Một là, phải đảm bảo quyền tự do kinh doanh của doanh nghiệp. Quản lý nhà nước phải tôn trọng và tạo điều kiện để vận hành các quy luật khách quan của cơ chế thị trường đối với doanh nghiệp, như quy luật cung cầu, quy luật cạnh tranh, quy luật giá trị... Cơ quan quản lý nhà nước có trách nhiệm đảm bảo quyền tự do kinh doanh của doanh nghiệp, hạn chế sử dụng biện pháp hành chính để can thiệp vào hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
Hai là, Nhà nước quản lý doanh nghiệp bằng pháp luật, chấm dứt quản lý bằng các mệnh lệnh hành chính. Pháp luật về doanh nghiệp phải là công cụ để khuyến khích doanh nghiệp tự do phát triển, thể hiện nguyên tắc doanh nghiệp tự do kinh doanh tất cả các ngành, nghề pháp luật không cấm. Công cụ chính sách hành chính của quản lý nhà nước cần được hạn chế trong phạm
vi điều tiết vĩ mô, đảm bảo tiến bộ, công bằng trong phân bổ các nguồn lực và phân phối lại kết quả sản xuất kinh doanh.
Ba là, trách nhiệm quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp phải được phân định rõ ràng gắn liền với chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan quản lý nhà nước. Doanh nghiệp hoạt động sản xuất kinh doanh trong lĩnh vực, chuyên ngành chịu sự quản lý của cơ quan Nhà nước nào thì cơ quan đó chịu trách nhiệm quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp đó. Đối với doanh nghiệp hoạt động kinh doanh đa ngành, nghề, thuộc nhiều lĩnh vực chịu sự quản lý của nhiều cơ quan Nhà nước, thì khi doanh nghiệp vi phạm pháp luật thuộc
nhiệm xử lý. Chấm dứt tình trạng chồng chéo trong quản lý nhà nước đổi với doanh nghiệp của các cơ quan Nhà nước, đảm bảo khi doanh nghiệp vi phạm pháp luật thì luôn có một cơ quan Nhà nước có trách nhiệm xử lý. Mỗi sở, ban ngành thành phố có chức năng, nhiệm vụ hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện các quy định pháp luật trong các lĩnh vực đó; xây dựng quy phạm pháp luật trong lĩnh vực quản lý nhà nước của mình để doanh nghiệp vừa thuận lợi trong hoạt động sản xuất kinh doanh, vừa đảm bảo trật tự an toàn xã hội và không xâm phạm lợi ích của bên thứ ba; kỉểm tra, thanh tra và xử lý vi phạm pháp luật của doanh nghiệp thuộc lĩnh vực minh quản lý.
Bốn là, quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp không tách rời với các hoạt động giám sát doanh nghiệp của các chủ thể khác, Nhà nước khuyến khích mọi thành phần kinh tế trong xã hội, chủ sở hữu doanh nghiệp cùng tham gia quản lý, giám sát hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Nhà nước chỉ quản lý bằng pháp luật, chỉ làm những việc thuộc chức năng quản lý hành chính nhà nước.