Trong những năm gần đây, cùng với việc gia tăng kim ngạch xuất khẩu, thị trường xuất khẩu thuỷ sản của Việt Nam cũng ngày càng được mở rộng và đa dạng. Đến nay, hàng thủy sản xuất khẩu của Việt Nam đã có mặt tại 105 quốc gia và vùng lãnh thổ. Tuy nhiên, giá trị kim ngạch xuất khẩu chỉ tập trung vào một số thị trường chính, trong đó riêng 5 thị trường Nhật, EU, Mỹ, Trung Quốc và ASEAN chiếm hơn 80% kim ngạch xuất khẩu thủy sản của cả nước.
Biểu đồ 2.2: Tỷ trọng xuất khẩu thủy sản của Việt Nam sang các thị trường năm 2006
19.9 25.2 25.2 21.6 4.5 4.3 24.5 My Nhat Ban EU ASEAN Trung Quoc Nuoc khac
(Nguồn: Tạp chí Thương Mại Thủy sản số tháng 2/2007) Nhìn vào biểu đồ 2.2 ta thấy, năm 2006, thị trường xuất khẩu thủy sản lớn nhất của Việt Nam là Nhật Bản với kim ngạch đạt 842,614 triệu USD chiếm 25,2%, thứ hai là thị trường EU với kim ngạch 723,505 triệu USD chiếm 21,6% và đứng thứ ba là Mỹ với kim ngạch đạt 664,340 triệu USD chiếm 19,9%. Trong thời gian gần đây, Trung Quốc (cả Hồng Kông) đang nổi lên như một thị trường thu hút hàng xuất khẩu thủy sản Việt Nam với kim ngạch tăng từ 291,730 triệu USD năm 2000 đã tăng lên tới 145,573 triệu USD năm 2006 (Trung tâm Tin học- Bộ Thủy sản). Bên cạnh đó, thị trường ASEAN là thị trường truyền thống và rất gần chúng ta về mặt địa lý song giá trị kim ngạch xuất khẩu sang ASEAN còn khá nhỏ so với tổng kim ngạch xuất khẩu thủy sản của cả nước và có xu hướng giảm trong vài năm trở lại đây. Năm 2004, kim ngạch xuất khẩu thủy sản của Việt Nam sang thị trường ASEAN là 165,681 triệu USD (chiếm 7,02%) đã giảm xuống còn 150,961 triệu USD năm 2006 (chiếm 4,5%).
Tính tới tháng 7/2007, trong cơ cấu thị trường xuất khẩu thủy sản của Việt Nam có nhiều sự thay đổi. Thị trường EU từ vị trí thứ 2 năm 2006 đã vươn lên vị trí thứ 1, đạt 500 triệu USD, chiếm 25,17% thị phần về giá trị (năm 2006 là 21,6%). Thị trường Mỹ trở lại với vị trí thứ 2, chiếm tỷ trọng 19,58% về giá trị (389,06 triệu USD). Thị trường Nhật Bản tụt xuống vị trí thứ 3, chiếm 18,7% về giá trị , đạt 371,5 triệu USD nguyên nhân là những tháng đầu năm Nhật Bản tiến hành kiểm soát nghiêm ngặt đối với thủy sản Việt Nam. Kim ngạch xuất khẩu vào thị trường ASEAN đạt 103,6 triệu USD, chiếm thị phần 5,21% về giá trị, tăng 33,14% so với cùng kỳ năm trước. Thị trường Trung Quốc và Hồng Kông tăng 25,04%, đạt 93,24 triệu USD chiếm 4,7%. Điều này cho thấy một sự tăng trưởng khả quan của hàng thủy sản Việt Nam trong thời gian tới (Thống kê của Bộ Thủy sản).