Bên cạnh những thành tựu nổi bật, tổ chức và hoạt động của chính quyền cấp xã còn bộc lộ những yếu kém và hạn chế nhất định: Nhìn chung cơ cấu số lượng và đại biểu HĐND chưa cân đối, tỉ lệ đại biểu nữ thấp, chất lượng đại biểu chưa đáp ứng được yêu cầu đặc biệt là trình độ năng lực. Hoạt động giám sát còn mang nặng tính hình thức và việc theo dõi đôn đốc thực hiện các kiến nghị còn thiếu kiên quyết, việc chuẩn bị nội dung trả lời và giải trình những ý kiến chất vấn của đại biểu còn chung chung, không rõ trách nhiệm, chưa thỏa đáng.
HĐND xã chưa thể hiện đầy đủ, rõ rệt vai trò là cơ quan quyền lực nhà nước ở cơ sở, chưa thực hiện tốt chức năng giám sát mọi hoạt động của UBND và đại biểu cho ý chí, nguyện vọng quyền làm chủ của nhân dân địa phương. Một số đại biểu HĐND xã chưa nhận thức được vai trò, trách nhiệm của người đại biểu dân cử trong hoạt động giám sát và chất vấn ở các kỳ họp, việc chất vấn của một số đại biểu HĐND chưa mang tính xây dựng, chưa thể
hiện được yêu cầu chung, thậm chí còn mang tính cá nhân trong công việc. Hầu hết các xã, nhất là các xã đồng bằng việc tiếp xúc cử tri còn hạn chế, cử tri ít tham gia tiếp xúc cử tri, việc tiếp xúc cử tri không đầy đủ hoặc có tiến hành nhưng ít tác dụng, mang tính hình thức. Ở một số nơi, các đại biểu HĐND chưa thực sự đại biểu cho ý chí nguyện vọng lợi ích của nhân dân, quyền làm chủ của nhân dân còn bị vi phạm nhưng chưa được HĐND quan tâm giải quyết. Tuy chức năng, nhiệm vụ của HĐND xã rất lớn, rất nhiều, nhưng nội dung các kỳ họp, chất lượng các Nghị quyết của HĐND xã lại rất hạn chế, chưa có hiệu lực hiệu quả cụ thể, thậm chí trái quy định nhưng chưa được phát hiện và xử lý kịp thời dẫn đến hoạt động quản lý, điều hành của UBND xã gặp rất nhiều khó khăn, thậm chí bị đình trệ, trái pháp luật (Nghị quyết HĐND xã Nghĩa Hiệp không cho phép UBND xã thuê đơn vị tư vấn khảo sát, thiết kế quy hoạch cải tạo đồng ruộng; không thống nhất vị trí xây dựng tượng đài 4 dũng sỹ Nghĩa Hiệp),... Có thể nói, hoạt động của HĐND cấp xã ở huyện Tư Nghĩa bên cạnh những mặt cố gắng tích cực trong việc thực hiện chức năng nhiệm vụ của mình, vẫn còn bộc lộ nhiều hạn chế, khuyết nhược điểm cần sớm được khắc phục. Điểm chủ yếu và lớn nhất trong những hạn chế đó là HĐND chưa thể hiện đầy đủ, rõ nét vai trò là cơ quan quyền lực Nhà nước ở cơ sở, chưa thực sự quyết định được những vấn đề quan trọng về kinh tế - xã hội và đời sống nhân dân trên địa bàn, chưa thực hiện được tốt chức năng giám sát mọi hoạt động của UBND và đại biểu cho ý chí, nguyện vọng quyền làm chủ của nhân dân ở cơ sở. Việc xây dựng chương trình làm việc và đưa ra chủ trương, Nghị quyết hầu hết đều do UBND xã đề xuất, HĐND biểu quyết mà thiếu bàn bạc, thảo luận.
Trình độ học vấn và chuyên môn của đại biểu HĐND nhìn chung ở các xã còn rất thấp, làm hạn chế trực tiếp đến việc hiểu biết đường lối chính sách,
quyết của HĐND. Các đại biểu nhìn chung chưa nắm vững vai trò chức năng nhiệm vụ, nội dung và phương pháp hoạt động của HĐND và của đại biểu, nên rất lúng túng trong công tác. Đại biểu có nhiệt tình, trách nhiệm cao nhưng ít đưa lại kết quả, hiệu quả tốt. Nội dung phương thức lãnh đạo của Đảng đối với chính quyền ở cấp cơ sở chậm đổi mới, Nghị quyết của cấp uỷ Đảng còn nhiều vấn đề mang tính chất quản lý điều hành của chính quyền, làm cho Nghị quyết của HĐND chủ yếu chỉ là bản sao chụp Nghị quyết của Đảng uỷ và đề xuất của UBND trong từng thời kỳ, và do đó chất lượng hiệu quả, hiệu lực hoạt động của HĐND bị hạn chế.
