- Quản lý nguồn vốn từ ngân sách để đầu tư cơ sở hạ tầng các xã xây dựng NTM là một trong những nội dung khó, dễ sai sót trong quá trình thực hiện. Do đó, tăng cường sự lãnh đạo, chỉ đạo của cấp ủy, chính quyền sự tham gia vào cuộc của cả hệ thống chính trị, nhất là vai trò giám sát của Mặt trận, các đoàn thể và các tầng lớp nhân dân trong việc quản lý, sử dụng hiệu quả nguồn vốn chương trình xây dựng nông thôn mới.
- Quản lý nguồn vốn chương trình xây dựng nông thôn mới phải gắn chặt với việc phối hợp, lồng ghép các nguồn vốn đầu tư thuộc các chương trình dự án khác một cách đồng bộ, chặt chẽ, hiệu quả, tránh chồng chéo.
- Xác định thứ tự ưu tiên thực hiện các nội dung của Chương trình nông thôn mới làm căn cứ cho việc phân bổ nguồn vốn một cách hiệu quả theo kế hoạch; từ đó đề xuất phân bổ nguồn vốn cho Chương trình một cách hợp lý, tránh gây lãng phí nguồn lực trong thực hiện chương trình.
- Thực hiện quản lý nguồn vốn ngân sách chương trình xây dựng nông thôn mới phải gắn với hạch toán phần đóng góp của tổ chức, cá nhân tham gia đóng góp vào công trình, dự án nhằm xác định giá trị thực tài sản và phần đóng góp của các tổ chức, cá nhân vào Chương trình xây dựng nông thôn mới.
- Thực hiện quản lý nguồn vốn chương trình xây dựng nông thôn mới phải dựa trên cơ sở phân cấp trách nhiệm rõ ràng, tránh chung chung, khó đánh giá và xử lý trách nhiệm.