Chỉ một con tàu đó nhưng khi mang trên mình một lô hàng qua nhiều vùng, lãnh thổ khác nhau phải chịu sự chi phối của luật pháp của nhiều nơi khác nhau mà nó đi qua. Ở tất cả các nơi mà tàu có thể đến đều có những nguy cơ xảy ra các tranh chấp, ở đó họ có thể áp dụng các luật pháp, các thoả thuận của quốc tế để xử các tranh chấp nếu có xảy ra nhưng cũng có nhiều nơi họ chỉ dùng luật pháp địa phương. Thực tế đã có khá nhiều doanh nghiệp kinh doanh vận tải biển ở nước ta đã bị mất tiền oan hay nhiều thuyền viên Việt Nam bị tù một cách oan uổng khi đến các quốc gia như vậy.
Nghị định 160/2016/NĐ-CP về điều kiện kinh doanh vận tải biển quy định đối với doanh nghiệp kinh doanh vận tải biển quốc tế, tổ chức bộ máy phải có bộ phận quản lý an toàn theo quy định của Bộ luật quốc tế về quản lý an toàn (ISM Code); có bộ phận quản lý an ninh hàng hải theo quy định của bộ luật quốc tế về an ninh tàu biển và bến cảng (ISPS Code); có bộ phận quản lý hoạt động kinh doanh, khai thác vận tải biển; có bộ phận thực hiện công tác pháp chế. Trong khi điều kiện kinh doanh vận tải biển nội địa thì không yêu cầu bộ phận pháp chế.
Đối với các giao dịch vận tải biển nội địa, các hợp đồng thường xác định nơi xử lý tranh chấp là toà án kinh tế tại địa phương của một trong các bên trong hợp đồng. Tuy nhiên đã có rất nhiều vụ việc đã xảy ra và sau khi toà án xử thắng cuộc việc thi hành án hoàn toàn không được thực thi và các bên lại đôi co nhau, kéo dài thời hạn thi hành án hoặc làm cho không thể thi hành án.
VTĐPT_Nhóm FOUR AM 41
Trong khi đó, các quy định về bồi thường thiệt hại khi hoãn, huỷ tàu mà không có lý do chính đáng của cả hai phía hợp đồng thì thường được du di cho qua để tiếp tục làm việc khác mà không thể theo kiện kéo dài. Đã có rất nhiều doanh nghiệp chủ tàu ký nhiều hợp đồng với nhiều doanh nghiệp chủ hàng khác nhau cho cùng một con tàu của họ và cùng tuyến, và thời gian vận chuyển.