Bên cạnh những kết quả đã đạt được, vẫn còn những mặt khó khăn, hạn chế, tồn tại cần tập trung lãnh, chỉ đạo, điều hành và tổ chức thực hiện quyết liệt hơn, đó là:
- Việc phân công, phân cấp trách nhiệm cho các cơ quan, đơn vị trong quản lý nguồn vốn Chương trình XD NTM từ NSNN có lúc chưa thật sự rõ ràng, trách nhiệm của từng cơ quan, đơn vị, địa phương, người đứng đầu còn hạn chế; một số sai sót, lãng phí về nguồn vốn chưa làm rõ trách nhiệm liên quan để xử lý, chỉ kiểm điểm rút kinh nghiệm chung chung. Việc thực hiện phân cấp, phân quyền trong phân bổ nguồn lực vẫn thực hiện theo kế hoạch hàng năm nên các địa phương thiếu chủ động về nguồn vốn trong xây dựng kế hoạch thực hiện Chương trình nông thôn mới.
- Công tác xây dựng kế hoạch và phân bổ nguồn vốn thực hiện Chương trình XD NTM từ NSNN đôi lúc chưa đạt chất lượng cao. Tình trạng chạy theo thành tích để đạt được các tiêu chí, nhất là tiêu chí về xây dựng cơ sở hạ tầng cơ bản; một số xã rập khuôn máy móc, dẫn đến xây dựng kế hoạch không sát tình hình thực tế. Nguồn vốn phân bổ cho thực hiện một số nội dung về đầu tư ở địa phương chưa được đảm bảo do nhu cầu nguồn vốn đầu
tư cao. Theo Đề án đã được phê duyệt tại 11/11 xã thì nhu cầu tổng nguồn vốn để đầu tư chương trình xây dựng nông thôn mới trên 1.800 tỷ đồng; tuy nhiên, kết quả 3 năm 2016 -2018 tổng đầu tư từ các nguồn vốn chỉ đạt 945 tỷ đồng; đạt tỷ lệ: 52,5%.
Trong quá trình triển khai thực hiện quản lý nguồn vốn Chương trình XD NTM từ NSNN để đầu tư cơ sở hạ tầng vẫn còn một số sai sót. Chất lượng công tác nghiệm thu, thanh quyết toán nguồn vốn đầu tư xây dựng Chương trình NTM còn bất cập; tình trạng quan liêu, không theo dõi sát công trình thi công, nghiệm thu khống khối lượng, gian lận trong thanh toán có nơi còn xảy ra. Việc quản lý nguồn vốn chưa đúng quy trình, thủ tục, cũng như chưa lấy ý kiến người dân về lập kế hoạch và phân bổ vốn đầu tư của Ban Quản lý xây dựng NTM các xã vẫn còn xảy ra; tình trạng nợ đọng XDCB trong XD NTM có chiều hướng gia tăng.
- Quá trình quản lý nguồn vốn NSNN cho Chương trình XD NTM chưa gắn với nguồn lực tài chính phát sinh ngoài NSNN, cụ thể như: nguồn huy động từ doanh nghiệp, đất đai, tiền mặt, vật liệu xây dựng, trình độ quản lý hoặc ngày công lao động của người dân cho quá trình triển khai thực hiện xây dựng nông thôn mới. Hồ sơ quản lý nguồn vốn huy động thiếu biên bản thống nhất với người dân, cộng đồng. Quyết toán dự án hoàn thành chưa thể hiện giá trị đóng góp của doanh nghiệp, người dân.
Công tác kiểm tra, giám sát quản lý nguồn vốn Chương trình XD NTM từ NSNN có lúc chưa sâu sát; chưa kịp thời đề ra giải pháp tháo gỡ khó khăn, vướng mắc trong tổ chức thực hiện…Trong giai đoạn vừa qua, nhờ có sự tham gia giám sát của cộng đồng trong xây dựng nông thôn mới nên đã phát hiện một số địa phương quản lý vốn thiếu sâu sát, chặt chẽ, một số công trình hạ tầng chưa đảm bảo chất lượng, hoặc lãng phí trong đầu tư. Một số công trình chưa huy động được sự tham gia giám sát của người dân dẫn đến ý thức bảo vệ tài sản công còn hạn chế.