơn là thôn, bản, khu dân cư… Hầu hết đơn vị thôn, bản, khu dân cư là những cộng đồng dân cư tồn tại lâu đời, gắn bó chặt chẽ với nhau về nhiều phương diện như kinh tế, văn hóa, xã hội, huyết thống, phong tục, tập quán, cách thức sản xuất - kinh doanh,... do vậy có tính tự quản trên nhiều phương diện của đời sống xã hội. Trong phạm vi mỗi xã, các mối quan hệ trong cộng đồng dân cư thường được điều chỉnh bằng nhiều quy định (pháp luật, hương ước, phong tục, tập quán,...) và thiết chế (tổ chức chính trị - xã hội, quỹ, hội, thôn, bản,...) khác nhau, có tính chính thức hoặc phi chính thức; trong đó có cả những quy định và thiết chế do chính những thành viên trong cộng đồng lập ra như quỹ, hội, ...
Chính quyền xã thể hiện tính chất đặc thù của hệ thống chính quyền ở cơ sở; đồng thời phản ánh tính chất tự quản cao của nó, nhất là trong bối cảnh xây dựng, hoàn thiện nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa với sự tác động của kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa và hội nhập quốc tế hiện nay. Hoạt động của chính quyền cấp xã là cầu nối giữa Nhà nước, các tổ chức và cá nhân trong xã, đại diện cho Nhà nước và nhân danh Nhà nước để thực thi quyền lực nhà nước, trực tiếp triển khai, tổ chức thực hiện các đường lối, chủ trương, chính sách và pháp luật của Đảng và Nhà nước ở xã và điều tiết sự tự quản của các thôn, bản, làng trên địa bàn xã về phát triển nông thôn.
Hoạt động của chính quyền cấp xã mang tính đa ngành, liên ngành. Khi giải quyết công việc, UBND xã bắt buộc vừa phải tuân theo các quy định của cơ quan nhà nước cấp trên, vừa phải tuân theo quyết nghị của HĐND xã. Như vậy, nếu các chức năng, nhiệm vụ của nhà nước ở cấp cao hơn do nhiều loại cơ quan khác nhau cùng thực hiện thì ở cấp xã chỉ do một cơ quan là UBND cấp xã, thực hiện theo cách tổng hợp đa ngành và liên ngành.