Công nghệ chế biến thuỷ sản không ngừng phát triển và ngày càng được ứng dụng rộng rãi vào thực tiễn sản xuất với các chủng loại máy móc thiết bị rất hiện đại như máy cấp đông rời IQF (dạng xoắn và tầng sôi) với thời gian cấp đông nhanh, đông siêu tốc giúp cho chất lượng sản phẩm rất ít bị biến đổi Dây chuyền chế biến đã và tiếp tục được cải tiến theo hướng tự động hoá thay thế dần cho sức người trong nhiều công đoạn chế biến như rửa, phân cỡ, phối trộn gia vị, làm chín (hấp, luộc, chiên, nướng), kiểm tra chất lượng, đóng gói và dán nhãn tự động
Công nghệ làm khô thuỷ hải sản rất tiên tiến và đã ứng dụng thành công vào sản xuất như: công nghệ sấy nóng bằng hơi nước, sấy nóng kiểu băng chuyền, sấy lạnh có sử dụng bơm nhiệt; các kỹ thuật phơi tầng, phơi nhà kính từ Nhật Bản, Na Uy, Trung Quốc là các kỹ thuật phơi rất hiện đại giúp tiết kiệm diện tích sân phơi và đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm Công nghệ sấy chân không thăng hoa có thể giúp bảo quản những sản phẩm hải sản có giá trị kinh tế cao hay lưu giữ những vật phẩm quý hiếm
Công nghệ chế biến tận thu các phế phẩm từ thuỷ sản được nhiều Viện, Trường nghiên cứu và ứng dụng thành công như: công nghệ chế biến chitin-
chitozan từ vỏ giáp xác (tôm, cua, ghẹ) là chất dùng để sản xuất chỉ phẫu thuật tự hoại, da nhân tạo, màng mỏng bao gói thực phẩm, kem dưỡng da ngăn chặn tia cực tím, thuốc làm cho cá cảnh có màu sắc sặc sỡ hơn; công nghệ chế biến bột đạm thực phẩm từ phế phẩm thủy sản,…
Các công nghệ trong bảo quản và vận chuyển thủy sản sử dụng tác nhân lạnh, công nghệ ngủ đông, công nghệ sấy và kỹ thuật điều chỉnh thành phần không khí (O2, N2, CO2) không còn xa lạ Công nghệ CAS có thể giúp bảo quản sản phẩm tươi ngon gần như tuyệt đối Công nghệ Airocide có khả năng làm sạch không khí rất hiệu quả Công nghệ sử dụng Gel Nano bạc thay thế cho Chlorin để diệt khuẩn mà không gây độc hại Ngoài ra việc nghiên cứu và ứng dụng các chế phẩm sinh học, các chất phụ gia thiên nhiên, ứng dụng công nghệ enzyme, lên men trong chế biến và bảo quản sản phẩm ngày càng phổ biến thay thế dần các loại hoá chất độc hại