Từ năm 1790 Nguyễn ánh bắt đầu cho quân đi đánh phá Tây Sơn ở Phan Rí, Bình Thuận và Nhị Nại
Năm 1793, sau khi Quang Trung Nguyễn Huệ từ trần, việc đánh phá nhà Tây Sơn của Nguyễn ánh trở nên qui mô hơn. Nguyễn ánh đích thân đem quân đánh lấy phủ Diên Khánh và phủ Bình Khang rồi tiến đánh Quy nhơn lần thứ nhất. Nguyễn Nhạc cho người ra Phú Xuân cầu viện. Quân của vua Cảnh Thịnh vào cứu. Nguyễn ánh lại chạy về Gia Định. Trong khi ấy, thành Diên Khánh vẫn do Võ Tánh, tướng Nguyễn ánh chống giữ. Trần Quang Diệu tiến công vây thành Diên Khánh. Nhân dịp giúp Nguyễn Nhạc đánh đuổi được Nguyễn ánh, quân của Cảnh Thịnh chiếm luôn thành Qui Nhơn. Trong khi ấy Nguyễn Nhạc lại chết, nội bộ nhà Tây Sơn vô cùng rối loạn. Nguyễn Bảo, con của Nguyễn Nhạc bất mãn vì Cảnh Thịnh chỉ cho Bảo hưởng lộc một huyện mà thôi nên âm mưu về hàng Nguyễn ánh. Cảnh Thịnh biết được, cho người giết Bảo đi. Thế là nhà Tây Sơn chỉ còn có Cảnh Thịnh.
Và đây cũng lại là thời điểm mà nội bộ Tây Sơn chia rẽ sâu sắc với các vụ Vũ Văn Dũng giết hại Bùi Đắc Tuyên, việc Trần Quang Diệu bỏ vây thành Diên Khánh mà về Phú Xuân. Các quan đại thần Tây Sơn lại giết hại lẫn nhau. Nhiều tướng sĩ của Tây Sơn chán nản bỏ theo hàng Nguyễn ánh đều được trọng dụng.
Sau lần rút lui khỏi Qui Nhơn vào năm 1793, Nguyễn ánh tích cực chuẩn bị quân mã. Vào năm 1797, ông lại đem quân đánh Qui Nhơn một lần nữa nhưng không được. Mãi đến lần đánh thứ ba, vào năm 1799 mới thành công.
Nguyễn ánh chiếm thành Qui Nhơn. Để đánh dấu sự kiện này, Nguyễn ánh đổi tên Qui Nhơn thành Bình Định, sai Võ Tánh và Ngô Tùng Châu ở lại trấn giữ. Mùa đông năm ấy, hai danh tướng Tây Sơn là Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng đem đại quân vây Bình Định. Cuộc vây hãm kéo dài gần hai năm. Nguyễn ánh đem quân cứu viện, nhưnh Võ Tánh ngầm liên lạc, khuyên Nguyễn ánh nên thừa lúc đại quân Tây Sơn bị cầm chân tại Bình Định để đánh Phú Xuân (1801). Nguyễn ánh nghe theo, không giải vây cho Bình Định nữa mà đem quân đánh Thị Nại, thiêu hủy toàn bộ lực lượng chiến hạm của Tây Sơn tại đây. Nguyễn ánh lại tiến ra đánh úp Phú Xuân và chiếm được kinh thành. Qua năm 1802, Nguyễn ánh tiếp tục tiến ra Bắc. Vua Cảnh Thịnh phải bỏ chạy. Trong khi ấy, tướng Trần Quang Diệu đã chiếm được thành Bình Định, nghe tin liền theo đường thượng đạo ra Bắc cứu viện, nhưng không kịp. Cả ông lẫn vua Cảnh Thịnh đều bị bắt.
Thế là nhà Tây Sơn từ một trong trào nông dân, lập nên được một triều đại hiển hách nhưng vì mất đoàn kết, khủng hoảng lãnh đạo, đã phải tan rã chỉ sau 14 năm cầm quyền.