Qúa trình tổ chức triển khai các chính sách này được thực hiện với sự quan tâm sát xao của Chính phủ, các Bộ ban ngành và nó được thực hiện thông qua các chương trình quốc gia.
Công tác ứng phó với BĐKH đã được khởi động thông qua ba chương trình quan trọng với sự hỗ trợ tích cực của các nhà tài trợ quốc tế. Các sáng kiến chủ chốt bao gồm: (i) Chương trình Khoa học công nghệ Quốc gia về Biến đổi khí hậu, (ii) Chương trình mục tiêu quốc gia ứng phó với BĐKH, và (iii) Chương trình hỗ trợ ứng phó với Biến đổi khí hậu (SP-RCC). Các chương trình này đã giúp hình thành các yếu tố cơ bản về năng lực thực hiện chính sách ứng phó với biến đổi khí hậu, nhưng các yếu tố này cần được lồng ghép đầy đủ vào cơ cấu thể chế của Chính phủ Việt Nam.
Chương trình mục tiêu quốc gia ứng phó với BĐKH là một chương trình của Chính phủ trong 15 năm chia thành 3 giai đoạn, nhấn mạnh sự cần thiết lồng ghép ứng phó với BĐKH vào các hoạt động phát triển kinh tế—xã hội, đồng thời hướng tới phát triển bền vững trên diện rộng và có xem xét yếu tố bình đẳng giới và xoá đói giảm nghèo. Chương trình mục tiêu quốc gia ứng phó với BĐKH, được phê duyệt năm 2008, khẳng định rằng ứng phó với BĐKH là nhiệm vụ của toàn hệ thống thể chế, của tất cả các ngành, tỉnh thành, và của mọi người dân. Giai đoạn đầu tiên của Chương trình mục tiêu quốc gia về BĐKH (2009-2010) tập trung phân tích khoa học và lập kế hoạch ban đầu, giai đoạn thứ hai (2011-2015) tập trung phân tích sâu hơn, lên kế hoạch chi tiết, tăng cường năng lực và xây dựng các kế hoạch hành động (của ngành và tỉnh).
Chương trình hỗ trợ ứng phó với Biến đổi khí hậu (SP- RCC) là cơ chế tài chính được thiết lập để tăng cường mở rộng ứng phó với biến đổi khí hậu, ví dụ như tài trợ thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia ứng phó với BĐKH (chủ yếu là các khoản vay mềm), đồng thời đóng vai trò là một diễn đàn điều phối đối thoại
chính sách BĐKH giữa Chính phủ với các đối tác phát triển quốc tế. Thông qua các chu trình hằng năm dựa trên ma trận chính sách được Thủ tướng phê duyệt, các đối tác phát triển (như JICA, AfD, CIDA, WB, DFAT, K-EXIM) và Chính phủ đồng ý với các hành động chính sách liên quan đến BĐKH với những hành động chính sách bắt buộc làm cơ sở để chuyển giao ngân sách cho Việt Nam. Hầu hết các khoản chuyển giao này sau đó được phân bổ cho các hoạt động liên quan đến khí hậu.
Cơ cấu thể chế của Chương trình hỗ trợ ứng phó với BĐKH ban đầu được liên kết với cơ cấu thể chế của Chương trình mục tiêu quốc gia ứng phó với BĐKH, nhưng sau đó đã có Cơ quan Điều phối Chương trình riêng đặt tại Cục Khí tượng thủy văn và BĐKH, Bộ TN&MT, và trách nhiệm giám sát tổng thể nay thuộc về Ủy ban quốc gia về BĐKH.
Chương trình hỗ trợ ứng phó với BĐKH (SP-RCC) đóng vai trò điều phối giữa cộng đồng quốc tế và chính phủ thông qua thảo luận về ma trận chính sách, trong đó thông thường có mặt cả những đối tác phát triển chưa tham gia tài trợ cho SP- RCC.
