Độ phân giải là hàm của cả thời gian xung và cường độ điện trường. Nhìn chung, cường độ trường càng cao thì tốc độ di chuyển phân tử càng cao. Tuy nhiên, kích thước phân tử càng cao thì sự phụ thuộc này càng lệch khỏi hàm tuyến tính.
Để tách các phân tử nhỏ hơn 1 Mb, cường độ trường áp dụng là 6 –10 V/cm. Cường độ trường càng thấp, độ phân giải càng cao; tuy nhiên, phạm vi kích thước của các phân tử được phân tách hẹp hơn.
Cường độ trường cao quá mức (cao hơn 10 V/cm) dẫn đến sự phân tách phân tử yếu và xuất hiện cái gọi là “vết bẩn”, tức là các vùng nhuộm DNA đồng nhất với các dải đơn không xác định bằng mắt thường.
Đối với các phân tử lớn (hơn 1 Mb), cường độ trường cao dẫn đến “hiệu ứng bẫy”, tức là sự cố định phân tử vĩnh viễn tự phát trong gel do những thay đổi cụ thể không thể đảo ngược của cấu trúc của chúng. Các phân tử như vậy được ưu tiên phân đoạn ở cường độ trường thấp (1–3 V/cm).
Thời gian xung và cường độ trường là các yếu tố có liên quan lẫn nhau. Độ phân giải PFGE được xác định bằng “hàm Window” sau:
W = E1,4 × Tp
Trong đó E là cường độ điện trường và Tp là thời gian xung.
Giá trị của hàm càng cao, kích thước của các phân tử DNA càng lớn để có thể phân tách hiệu quả. Rõ ràng là có thể đạt được sự phân tách các phân tử DNA có cùng dải kích thước với thời gian xung khác nhau nếu cường độ trường được thay đổi sao cho giá trị hàm W không đổi.