Nhận thức đầy đủ vai trò to lớn của công tác phòng ngừa và quản trị rủi ro đối với hoạt động của một ngân hàng thương mại hiện đại, SHB Thăng Long đã hết sức chú trọng đến công tác quản trị rủi ro, tích cực triển khai dự án nhằm hoàn thiện công tác phòng ngừa rủi ro: hoàn thiện mô hình Ủy ban quản lý tài sản Nợ - Có (ALCO), xây dựng hệ thống thông tin khách hàng hoàn chỉnh để có thể quản lý khách hàng có giao dịch với hệ thống các phòng giao dịch của chi nhánh một cách thống nhất, toàn diện với mục tiêu phục vụ công tác chăm sóc khách hàng, phân tích xếp loại khách hàng và quản trị rủi ro.
Hệ thống thống thông tin của chi nhánh đã đáp ứng được yêu cầu đầy đủ thông tin cho các phòng giao dịch một cách chính xác, kịp thời, ngăn ngừa rủi ro phát sinh. Bên cạnh đó chi nhánh đang cùng với toàn hệ thống ngân hàng thương mại cổ phần Sài Gòn-Hà Nội tích cực triển khai dự án nâng cao năng lực phân tích kinh tế ngành do AFD tài trợ, dự án xây dựng hệ thống chấm điểm xếp loại khách hàng theo thông lệ quốc tế trong khuôn khổ trợ giúp kĩ thuật của ADB, xây dựng module thông tin khách hàng.
Công tác phân loại nợ, trích lập dự phòng và xử lý rủi ro phù hợp với hoạt động của chi nhánh và thông lệ quốc tế. Chi nhánh đã thực hiện nghiêm túc các quy định về phân loại nợ, trích lập quỹ dự phòng và xử lý rủi ro theo quyết định 493/2005/NHNN. Kết quả tổng số trích lập dự phòng rủi ro đến tháng 2/2011 là 24,9 tỷ đồng tăng 19,28 % so với 12/2010 là 20,87 tỷ đồng.