Bên cạnh những kết quả đạt được nêu trên, công tác QLNN về xây dựng HTGT từ NSNN tại tỉnh Nghệ An vẫn còn những hạn chế như sau:
Thứ nhất, công tác quy hoạch và kế hoạch xây dựng HTGT từ NSNN
Một là công tác quy hoạch phát triển hệ thống HTGT tại tỉnh Nghệ An vẫn còn hạn chế, bất cập, thiếu tính thực tiễn: Chất lượng các đồ án quy hoạch chưa cao, quy hoạch chưa thực sự đi trước một bước dẫn đến một số dự án xây dựng HTGT lớn, quan trọng trên địa bàn tỉnh Nghệ An khi quyết định chủ trương đầu tư không theo quy hoạch. Do đó, không ít dự án khi triển khai thực hiện ĐTXD chưa có quy hoạch tổng thể được duyệt dẫn đến phải điều chỉnh nhiều lần gây lãng phí, hiệu quả đầu tư không cao. Chiến lượng quy hoạch tổng thể chưa phù hợp với quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội, hậu quả là một số tuyến đường ĐTXD xong rất ít người và phương tiện giao thông lưu thông trên tuyến đường này, gây lãng phí nguồn lực. Công tác quản lý quy hoạch chưa được quan tâm đúng mức. Các quy hoạch phát triển GTVT của tỉnh và của Trung ương không thống nhất.
Hai là, công tác lập kế hoạch xây dựng HTGT chưa đảm bảo tiến độ, tính khả thi và hiệu quả còn hạn chế: Trong giai đoạn vừa qua, việc bố trí kế hoạch đầu tư hàng năm cho các dự án xây dựng HTGT không theo sát các mục tiêu định hướng của chiến lược phát triển kinh tế - xã hội của kế hoạch 5 năm, hoặc không theo sát tiến độ đầu tư các dự án đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Đây là nguyên nhân chính gây nên hậu quả nặng nề và gián tiếp làm thất thoát, lãng phí vốn đầu tư sau này, do khi dự án xây
dựng HTGT hoàn thành đưa vào khai thác, sử dụng sẽ không đồng bộ với các kết cấu hạ tầng kinh tế, xã hội khác của tỉnh.
Thứ hai, việc ban hành và tổ thực thi các chính sách pháp luật còn nhiều bất cập, có lúc chưa kịp thời
Việc ban hành và thực thi các văn bản quy định về ĐTXD vẫn còn một số bất cập, cần phải điều chỉnh, bổ sung cho phù hợp với các quy định hiện hành. Ví dụ như Luật Xây dựng và các Nghị định hướng dẫn đã quy định phân cấp, giao quyền thẩm định, phê duyệt thiết kế bản vẽ thi công và dự toán, thẩm định hồ sơ mời thầu, kết quả đấu thầu các dự án ĐTXD cho chủ đầu tư, tuy nhiên UBND tỉnh ban hành quyết định 661/2010/QĐ-UBND ngày 30/6/2010 “Về việc phân cấp thẩm định dự án, thiết kế xây dựng và dự toán xây dựng công trình đầu tư trên địa bàn tỉnh Nghệ An” vẫn chưa phân cấp cho chủ đầu tư mà giao cho các Sở chuyên ngành thực hiện. Văn bản số 901/SXD-GĐ ngày 05/8/2013 của Sở Xây dựng về việc điều chỉnh tổng mức đầu tư, dự toán xây dựng công trình theo mức lương tối thiểu vùng trên địa bàn tỉnh Nghệ An có những nội dung không rõ ràng, không đúng theo quyđịnh của Luật Đấu thầu 2005; Nghị định số 99/2007/NĐ-CP ngày 13/6/2007 của Chính phủ về quản lý chi phí đầu tư xây dựng; Nghị định số 48/2010/NĐ- CP ngày 07/5/2010 của Chính phủ về hợp đồng trong hoạt động ĐTXD; Thông tư số 08/2010/TT-BXD ngày 29/7/2010 của Bộ Xây dựng hướng dẫn phương pháp điều chỉnh giá hợp đồng xây dựng... dẫn đến quá trình thực hiện các dự án ĐTXD chủ đầu tư đã trình UBND tỉnh phê duyệt nhiều gói thầu ký kết theo hình thức hợp đồng trọn gói nhưng lại được điều chỉnh đơn giá đối với các khối lượng công việc trong hợp đồng đã ký làm tăng chi phí xây dựng công trình, gây thất thoát NSNN.