Về mặt tổ chức, UBND cấp xã đang bộc lộ những bất hợp lý sau: UBND cấp xã về cơ bản chưa có bộ máy chuyên môn cần thiết để giúp UBND thực thi các nhiệm vụ quản lý nhà nước và tổ chức thực hiện các Nghị quyết của HĐND mà chỉ có các công chức chuyên môn nên rất khó trong công tác quản lý cũng như tham mưu cho UBND trong việc thực thi nhiệm vụ công quyền. Mặt khác, công chức xã chỉ là “hữu danh” mà “vô thực” vì thực tế, việc bố trí, điều động công chức cấp xã hoàn toàn do UBND cấp huyện đảm trách. Do đó, lãnh đạo xã rất khó trong việc xử lý đối với công chức khi vi phạm mà phải lệ thuộc vào Hội đồng xử lý hành chính của huyên. Đây là một hạn chế rất lớn của Luật cán bộ công chức. Phần quy định về công chức cấp xã cần phải được xem xét, điều chỉnh phù hợp trên cơ sở giao quyền quản lý, điều hành công chức xã cho Chủ tịch UBND xã là người trực tiếp sử dụng lao động. Lề lối làm việc của UBND vẫn còn mang tính chất hành chính quan liêu, không sát thực tế, nhiều công việc triển khai một cách máy móc theo văn bản chỉ đạo của cấp trên mà không rà soát, lựa chọn nội dung công việc, giải pháp thực hiện sát với điều kiện cụ thể của địa phương. Tính chủ động thực hiện nhiệm vụ chưa cao, thường hay trông chờ vào văn bản giao hoặc nhắc
việc của huyện, nhất là trong giải quyết thủ tục hành chính, đơn thư khiếu nại, kiến nghị, phản ánh của nhân dân.
Đội ngũ cán bộ, công chức, người hoạt động không chuyên trách cấp xã khá đông. Nếu tính tất cả những người có quan hệ đến công việc chung của xã, thôn, được hưởng sinh hoạt phí hoặc các khoản phụ cấp khác do ngân sách chi trả thì bình quân mỗi xã vào khoảng trên 80 người, có xã gần 100 người, bao gồm cán bộ chủ chốt của Đảng, đoàn thể ở xã, đại biểu HĐND, thành viên UBND, các chức danh chuyên môn của UBND, trưởng thôn, công an viên, bí thư chi bộ thôn, giáo viên mầm non, cán bộ y tế, cán bộ khuyến nông, giao thông thuỷ lợi, văn hoá thông tin - đài truyền thanh,... Như vậy nếu tính cả huyện với 15 đơn vị cấp xã thì phải có tới khoảng gần 1.000 người gọi là cán bộ xã. Tuy nhiên, hiệu quả hoạt động của đội ngũ cán bộ xã hùng hậu này chưa thực sự phát huy hiệu quả. UBND cấp xã với 2 chức năng chủ yếu là cơ quan chấp hành của HĐND và cơ quan hành chính nhà nước ở cơ sở phải thực hiện rất nhiều nhiệm vụ cụ thể khác nhau, trong đó có nhiệm vụ thuộc chức năng quản lý nhà nước được phân cấp hoặc được uỷ quyền, có những nhiệm vụ tổ chức thực hiện các Nghị quyết của HĐND về phát triển kinh tế - xã hội, nâng cao đời sống vật chất, văn hoá của nhân dân địa phương. Từ thực tiễn hoạt động của UBND cấp xã ở huyện Tư Nghĩa hiện nay, hoạt động quản lý hành chính của UBND xã còn nhiều hạn chế tuỳ tiện, ở một số nơi còn có biểu hiện chưa thực sự tuân theo pháp luật mà còn nặng về tập quán, thói quen, tình cảm đạo đức,... Việc ban hành các quyết định, văn bản quản lý, áp dụng pháp lụât còn có nhiều thiếu sót, có khi không đúng thẩm quyền, thể thức, kể cả có nơi giải quyết một số vụ việc còn sai luật. Công tác quản lý tài nguyên, khoáng sản tài các xã còn nhiều hạn chế, yếu kém, việc chặt phá rừng chưa được khống chế hoàn toàn ở các xã Nghĩa Thọ, Nghĩa Sơn; tài nguyên
Vệ như Nghĩa Thuận, Nghĩa Thắng, Nghĩa Hiệp, Nghĩa Mỹ,…; các mỏ đá còn bị xâm hại, khai thác trái phép ở Nghĩa Thọ… làm giảm lòng tin trong nhân dân. Việc tổ chức chỉ đạo thực hiện các nhiệm vụ phát triển kinh tế, văn hoá, giáo dục, y tế, an ninh trật tự, thu chi ngân sách,... còn nhiều lúng túng, tuỳ tiện; năng lực, tính chủ động trong tổ chức thực hiện nhiệm vụ chưa cao, chưa thực hiện tốt chức năng là cơ quan chấp hành của HĐND. Một số nơi UBND có xu hướng đẩy việc xuống cho trưởng thôn, trưởng khu dân cư và tự biến thôn thành cấp trung gian, làm cho các trưởng thôn, trưởng khu dân cư phải làm quá sức, quá nhiều việc vốn là của UBND xã (thu thuế, các nguồn thu đền ơn đáp nghĩa, phòng chống thiên tai, an ninh quốc phòng, tuyên truyền pháp lụât, văn hoá thông tin,...).
