Từ trước đến nay một khái niệm thống nhất về chất lượng của thẩm định tài chính dự án vẫn chưa được đưa ra một cách cụ thể chính xác. Đối với mỗi chủ thể nghiên cứu khác nhau lại có quan niệm riêng về chất lượng thẩm định tài chính dự án. Riêng hoạt động thẩm định tài chính dự án của ngân hàng được coi là có chất lượng tốt chỉ khi: Trong giai đoạn trước khi cho vay thì đó là căn cứ khoa học để giúp ngân hàng đưa ra quyết định cho vay. Trong những giai đoạn tiếp theo của quy trình cho vay thì chất lượng thẩm định tài chính tốt tức là thu nhập dòng hàng năm của dự án tăng đều và không lệch nhiều so với dự kiến, ngân hàng thu được nợ gốc và lãi đầy đủ đúng hạn, chủ đầu tư có được lợi nhuận, những rủi ro xảy ra không nằm ngoài dự tính của nhà lập - nhà thẩm định dự án; Còn chất lượng thẩm định tài chính dự án sẽ là thấp nếu dựa vào đó để ngân hàng ra quyết định cho vay nhưng sau này không thu hồi được nợ (gốc và lãi vay), hay ngân hàng không cho vay nhưng tổ chức tín dụng khác cho vay thì dự án hoạt động tốt và thu hồi được nợ. Điều đó gây ra thiệt hại cho ngân hàng và làm giảm thu nhập của ngân hàng. Thực tế cho thấy chất lượng thẩm định tài chính dự án là một khái niệm mang nhiều yếu tố định tính, chính bản thân các nhà thẩm định - các nhà phân tích hiệu quả tài chính dự án cũng khó có thể biết ngay được chất lượng công tác của mình, nó đòi hỏi phải có khoảng thời gian dài để khẳng định.
Như vậy một cách tổng quát nhất thì chất lượng thẩm định tài chính dự án được coi là tốt khi từ kết quả thẩm định ngân hàng quyết định cấp tín dụng và khoản tín dụng đó đem lại thu nhập cho ngân hàng, hay khi ngân hàng từ chối cấp thì cũng không làm giảm thu nhập của ngân hàng.