Việc tuyên truyền, phổ biến, quán triệt và triển khai thực hiện các quy định về chính sách, pháp luật liên quan đến xây dựng HTGT từ NSNN chưa được quan tâm đúng mức, thường xuyên, liên tục.
Thứ ba, năng lực đội ngũ cán bộ quản lý về xây dựng HTGT từ NSNN chưa đáp ứng yêu cầu
Năng lực, trình độ của đội ngũ cán bộ làm công tác quản lý ĐTXD và sử dụng vốn đầu tư từ NSNN còn hạn chế, chưa đáp ứng nhu cầu nhiệm vụ theo phân cấp. Việc phối hợp trong quá trình quản lý về xây dựng HTGT giữa các cơ quan chức năng chưa thường xuyên, liên tục, thiếu chặt chẽ dẫn đến hiệu quả đầu tư một số dự án chưa cao, còn xảy ra vi phạm trong quá trình quản lý ĐTXD, có dự án gây thất thoát, lãng phí nguồn lực đầu tư.
Năng lực đội ngũ lãnh đạo quản lý, công chức trong cơ quan QLNN về xây dựng HTGT từ NSNN ở một số cơ quan, vị trí... còn bất cập cả về số lượng và chất lượng, cơ cấu không đảm bảo dẫn đến những sai phạm trong quá trình thực thi nhiệm vụ theo chức năng. Bên cạnh đó phẩm chất đạo đức còn yếu kém, lợi dụng những sơ hở trong cơ chế chính sách, lợi dụng chức quyền, vị trí công tác để tham nhũng, làm thất thoát, lãng phí vốn xây dựng HTGT từ NSNN.
Ban QLDA đóng vai trò như là Chủ đầu tư hơn là một cơ quan quản lý điều hành dự án. Giám đốc điều hành dự án chưa thể hiện được vai trò là người quản lý, điều phối các bộ phận, hoạt động khác nhau của dự án đế đảm bảo dự án đạt được các mục tiêu và thỏa mãn các yêu cầu về thời gian, chi phí; chưa thường xuyên kiểm tra, kiểm soát việc thực hiện dự án về tiến độ, tài chính, chất lượng, quản lý sự thay đổi, giải quyết các xung đột, quản lý môi trường của dự án và quản lý rủi ro của dự án... mà chỉ thực hiện chức năng như một cơ quan kiểm tra, giám sát các Nhà thầu thực hiện dự án.
Thứ tư, công tác giám sát, kiểm tra, thanh tra hoạt động xây dựng HTGT từ NSNN chưa được quan tâm đúng mức
Chưa chú trọng công tác thanh tra công vụ để phát hiện, xử lý, chấn chỉnh các sai phạm của cán bộ, công chức trong thực thi nhiệm vụ QLNN về xây dựng HTGT từ NSNN. Công tác xử lý sau thanh tra còn hạn chế, kết quả chưa cụ thể, hiệu quả chưa cao, việc thực hiện các kiến nghị xử lý, khắc phục tồn tại của thanh tra chưa đáp ứng yêu cầu. Sự phối hợp giữa Kiểm toán nhà nước, Thanh tra Chính phủ, Thanh tra của các Bộ và thanh tra tỉnh, thanh tra tại các Sở chưa chặt chẽ dẫn đến hiện tượng trùng lắp giữa các lực lượng này.
Năng lực, trình độ của một số cán bộ làm công tác thanh tra, kiểm tra của các cơ quan thanh tra trong hoạt động xây dựng HTGT từ NSNN chưa tương xứng với nhiệm vụ, chưa đáp ứng được yêu cầu ngày càng cao của công tác thanh tra, kiểm tra trong lĩnh vực ĐTXD.