Năng suất của mướp hương là tính trạng hàng đầu nhà chọn giống cũng như người trồng mướp hương luôn quan tâm hàng đầu. Tuy nhiên, đây là tính trạng đa gen bao gồm nhiều tính trạng thành phần cấu thành như tỷ lệ đậu quả, số quả trung bình trên cây, khối lượng trung bình quả... và có mối quan hệ phức tạp, chịu ảnh hưởng lớn của điều kiện ngoại cảnh. Kết quả theo dõi năng suất và các yếu tố cấu thành năng suấtcủa tập đoàn giống được trình bày ở Bảng 3.5.
Hai yếu tố cấu thành năng suất quan trọng nhất đó là số quả trên cây và khối lượng trung bình quả. Tỷ lệ đậu quả dao động từ 6,7 – 29,5 %, cao nhất là giống B10 (29,5 %) và thấp nhất là giống A18 (6,7 %)
Số quả trên cây có quan hệ mật thiết với năng suất. Số quả trên cây phụ thuộc vào khả năng tích lũy dinh dưỡng, điều kiện ngoại cảnh, chế độ chăm sóc và chế độ dinh dưỡng. Ở các giống thí nghiệm khi thu hoạch cho thấy các giống có số quả trung bình trên cây biến động từ 1,2 – 5,4. Giống ĐP cho số quả trên cây cao nhất.
Khối lượng quả cùng với số quả trên cây trực tiếp quyết định đến năng suất của cây. Khối lượng trung bình quả của giống nghiên cứu dao động từ 212 – 386 g. Giống B25 có khối lượng trung bình quả thấp nhất chỉ đạt 212g, khối lượng trung bình quả cao nhất là A20 (386 g).
Năng suất lý thuyết của các giống tham gia thí nghiệm dao động trong khoảng 2,7 – 11,2 (tấn/ha). Trong đó giống đối chứng cho năng suất lý thuyết cao nhất (11,2 tấn/ha), giống cho năng suất lý thuyết thấp nhất là B25 (2,7 tấn/ha).
Năng suất thực thu của tập đoàn mướp hương phản ánh khả năng thích ứng của giống và nó là kết quả tổng hợp của cả quá trình sinh trưởng, phát triển của các giống trong điều kiện sinh thái nhất định. Năng suất thực thu của các giống dao động trong khoảng 1,3 – 5,5 tấn/ha. Trong đó giống B25 cho năng suất thực thu thấp nhất (1,3 tấn/ha), giống B30 cho năng suất thực thu cao nhất (5,5 tấn/ha).