Năm 2010, Chính phủ Việt Nam đã thông qua Cơ chế Tài chính cho BĐKH từ nguồn ngân sách công và đặc biệt nhằm tới nội dung tài chính của SP-RCC (Hướng dẫn số 8981/VPVP-QHQT ngày 10/12/2010). Trên cơ sở Công văn số 8981/VPCP- QHQT ngày 10/12/2010, Bộ TN&MT phối hợp với Bộ Tài chính và Bộ KH&ĐT, đã chủ trì các hoạt động ở cấp bộ nhằm xây dựng các tiêu chí cho các dự án BĐKH có đủ điều kiện để lựa chọn đầu tư theo cơ chế tài chính tại Quyết định số 1719/QĐ-TTG (2011). Khi Bộ TN&MT chủ trì áp dụng các tiêu chí này trong giai đoạn “kêu gọi đề xuất dự án” tại các bộ ngành, địa phương, có 63 dự án đã được lựa chọn. Tuy nhiên, số lượng dự án sau đó được lựa chọn để tài trợ chỉ là 16 dự án ưu tiên vì hạn chế về ngân sách
Để cơ chế tài chính này mang tính chiến lược hơn trong tổng thể cơ cấu tổ chức về tài chính khí hậu, sẽ cần tăng cường kỹ thuật và lập kế hoạch ngân sách trong quá trình lựa chọn dự án, cần điều chỉnh các tiêu chí, bao gồm cả tỷ lệ đồng tài trợ và cơ chế giám sát và báo cáo. Kế hoạch hành động quốc gia về tăng trưởng xanh đã nêu rõ SPRCC sẽ tài trợ một phần cho Kế hoạch này, như vậy tạo cơ hội để thống nhất các chương trình nghị sự về ứng phó với BĐKH và tăng trưởng xanh.
Mục tiêu của “Chương trình khoa học công nghệ phục vụ Chương trình mục tiêu quốc gia ứng phó với BĐKH” là cung cấp bằng chứng khoa học và công nghệ phục vụ cho việc ứng phó, thích ứng và giảm nhẹ và lồng ghép BĐKH vào các kế hoạch chiến lược và quá trình thực thi. Chương trình này được khởi động vào năm 2011 (theo Quyết định số 1244/QĐ-TT về phương hướng, mục tiêu và nhiệm vụ khoa học và công nghệ, ví dụ “nghiên cứu các giải pháp và công nghệ ứng phó với BĐKH để cảnh báo sớm và dự báo thiên tai; các công nghệ mới để bảo vệ môi trường và phòng chống thiên tai”. Kết quả của chương trình tập trung vào các biện pháp kỹ thuật dựa trên dự báo về BĐKH, thích ứng và giảm nhẹ phát thải KNK, cũng như lồng ghép vào Kế hoạch PT KT-XH. Từ năm 2011 đến năm 2013, có gần 50 dự án đã được phê duyệt, nhiều dự án liên quan đến thích ứng với BĐKH trong lĩnh vực an ninh lương thực. Chương trình này chủ yếu do Chương trình mục tiêu quốc gia về BĐKH tài trợ, trực tiếp hỗ trợ Chương trình mục tiêu quốc gia về BĐKH và do Bộ TN&MT quản lý chứ không phải Bộ KH&CN (Bộ đã được giao nhiệm vụ trong Quyết định 1244/QĐ-TTg).
Chương trình mục tiêu quốc gia về sử dụng năng lượng tiết kiệm và hiệu quả là nỗ lực bảo tồn và tiết kiệm năng lượng cấp quốc gia đầu tiên. Tuy nhiên các mục tiêu năng lượng tổng thể của chương trình lại chưa hài hòa với các mục tiêu của Chiến lược quốc gia về tăng trưởng xanh. Chương trình mục tiêu quốc gia về sử dụng năng lượng tiết kiệm và hiệu quả (còn được gọi là Chương trình Hiệu quả năng lượng quốc gia Việt Nam, VNEEP) cho giai đoạn 2006-2015 được phê duyệt
năm 2006 (Quyết định số 79/2006/QĐ-TTg). Chương trình mục tiêu quốc gia về sử dụng năng lượng tiết kiệm và hiệu quả là chương trình đầu tiên điều phối các nỗ lực tăng hiệu quả năng lượng, giảm thất thoát điện năng, và bảo tồn năng lượng trong tất cả các ngành của nền kinh tế. Chương trình hiện đang ở giai đoạn 2 (2011-2015; Quyết định 2406/QĐ- TTg) nhằm mục tiêu tiết kiệm năm đến tám phần tram tổng tiêu thụ năng lượng trong giai đoạn 2012-2015 so với tổng lượng tăng dự báo về nhu cầu điện quốc gia. Để đạt được mục tiêu này, nhiều hành động sử dụng hiệu quả năng lượng đã được đề xuất cũng như việc giảm lượng tiêu thụ năng lượng trên một đơn bị đầu ra trong một số ngành được lựa chọn (thép, xi măng, dệt may). Mục tiêu tiết kiệm năng lượng chưa hoàn toàn thống nhất với mục tiêu giảm phát thải từ tám đến mười phần trăm so với BAU (2011-2020) của Chiến lược tăng trưởng xanh, nhưng thực sự đã góp phần lớn cho việc đạt được mục tiêu của Chiến lược tăng trưởng xanh. Tuy nhiên, các mục tiêu này vẫn khác nhau về mặt thời gian, các chỉ số (tổng năng lượng/ KNK), và đường cơ sở (nhu cầu năng lượng so với BAU), chính vì vậy sẽ có nhiều thách thức trong việc tiến hành giám sát và đánh giá