Theo quy định tại Quyết định 4293/QĐ-TCHQ thì Chi cục kiểm tra sau thông quan là đơn vị có chức năng giúp Cục trưởng Cục Hải quan trong việc quản lý, chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện KTSTQ; trực tiếp thực hiện KTSTQ và quản lý doanh nghiệp ưu tiên. Quyết định 4293/QĐ-TCHQ cũng quy định rõ 17 nhiệm vụ, quyền hạn của lực lượng này.
Hiện nay cơ cấu tổ chức của Chi cục KTSTQ bao gồm 01 đồng Chí Chi cục trưởng, 02 đồng chí Phó chi cục trưởng và 2 Đội gồm:
+ Đội tham mưu tổng hợp: Xây dựng chương trình, kế hoạch KTSTQ hằng năm, công tác tuyên truyền, phổ biến pháp luật về KTSTQ. Thực hiện công tác kế toán thuế; văn thư hành chính, lưu trữ bảo mật hồ sơ tài liệu; Là đầu mối thu thập, tổng hợp, phân tích, xử lý thông tin phục vụ cho KTSTQ trong toàn Cục. Biên chế từ 3-5 cán bộ công chức.
+ Đội nghiệp vụ: Trực tiếp thực hiện KTSTQ tại trụ sở doanh nghiệp theo kế hoạch đã được Tổng cục Hải quan giao và KTSTQ đột xuất đối với các trường hợp phát hiện các dấu hiệu rủi ro, nguy cơ gian lận, thất thu thuế qua thu thập thông tin hoặc các đơn vị khác cung cấp. Biên chế từ 8-10 cán bộ công chức.
Các đội chịu sự lãnh đạo, chỉ đạo toàn diện của Chi cục trưởng Chi cục KTSTQ về mọi mặt hoạt động theo quy định. Có sự phối hợp chặt chẽ với nhau giữa các đội trong Chi cục cũng như phối hợp giữa các đội trong Chi cục với các
đơn vị thuộc và trực thuộc Cục Hải quan tỉnh Hà Tĩnh.
- Cơ cấu tổ chức lực lượng kiểm tra sau thông quan tại Chi cục Hải quan Theo quy định tại Quyết định 4292/QĐ-TCHQ, các Chi cục Hải quan ngoài các chức năng, nhiệm vụ như thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát đối với hàng hóa xuất nhập khẩu, đấu tranh phòng chống buôn lậu, gian lận thương mại, phòng chống ma túy thì bổ sung thêm nhiệm vụ “thực hiện công tác kiểm tra sau
thông quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu theo quy định của pháp luật”. Đây
là việc cụ thể hóa các quy định về chức năng, nhiệm vụ của lực lượng kiểm tra sau thông quan tại các Chi cục Hải quan trên cơ sở các quy định tại Luật Hải quan năm 2014, Nghị định 08/2015/NĐ-CP và Thông tư 38/2015/TT-BTC.
Hiện nay, các Chi cục Hải quan chưa bố trí lực lượng chuyên trách làm công tác KTSTQ. Tùy theo quy mô, biên chế và cân đối nhân sự thực hiện các mảng công tác, hằng năm các Chi cục Hải quan thành lập Tổ KTSTQ với thành phần 3-6 thành viên là các Lãnh đạo, cán bộ công chức trong đơn vị. Các thành viên tổ KTSTQ ngoài thực hiện chức năng chính tại các đội nghiệp vụ thuộc chi cục còn phải thực hiện các nhiệm vụ KTSTQ theo sự phân công của Lãnh đạo đơn vị, gồm :
+ Thu thập, phân tích, xử lý thông tin và thực hiện KTSTQ tại trụ sở cơ quan hải quan đối với các hồ sơ hải quan đã thông quan trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày hàng hóa được thông quan đến ngày ban hành quyết định kiểm tra thuộc diện phải kiểm tra theo quy định tại khoản 1 Điều 78 Luật Hải quan (trừ những lô hàng đã kiểm tra thực tế hàng hóa trước khi thông quan) và những trường hợp quy định tại điểm a.2, điểm b.2 khoản 2 Điều 25 Thông tư 38/2015/TT-BTC.
+ Tập trung chú trọng, rà soát hồ sơ hàng luồng xanh có nghi ngờ, các trường hợp nghi ngờ về trị giá khai báo, mã số hàng hóa, xuất xứ hàng hóa, hàng hóa nhập đầu tư miễn thuế của các doanh nghiệp trên địa bàn…Xem xét các trường hợp có dấu hiệu vi phạm tương tự với các Chi cục hải quan khác đã kiểm tra để thực hiện kiểm tra, không để bỏ sót các hồ sơ có dấu hiệu vi phạm.
+ Cập nhật thông tin kết quả KTSTQ vào các hệ thống STQ01, MHS, XLVP,QLRR…Thực hiện rà soát, lưu trữ hồ sơ KTSTQ đã thực hiện xong.