- Về chấp hành, tuân thủ chế độ chính sách liên quan đến đầu tư xây dựng cơ bản
Viện KSND tối cao chưa phối kết hợp tốt với các địa phương và các bên tham gia xây dựng về chấp hành, tuân thủ các chế độ chính sách. Kết quả là các chủ đầu tư chưa chủ động cập nhật chế độ chính sách, rất lúng túng khi có sự thay đổi chủ trương chính sách về đầu tư. Viện KSND tối cao cũng chưa kịp thời có văn bản hướng dẫn chủ đầu tư thực hiện các chế độ chính sách mới áp dụng cho các dự án của ngành.
- Về công tác lập kế hoạch và phân bổ vốn đầu tư xây dựng hàng năm
Bố trí, phân bổ vốn đầu tư hàng năm còn dàn trải, nợ đọng xây dựng còn cao. Việc phân bổ vốn vẫn còn thiếu sót: Với nguồn vốn đầu tư còn hạn hẹp
nhưng việc bố trí vốn đầu tư của ngành KSND còn dàn trải, chưa ưu tiên các dự án chuyển tiếp có khả năng hoàn thành trong năm kế hoạch và chưa xử lý dứt điểm các dựa án đã có quyết định phê duyệt dự án hoàn thành. Từ đó làm phát sinh nợ đọng mới, giảm hiệu quả vốn đầu tư.
- Về công tác quy hoạch xây dựng
Công tác quy hoạch, kế hoạch đầu tư xây dựng của ngành còn yếu kém về chuyên môn và nhiều công trình chưa phù hợp với quy hoạch của cả nước và từng địa phương. Hầu hết các dự án được đầu tư đều xuất phát từ nhu cầu thực tế và trên cơ sở quy hoạch chung, nhưng thực tế có trường hợp không có quy hoạch, hoặc quy hoạch chưa hợp lý phải điều chỉnh lại, duyệt lại hoặc trong quá trình lập dự án do khảo sát không kỹ, lựa chọn địa điểm, lựa chọn công nghệ chưa thích hợp, đầu tư không đồng bộ giữa các hạng mục.
- Về công tác khảo sát và thiết kế xây dựng
Hạn chế chính trong công tác khảo sát và thiết kế xây dựng của ngành là việc các tổ chức tư vấn kém, thiếu trách nhiệm nên khi thực hiện công tác khoan địa chất đã không thực hiện đủ khối lượng, cho nên khi chọn giải pháp nền móng không phù hợp với cấu trúc đất nền dẫn đến tình trạng thiết kế bị sai, thiếu sót nhiều yếu tố, hạng mục. Nhiều công trình đang xây dựng đã có những sự cố biến dạng công trình, sự cố hư hỏng các công trình bên cạnh.
Bản thiết kế mẫu trụ sở các đơn vị tỉnh, huyện được ban hành nhưng hiện nay do biên chế trong toàn ngành đã tăng, thiết kế này giờ không còn phù hợp với biên chế của nhiều đơn vị đồng thời các vật liệu xây dựng áp dụng trong thiết kế mẫu đã lỗi thời cần phải được thay thế. Vì vậy nhu cầu cấp thiết là cần ban hành một thiết kế mẫu mới phù hợp hơn.
- Về quản lý nhà nước đối với các dự án đầu tư
Công tác lập, thẩm định dự án đầu tư của ngành KSND còn tồn tại nhiều hạn chế cụ thể: Chất lượng hồ sơ dự án chủ đầu tư trình phê duyệt do nhiều
đơn vị tư vấn năng lực còn yếu, chủ đầu tư lại không có trình độ chuyên môn về xây dựng nên phó mặc cho đơn vị tư vấn. Hồ sơ trình phê duyệt thường bị chỉnh sửa, bổ sung nhiều lần. Mặt khác do áp lực là dự án đầu tư cần phải phê duyệt trước thời điểm 30 tháng 10 hàng năm, áp lực về thời gian cũng làm cho chất lượng thẩm định của Phòng Đầu tư xây dựng, Cục Kế hoạch – Tài chính còn thấp gây tình trạng thất thoát lãng phí.
Về công tác lựa chọn nhà thầu đối với nhiều dự án, các chủ đầu tư chưa tuân thủ theo các quy định của Luật Đấu thầu, mới chỉ là hợp thức hóa thủ tục giao thầu hoặc chỉ định. Về hình thức đấu thầu tính cạnh tranh chưa cao, đấu thầu mới chỉ là hình thức hợp lý hóa, chưa đúng theo nội dung của quy chế đấu thầu. Trong công tác đấu thầu hiện nay, một số dự án còn chưa bảo đảm đúng quy trình và thủ tục, dẫn đến tình trạng đấu thầu chỉ là hợp thức hóa Luật và Nghị định về đấu thầu xây dựng.
Công tác quyết toán dự án hoàn thành đã đạt được những kết quả cao, tuy nhiên một số dự án hoàn thành đưa vào sử dụng nhưng chậm quyết toán vẫn còn gây ra tình trạng nợ đọng trong đầu tư xây dựng kéo dài. Chất lượng hồ sơ trình phê duyệt quyết toán của Chủ đầu tư còn yếu và thiếu dẫn đến thời gian trình và phê duyệt bị chậm do đợi Chủ đầu tư bổ sung, hoàn thiện hồ sơ. Cá biệt có những dự án không có hồ sơ quyết toán do nhà thầu bỏ hoặc đã phá sản.
Công tác quản lý tiến độ, chất lượng các công trình xây dựng của ngành KSND tuy đã được chú trọng hơn qua việc thực hiện kiểm tra giám sát đánh giá đầu tư. Tuy nhiên do biên chế làm công tác quản lý xây dựng của Viện KSNDTC còn ít, khối lượng công việc nhiều nên cũng chỉ đi kiểm tra được một số công trình không thể đi kiểm tra hết dẫn đến nhiều công trình chất lượng vẫn còn thấp. Chủ đầu tư báo cáo tiến độ các dự án còn sơ sài dẫn đến việc quản lý tiến độ còn chưa tốt vẫn tồn tại công trình bị chậm tiến độ.
Việc đảm bảo an toàn lao động, vệ sinh môi trường vẫn thực hiện chưa tốt do chủ đầu tư và nhà thầu thi công không quan tâm đến. Hồ sơ lập bảo trì còn sơ sài, mang tính chất chống đối. Nhiều công trình chưa hết thời gian bảo hành đã xảy ra những hiện tượng nứt, thấm.
- Một số tồn tại khác:
Hiện nay Phòng đầu tư xây dựng là cơ quan chuyên môn tham mưu cho Lãnh đạo Viện về quản lý đầu tư xây dựng tuy nhiên cơ cấu bộ máy quản lý của Phòng, biên chế và năng lực quản lý của cán bộ còn nhiều hạn chế. Vì vậy cần phải có giải pháp hoàn thiện bộ máy quản lý và tổ chức tuyển dụng thêm cán bộ chuyên môn còn thiếu mặt khác tích cực bồi dưỡng nâng cao năng lực quản lý của cán bộ trong Phòng.
Việc giám sát, kiểm tra, thanh tra về đầu tư xây dựng của các cơn quan như Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ tài chính, Kiểm toán nhà nước vẫn còn những bất cập, có sự chồng chéo, không thực sự hiệu quả.