Chức năng, nhiệm vụ của các tổ chức trong hệ thống chính trị chưa được xác định rành mạch, trách nhiệm không rõ ràng; nội dung và phương thức hoạt động chậm đổi mới và chưa đồng bộ, hoạt động bề nổi nhưng thiếu tính chiều sâu, còn nhiều biểu hiện của việc xem nhẹ vai trò trách nhiệm của tổ chức mình cũng như thiếu phối hợp trong công tác tuyên truyền vận động nhân dân, sự phối hợp giữa các tổ chức trong hệ thống chính trị chưa chặt chẽ, hiệu quả hoạt động chưa cao. Năng lực lãnh đạo và sức chiến đấu của một số tổ chức cơ sở đảng còn yếu, nhất là năng lực vận dụng các chủ trương, nghị quyết của Đảng và chính sách của Nhà nước vào tình hình cụ thể của địa phương cơ sở. Hiệu quả hoạt động của bộ máy chính quyền cấp xã ở một số xã, thị trấn chưa cao, nhất là đối với xã miền núi Nghĩa Thọ; trình độ, năng lực của một số cán bộ, công chức chưa đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ. Công tác kiểm tra nắm tình hình cơ sở ở một số địa bàn chưa thường xuyên, thiếu sâu sát, dẫn đến việc phát hiện và xử lý các vấn đề nảy sinh còn bị động, kéo dài và tình trạng đùn đẩy trách nhiệm còn vẫn xảy ra. Chế độ, chính sách đối với cán bộ cấp xã còn bất cập; cơ sở hạ tầng và điều kiện làm việc nhiều nơi còn
khó khăn; chế độ đối với đội ngũ hoạt động không chuyên trách, nhất là cán bộ thôn, bản tuy đã được tỉnh quan tâm hỗ trợ nhưng chưa thực sự đảm bảo đời sống dẫn đến hiệu quả hoạt động chưa cao,…
Mối quan hệ giữa Chủ tịch và tập thể UBND chưa được quy định rõ ràng và cụ thể, chưa phân rõ trách nhiệm tập thể và cá nhân, giữa cấp trên và cấp dưới, còn lúng túng trong hoạt động triển khai thực hiện, thậm chí còn đổ lỗi cho nhau, chưa có người chịu trách nhiệm chính khi có sai phạm xảy ra. Trong công tác tổ chức và hoạt động, ủy ban nhân dân cũng đã và đang nảy sinh rất nhiều vấn đề bức xúc. Cụ thể như việc quản lí quy hoạch xây dựng và kế hoạch sử dụng đất không gắn kết đồng bộ và không cụ thể, dẫn tới xây dựng tràn lan, không đảm bảo mỹ quan và môi trường sống. Bên cạnh đó, việc quản lý lỏng lẻo của ủy ban nhân dân đã làm việc quản lý sử dụng đất thời gian qua bộc lộ nhiều yếu kém dẫn đến tình trạng lấn chiếm, tranh cấp đất, sử dụng sai mục đích tràn lan, kéo dài chưa được xử lý dứt điểm. Ngoài ra, vẫn còn không ít những biểu hiện quan liêu, hách dịch, cửa quyền, tham nhũng, lãng phí,… trong cán bộ, công chức thuộc bộ máy chính quyền địa phương đã phần nào ảnh hưởng đến niềm tin của nhân dân
Hầu hết ở xã xã, việc tổ chức hội họp nhiều, nhưng hiệu quả, chất lượng công việc nâng lên chậm. Một số cuộc họp thành viên UBND có nhiều nội dung nhưng không được gửi trước để nghiên cứu, khi vào họp thì thời gian đọc tài liệu nhiều hơn thời gian thảo luận, nên chất lượng cuộc họp không cao; chế độ thông tin báo cáo chưa thực hiện nghiêm túc, chất lượng báo cáo còn hạn chế; trong hoạt động của UBND thực tế rất khó xem xét, định rõ trách nhiệm cá nhân người đứng đầu UBND hay tập thể UBND. UBND ở một số xã chưa phối hợp chặt chẽ với Ủy ban Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể cùng cấp trong công tác vận động, tuyên truyền cũng như các
làm việc với Ủy ban Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể theo quy định, chế độ thông tin báo cáo, kiến nghị đề xuất với UBND cấp trên có lúc chưa đầy đủ, thiếu kịp thời.